September 2010

关于FCmap的correlation coefficent的问题。

我已经用one sample test做出一组病人的脑功能连接图,在做完多重比较检验以后,我用rest slice viewer的cl.report得出clusters的坐标和大小,现在假如我关注其中一个clusters有兴趣,想了解这组病人里面每个人在cluster相应的位置的cluster大小,我用rest slice viewer打开每个被试的FCmap,但是里面的threshold(也就是correlation coefficent)我应该怎么样设置比较合理?
因为设置的值不同,会使得cluster也不同,这里设置的值需要和我前面做多重比较检验检验的值联系起来吗?(P<0.005 FWHM=4

Fwd: What's new for '+"resting" +"fMRI"' in PubMed

This message contains My NCBI what's new results from the
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
at the U.S. National Library of Medicine (NLM).

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Sender's message: Check Notes

Taxonomy upgrade extras: 

求助:Alphasim 报错

 运行Alphasim,点击RUN后 Matlab就报错了:
??? Undefined function or method 'normrnd' for input arguments of type 'double'.

Error in ==> rest_AlphaSim at 61
    fim=normrnd(0,1,nx,ny,nz);

Error in ==> rest_AlphaSim_gui>pushbuttonrun_Callback at 55
rest_AlphaSim(mask,outdir,outname,rmm,fwhm,pthr,iter);

Error in ==> gui_mainfcn at 96
        feval(varargin{:});

Forums: 

reslice

老师:
     您好。
     我用rest slice view看我的功能连接的结果,用了ch的underlay。但是发现ch的dimension和voxel size和我的功能像不匹配。
    然后我就想对ch.nii用rest进新reslice,但是好像rest只能处理img文件,不能出来nii文件。
    是不是我需要把我的功能结果reslice到和ch.nii一样?

请教slice viewer中color bar 的问题

请教一下,我用sliceviewer的时候,t值color bar的值会随着数据改变上下限,如何设置统一的上下限,可以使多个结果之间的color bar统一?
如图所示。
我试着设置了range of threshold,但是没有作用。求教,谢谢!

用rest的two sample t test时的Warning

老师,您好。
    

Warning: There are too few time points.(i.e. The number of the time points is less than 10)

我做了某个ROI的voxel-vised的功能连接,得到zFCMAP,我对2组人的zFCMAP进行two-sample test,然后就出现了以上的Warning. zFCMAP好像不存在时间点这个概念吧。在算功能连接时,不是所有的时间序列的值都平均成一个值了么。

--------------
    Image Files in Group 1:
    zFCMap_lFFA_AD01_detrend_filtered_Covheadremoved.img
    zFCMap_lFFA_AD02_detrend_filtered_Covheadremoved.img

如果BOLD图像少了一幅还能够分析吗

  老师们好:
  我们使用GE的机子扫描患者BOLD相,扫描240个时间点,33层一共应该有7920幅图像,但是有几个病人导出数据后只有7919幅图,这样能不能进行后序静息态数据处理呢,我用DPARSF跑这样的数据一跑一个错,有没有什么办法能够解决这个问题呢?
报错为:Converting 7919/7919  240
1.2.840.113619.2.244.6945.3202482.22429.1278821188.824.dcm->20100711_143045EPILEPSYF5RENQIANGs004a1001.img
Time elapsed 47594ms
Converting Functional Images:Sub_001 OK
??? Index exceeds matrix dimensions.

Error in ==> DPARSF_run at 274
            delete(DirImg(j).name);

normalize做完后 DPARSF报错

各位老师好:

  我在用DPARSF进行数据处理过程中,在做完Normalize之后报错,报错内容如下:
Running "Normalise: Write"
--------------------------
Running "Normalise: Write"
Moving Normalized Files:Sub_001 OKMoving Normalized Files:Sub_002 OKMoving Normalized Files:Sub_003 OKMoving Normalized Files:Sub_004 OKMoving Normalized Files:Sub_006 OKMoving Normalized Files:Sub_008 OKMoving Normalized Files:Sub_009 OKMoving Normalized Files:Sub_010 OK
Warning: In the directory "F:\Softs\spm5", spm_bsplinc.mexw32 now shadows
spm_bsplinc.dll.

Error | Forum of resting-state fMRI

Error

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