请教关于ROI选择和Clusster Size的问题

Submitted by stand2012 on Fri, 05/04/2012 - 15:38

各位老师好，我有两个问题比较困惑，想请求解答。
（1）关于seed-ROI的确定，严老师的视频上说是通过中心坐标和半径来确定，大多数文献中也这样做，现在遇到一个问题是在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入基于文献中所提坐标发现并不和文献中的脑区所对应，比如shilin那篇PNAS中有关抑郁症的文献中提到所选种子点Precuneus的坐标为（±7, −60, 21），但在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入该坐标发现对应脑区并不是Precuneus,这是什么原因造成的呢？是因为shilin所用模板和rest软件所用分区模板不同造成的吗？那么在这种情况下，如果要做Voxel-Based 功能连接，用上述坐标作为中心坐标还合理吗？
（2）关于Cluster Size的确定，按照通行的做法，用Rest AlphaSim得到矫正所卡的预值，比如显著性水平0.01所对应的预值为18，在rest slice viewer 中cluster size中按照要求设置好参数后，点击cl.report, 观察得到的显著性团簇报表发现每个cluster的Nmuber of Voxels均大于等于18，符合预期，但是每个cluster对应的脑区有很多，不止Peak Coordinate 所对应的脑区，我的疑惑是这些脑区所对应的体素数会出现小于18的情况，那么这种情况下应该怎么选取脑区，是只选Peak Coordinate 所对应的脑区还是其它显著的脑区也要选取，在制作报表时，每个显著的脑区对应的体素数应以什么为标准，是每个cluster对应的Nmuber of Voxels还是cluster中脑区所对应的体素数。如下所示例子：

Cluster 4
Number of voxels: 23
Peak MNI coordinate: -51 12   9
Peak MNI coordinate region: // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Precentral Gyrus // Gray Matter // brodmann area 44 // Frontal_Inf_Oper_L (aal)
Peak intensity: 3.1103
# voxels    structure
   23       --TOTAL # VOXELS--
   23       Left Cerebrum
   19       Frontal_Inf_Oper_L (aal)
   15       Frontal Lobe
    9       Inferior Frontal Gyrus
    8       Frontal-Temporal Space
    6       Precentral Gyrus
    6       brodmann area 44
    6       Gray Matter
    4       Frontal_Inf_Tri_L (aal)
    2       White Matter

    1       Insula
问题有点多，希望有老师解答一下，不胜感激.

Submitted by ZangYF on Fri, 05/04/2012 - 17:27

1. 我查了一下MRIcro，这个坐标坐标位于Cuneus，但与precuneus交界，如果那篇文章采用的MNI坐标，不应该算是很好的precuneus，即使采用的是TT坐标，也未必很好地位于precuneus。
2. 一个功能cluster，通常会跨着多个脑区。问题在于，所谓皮层脑区的边界的确定，有很大的主观性。大家之所以这样用，是没更好的界定方法，总要有一个统一的名称。