请教严老师有关如何整理rest sliceviewer 中cl reports 文档，脑区该如何选择？

Submitted by shenghui on Mon, 10/15/2012 - 21:18

严老师：你好，我是用dparsf预处理的数据，rest 做的统计分析，现在统计的图片和cl report都出来了，就是不太明白如何整理cl report中的结果，生成发表文章的报表形式，我做的是癫痫患者和病人的双样本T检验，MASK是并集MASK，做过AlphaSim 校正，增强的Clusters 有26个，减弱的有15个，这些体素都要报告吗，是不是有点多啊？

还有每个Peak点对应的脑区该如何选择啊，是选择voxel structures 中较大的相对具体的脑区，还是peak MNI coordinate 中的比较具体的脑区，如果两者不一致的情况下该如何选择，有几个差不多大的较大的脑区是都要报告出来吗？

还有一个问题不明白，不是经过AlphaSim（>55个体素）校正了吗，为什么活下来的clusters中还有很多是小于55的也在cl reports中显示出来了啊？

还有以个问题，我想做病人的FC和量表的相关，我用默认的MASK做了相关，还想用双样本T检验（MASK并集）做过校正后（>55个体素）存活下来体素作为MASK，也就是两个样本有差异脑区做为MASK在做病人FC和量表的相关，这样做可以吗，是不是可以解释为病人和正常人有差异的脑区中与量表相关的脑区？ 谢谢严老师了，问题积累的有点多

Submitted by Myselves on Mon, 10/15/2012 - 23:59

超赣这两天论文deadline，所以可能要过几天才能解答问题，你提到的倒数第二个问题已经有许多人和我反映，似乎是软件的一个bug，我正在进一步检查。

最后一个问题我认为是可以的，许多文献也是这么做的，当然具体需要参考先前研究的文献。

其余问题请等超赣回来后再行解答。

Xin-di Wang

Submitted by YAN Chao-Gan on Sun, 10/21/2012 - 10:27

1. 差异这么显著？？一个是检查一下分析过程是否完全正确，样本数是否足够。其次，用预处理的平滑核+AlphaSim校正，相对校弱，你可以试试GRF校正。如果结果确认无误，应该都报告。
2. peak点的脑区在第一行会列出，应该报告。另外，该cluster内voxel数较多的的脑结构，也应该报告。
3. 你是说你已经在cluster size中设置了吗？后面你是不是点过only+ 或only-，只有这种情况下（想查看校正后only+），会报告小于给定阈值的cluster。
4. 可以。注意，只在病人内部做这种相关分析。另外，这种分析也可以被认为是一种post-hoc的分析形式。

Submitted by shenghui on Wed, 10/31/2012 - 22:29

严老师，你好，我是在cluster size（85） 中设置了需要AlphaSim校正的体素，后边有只选only+或only-，小于阈值的体素（<85）会显示，意思是不是显示所有only+或者only-的体素，也就是未校正的所有体素；但是我如果未经校正，也选only+或only-的话，与前边显示only+或者only-的也不同，明显要多。不明白为什么，按道理说如果经过校正后，only+或者only-只显示大于阈值的的only+或者only-，为什么会都显示呢？求解，谢谢严老师了

Submitted by shenghui on Wed, 10/31/2012 - 22:48

还有一点不明白的地方，请严老师指教，就是不知道怎么从xjview中选择有差异的脑区，做成发表文章的报表，每个MNI坐标对应的脑区怎么选择？MNI对应的脑区主要是看Peak MNI coordinate region后边具体的脑区，还是看voxels structure下边较大的脑区？有些地方Peak MNI coordinate region 里显示的具体脑区在voxels structure中仅有几个很少的体素而已，遇到这种情况就不知道以哪个为准了，还有就是一个MNI包含的脑区有很多，为什么我看一般文章中MNI坐标就对应“一”个具体的脑区？
如下的脑区该如何写：This report is based on CUI Xu's xjview. (http://www.alivelearn.net/xjview/)
Revised by YAN Chao-Gan and ZHU Wei-Xuan 20091108: suitable for different Cluster Connectivity Criterion: surface connected, edge connected, corner connected.
Number of clusters found: 33

Cluster 1
Number of voxels: 12304
Peak MNI coordinate: 24 -12 -15
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum(右侧大脑) // Limbic Lobe(边缘叶) // Parahippocampa Gyrus (海马旁回)// White Matter(白质) // undefined() // Hippocampus_R (aal)(右侧海马)
Peak intensity: 17.5155
# voxels structure
12304 --TOTAL # VOXELS--
 5051 White Matter(白质)
 4608 Left Cerebrum(左侧大脑)
 4315 Right Cerebrum(右侧大脑)
 3586 Sub-lobar(下叶？)
 3212 Gray Matter(灰质)
 1806 Temporal Lobe(颞叶)
 1798 Limbic Lobe(边缘叶)
 1574 Extra-Nuclear(外核)
 1489 Frontal Lobe(额叶)
 1192 Sub-Gyral(下回？)
 1137 Cerebellum Posterior Lobe(小脑后叶)
 1023 Left Cerebellum(左侧小脑)
  830 Parahippocampa Gyrus(海马旁回)
  743 Right Cerebellum(右侧小脑)
  724 Superior Temporal Gyrus(颞上回)
  610 Cerebellum Anterior Lobe(小脑前叶)
  590 Cerebellar Tonsil(小脑扁桃体)
  579 Cingulate Gyrus(扣带回)
  570 Midbrain(中脑)
  563 Thalamus(丘脑)
  459 Insula(岛叶)
  456 Left Brainstem(左侧脑干)
  428 Lentiform Nucleus(豆状核)
  379 Culmen(嘴峰？)
  365 Right Brainstem(右侧脑干)
  345 Putamen(壳核)
  340 Inferior Frontal Gyrus(额下回)
  330 Cerebelum_8_L (aal)(左侧小脑8区)
  310 Cerebro-Spinal Fluid(脑脊液)
  299 Insula_R (aal)(右侧岛叶)
  289 Temporal_Sup_L (aal)(左侧颞上回)
  289 ParaHippocampal_R (aal)(右侧海马旁回)
  284 Thalamus_L (aal)(左侧丘脑)
  281 Lateral Ventricle(侧脑室)
  269 Insula_L (aal)(左侧岛叶)
  268 Hippocampus_R (aal)(右侧海马)
  263 Hippocampus_L (aal)(左侧海马)
  261 Thalamus_R (aal)(右侧丘脑)
  255 Cingulum_Mid_L (aal)(左侧扣带回中部)
  230 Cingulum_Mid_R (aal)(右侧扣带回中部)
  223 Precentral Gyrus(中央后回)
  214 Putamen_R (aal)(右侧壳核)
  203 Pons(脑桥)
  199 Temporal_Sup_R (aal)(右侧颞上回)
  195 Cerebelum_9_L (aal)(左侧小脑9区)
  190 Declive(小脑山坡)
  187 brodmann area 13(岛皮层)
  185 Putamen_L (aal)(左侧壳核)
  184 Cerebelum_8_R (aal)(右侧小脑8区)
  183 ParaHippocampal_L (aal)(左侧海马旁回)
  179 brodmann area 6(前运动皮层和辅助运动区)
  169 Fusiform_L (aal)(左侧梭状回)
  167 Caudate(尾状核)
  167 Middle Temporal Gyrus(颞中回)
  155 Uncus(钩形突)
  153 Medial Frontal Gyrus(内侧额叶)
  151 Corpus Callosum(胼胝体)
  150 Cerebelum_9_R (aal)(右侧小脑9区)
  149 Inter-Hemispheric(大脑半球间？)
  144 Superior Frontal Gyrus(额上回)
  143 brodmann area 24(下前扣带皮层)
  142 Inferior Semi-Lunar Lobule(下半月叶？)
  140 Occipital Lobe(枕叶)
  130 Fusiform_R (aal)(右侧梭状回)
  130 Supp_Motor_Area_L (aal)(左侧补充运动区)
  129 Anterior Cingulate(前扣带回)
  128 Caudate_R (aal)(右侧尾状核)
  128 brodmann area 47(下额叶皮层)
  127 Temporal_Pole_Sup_R (aal)(右侧颞上回颞极)
  126 Cerebelum_6_L (aal)(左侧小脑6区)
  122 Pulvinar(丘脑枕)
  122 Caudate_L (aal)(左侧尾状核)
  121 Cerebelum_4_5_L (aal)(左侧小脑4、5区)
  119 brodmann area 32(上前扣带皮层)
  119 brodmann area 22(颞上回)
  109 Temporal_Mid_L (aal)(左侧颞中回)
  106 Cingulum_Ant_L (aal)(左侧前扣带回)
  106 Lingual_R (aal)(右侧舌回)
  105 Calcarine_L (aal)(左侧距状裂)
  104 Paracentral Lobule(旁中央小叶)
  101 Supp_Motor_Area_R (aal)(右侧辅助运动区)
   99 Lingual_L (aal)(左侧舌回)
   98 Parietal Lobe(顶叶)
   98 Temporal_Pole_Sup_L (aal)(左侧颞上回颞极)
   98 brodmann area 38(颞极区)
   94 Fusiform Gyrus(梭状回)
   93 Posterior Cingulate(后扣带回)
   90 Precentral_R (aal)(右侧中央前回)
   87 Pyramis(锥体)
   84 Uvula(蚓垂)
   82 Caudate Head(尾状核头)
   82 Claustrum(？)
   81 Frontal_Inf_Orb_R (aal)(右侧框部额下回)
   77 Medial Dorsal Nucleus(背内侧核)
   77 Amygdala(杏仁核)
   75 Hippocampus(海马)
   75 Lingual Gyrus(舌回)
   74 Ventral Lateral Nucleus(腹内侧核)
   73 brodmann area 30(扣带皮层的一部分)
   72 brodmann area 28

体素大小：12304；        T值：17.5111；     MNI：24，-12，-15；       脑区：？？？（是报颞叶、边缘叶、额叶、小脑后叶还是？？）

谢谢了