Submitted by Frances-J on Sun, 11/04/2012 - 17:23
我目前正在进行的课题需要分别提取全脑每个VOXEL的时间序列。我已使用dparsf完成原始数据的预处理,接下来应该怎么操作呢?
我在论坛中看到有人提到可以使用rest_to4d这个函数,
我在MATLAB中输入 rest_to4d(‘J:\Analysis\FunImg\sub1‘)
报错如下:
Read 3D EPI functional images: "J:\Analysis\FunImg\sub1"........................................??? Error using ==> rest_spm_slice_vol
File too small.
Error in ==> rest_spm_read_vols at 34
Y(:,:,p,i) = rest_spm_slice_vol(V(i),rest_spm_matrix([0 0 p]),V(i).dim(1:2),0);
Error in ==> rest_ReadNiftiImage at 110
Data = rest_spm_read_vols(V);
Error in ==> rest_readfile at 71
[Outdata,Header]= rest_ReadNiftiImage(hname,volumeIndex);
Error in ==> rest_to4d at 84
[theOneTimePoint, VoxelSize, Header] = rest_readfile(theFilename);
请问,这个函数应该如何使用呢?
谢谢
Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 11/06/2012 - 00:23 Permalink
Re: 各位老师好,请问一个关于提取全脑时间序列的问题。
看起来你的文件夹下面有错误的文件。
请确认J:\Analysis\FunImg\sub1下面只有正确的.img/.hdr或是.nii(.gz)文件。
Submitted by Frances-J on Fri, 11/09/2012 - 09:25 Permalink
Re: 各位老师好,请问一个关于提取全脑时间序列的问题。
严老师 谢谢答复。
再次使用 rest_to4d(‘J:\Analysis\FunImg\sub1‘)命令后,没有报错。Matlab中出现了很多数字,但是运行过后没有任何提示,我也没有找到输出的文件,请问
1.数字是否就是SUB1图像内每个VOXEL的时间序列呢?
2.我应该如何提取出这些序列便于做后面的相关?
3.除了rest_to4d之外,有没有别的方式可以提取出每个点的时间序列呢?因为我想在做FC时,每个voxel的序列应该已经被提取出来了,是否只要去找到存储他们的变量就可以?
打扰了
Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 11/13/2012 - 00:23 Permalink
Re: 各位老师好,请问一个关于提取全脑时间序列的问题。
1. 是的。详细使用方法见help rest_to4d
2. 可以用corrceof计算相关系数。
3. 计算FC也是调用rest_to4d来读取每个体素的时间序列。