FD分析

Submitted by wleewell on Fri, 01/04/2013 - 20:47

关于头动指标FD，想请教严老师以下问题，主要是不清楚将DPARSF生成的那些文件用于分析。
以VMHC精神分裂症文章中的步骤为例：

1、Because small amounts of movement from volume to volume can influence RSFC results (Power et al., 2012, in press), we computed framewise displacement (FD) for our data, which corresponds to the temporal derivative of the movement parameters. These were used as covariates in the group level analyses.
问题：用DPARSF，我查看我处理得到的FD，都是一堆图像，这里用于群组协变量以及组间对比的FD应该是什么数据形式呢？在用DPARSF算完voxel specific head motion后，我不清楚用哪个FD文件来分析。

Three patients (one with schizoaffective disorder) and three controls had FD>0.5 mm on greater than 35 volumes (i.e., less than 4.8 min of useable data) and were eliminated from the final analyses.
大于35个volume的FD>0.5 mm是什么意思呢？这个是最常用的标准吗？DPARSF是否会生成一个文件以便于查看受试者是否满足这一标准？

Mean FD did not differ between patients (M±SD=0.22±0.08 mm) and controls (0.20±0.09 mm) included in the final sample (t[46]=0.50,p=.62).
FD的平均值与SD由哪个文件计算得到？

多谢啦！

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 01/05/2013 - 04:53

1. 在RealignParameters文件夹下，会生成一个csv文件，报告每个被试的mean FD(Power)。这个值可以做为组分析的协变量。另外，在每个被试的文件夹下，也会有FD_Power_XXX.txt报告各个时间点的FD（Power）值。
2. 0.5是Power 2012a使用的阈值，在2012b中建议了0.2mm。在csv中，会报告按0.2去除的时间点数和百分比。
3. Mean FD 也在.csv中。这段话中的SD是指across subject的标准差。
4. FD power倾向于过份估计头动程度。另外，由于不同软件在做头动校正的时候，对于转动中心的假设不一样（SPM取决于头文件中定义的origin位置），因此FD power也受比较大的影响。DPARSF也输出FD_Jenkinson (Jenkinson 2002文章提到的relative RMS)，这种估计会补偿对转动中心的假设，应该更好一些。

Submitted by wleewell on Sat, 01/05/2013 - 17:39

有些地方还是没太明白，主要还是软件利用与选择文件的问题：
1. 在Realign Parameters文件夹下，会生成一个csv文件，报告每个被试的mean FD(Power)。这个值可以做为组分析的协变量。另外，在每个被试的文件夹下，也会有FD_Power_XXX.txt报告各个时间点的FD（Power）值。

我做Realign后， 在Realign Parameters文件夹下没有生成csv的文件，只是生成了每个受试者的文件夹下每个时间序列的FD(FD_Power_XXX.txt、FD_VanDijk_XXX.txt)，还有meana_xxx、rp_axxx、wmeanaxxx 五个文件。


2. 0.5是Power 2012a使用的阈值，在2012b中建议了0.2mm。在csv中，会报告按0.2去除的时间点数和百分比。

阈值0.2或0.5是在处理前设置的吗？


4. FD power倾向于过份估计头动程度。另外，由于不同软件在做头动校正的时候，对于转动中心的假设不一样（SPM取决于头文件中定义的origin位置），因此FD power也受比较大的影响。DPARSF也输出FD_Jenkinson (Jenkinson 2002文章提到的relative RMS)，这种估计会补偿对转动中心的假设，应该更好一些。

根据您的建议，我想用FD_Jenkinson，可是power和Jenkinson这两种方法在DPARSF中怎么选择呢？

Submitted by YAN Chao-Gan on Sun, 01/13/2013 - 12:02

1. 更新DPARSF到最新版本（121225），另外，csv文件是一个汇总文件，不在每个被试的文件夹下，在上一级目录。

2. 在scrubbing settings中可以设置FD阈值。

3. 在scrubbing settings中可以设置FD类型。

我一直想着针对这一些改动更新一下视频（FD类型，VMHC镜像模板配准等），但最近比较忙。我一定争取尽快完成。