Questions on Normalization and Reorient in DPARSF-A

老师们好。

近期,学习dparsf的新版与旧版的视频。
由于学生是新手,遇到些问题,论坛上也没有找到具体的答案。故还是冒昧地发帖子请教。
如有不妥之处,也请批评指正。先谢谢了:

1.Normalization这一步骤中,旧版的dparsf 如果将"采集到每个被试的T1像时,用T1像的联合分割方法,把功能像配到相应的T1像中",只需要填好这些参数normalize;bounding box; Voxel size; Normalize by T1 image unified segmantation.; east asian 或eurpean,即可完成。

如用新版的完成上述步骤,则需“T1 Coreg to Fun”“Segment,Affine Regularisation in Segmentation East Asian”“Normalize, Bounding boxVoxel sizeNormalize by using T1 image unified segmentation” 分别设置。
不知学生理解是否正确?

2.新版的增加"Reorient T1 interactivily和Reorient Fun interactively",中文视频里,提及:看T1像的十字是否在原点,不在则须调整至AC点上;而Fun像只需看采集是否正确即可,如果不好则考虑删除该被试。之后再进行T1 Coreg to Fun。对不?

但看到之前的一个帖子:
http://www.restfmri.net/forum/node/901   中,老师的回复:
“Reorient T1 interactivily和Reorient Fun interactively就是交互式地把每个被试的功能像和结构像都调整到一个比较好的朝向(见Course part III)。这样基本上每个被试都能有很不错的coregistration效果。”

于是,我就困惑了:难道既要将T1像调至原点;也要将功能像调整原点?对不?换而言之,“Reorient T1 interactivily和Reorient Fun interactively就是交互式地”调整,是怎么进行呢?

3.我有些被试T1像不在原点,按照视频的确调整好后,配准就好了。但奇怪的是:有些被试的T1像,即便不再原点,但它仍旧配置的很好。这样没有调整原点的配置,是否会影响后续的数据分析呢?

谢谢老师们。

谢谢严老师的回复。终于把困惑很久的问题搞定了。



还有个问题:上两图的参数设置应该是一样的吧,我均用于处理论坛里的“ProcessingDemoData”算出来的ALFF,fALFF,的结果有细微不同,但FC的结果非常不同。
比如:分别用dparsf 或dparsfA 处理的 mfALFFMap_Sub_002.nii 用rest viewer看alphasim结果(p<0.001)下,number voxels都是70706;peak MNI coordinate都是-6 -33 -60,但peak intensity不同,前者是:8.11;后者是8.1533。
dparsf 或dparsfA 处理的 mfALFFMap_Sub_003.nii 用rest viewer看alphasim结果(p<0.001)下,number voxels都是70340;peak MNI coordinate都是0 -48 -51,但peak intensity不同,前者是:9.3261;后者是9.4173。

而FC里面的ROI_FCMap_Sub_001.txt结果都是不同的:在dparsf里面的第一个时间点数据是:9.3810167761914653e-01;而dparsfA里第一个时间点的数据是:3.9861682520219777e-01    ;后面时间点数据也是有很大的不同。
此外,在您给的DemoResults里,没有“ROI_FCMap_Sub_001.txt”文件,只有“ROI_ROIFCMap_Sub_001.txt”但结果与我上述两个版本的结果也不同。
所以我很困惑:dparsf与dparsfA 相同参数相同步骤处理的数据结果会有不同吗?还是我哪里设置有问题?

谢谢之前严老师的解答。
再次期待老师们或遇到相似问题的朋友们的回复,先谢过了。
补充:ROI也是示例数据里提及的:ROI Center(mm)=(-5,-53,41);Radius=6.00mm

有一点细微不同。在1)中,你设置了polynormial 1, 也就是去协变量时要再去一遍linear trend,但正如结果,影响甚微。

比较FC,应该比较FCMap或zFCMap,应该差别不大。

ROI_***里面的是时间序列,basic edition中的会加回均值,因此值与1)中不同。但除去直流分量,其他成份是一样的。

Error | Forum of resting-state fMRI

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