在两个mask内单独矫正 VS 合并mask后再矫正 的方法问题

Submitted by Authenty on Sat, 10/05/2013 - 13:40

我要做灰质体积与行为指标的相关，根据已有理论，我欲分别考察两个系统的灰质体积，一个是DMN系统，一个是Pain Matrix系统（使用WFU自己作的mask），已经有了这两个系统对应的2个mask。结果，如果在全脑上进行矫正，很多假设中的区域不能过矫正，而那些相对最强的cluster又与假设很契合，因此希望在这两个mask内来做矫正（PNAS上采用这样的处理办法）。

如果我希望在一篇文章中分别回答这两个系统的灰质体积是否与目标行为相关的话，

1.1 我在迟疑究竟是否必须把两个mask合并，然后在更大的mask内做矫正，这样的话，有几个预期中的cluster就不能存活。请问我能否分别进行两次计算，在每个mask内做矫正？
1.2 如果可以的话，矫正方法是否必须相同？

2.1 AlphaSim和ns校正下的结果比较一致，但过不了FDR和FWE矫正，您觉得使用这两种矫正方法可以接受吗？
2.2 如果可以接受的话，哪种方法更好呢？

多谢老师及各位朋友们！

Submitted by ZangYF on Sat, 10/05/2013 - 20:01

1.1.应该合并两个mask，然后在大mask内校正。在各自的mask内校正，也就是说做两次校正，这本身就是“多重比较”。
2.1.我认为任何一种校正方法，只要通过，就可以了。一般来说，非常严格的校正，假阳性会减小，但假阴性也在增加。并且，由于脑的体素太多，真正靠非常严格的阈值留下来的脑区，也未必真的是有意义的脑区，我认为，不同研究之间结果的可重复性更加重要。

Submitted by Authenty on Sat, 10/05/2013 - 22:13

非常感谢臧老师的回答，尤其感谢您对结果可重复性的强调和提醒！对1.1我还有个补充提问：

1.1 看到不少发在高因子杂志上的文章，他们根据先验基础事先选取一些坐标点为圆心画球，得到多个球形的ROI，然后对每个ROI用FWE方法进行小体积矫正（也有“多重比较”之嫌吧），他们为何不把这些ROI放在一个Mask上进行矫正呢？

我是类比这些做法想到尝试将2个mask分开做矫正的（相当于只有两个ROI），可能是我只观察到表象，没理解实质吧，所以想请臧老师更多地解释一下我必须将两个mask合并的原因。

谢谢臧老师，给您添麻烦啦！

Authenty

Submitted by ZangYF on Sun, 10/06/2013 - 19:34

 分别对每个ROI进行校正，这本身肯定是多重比较。将多个ROI合并为一个，只进行一次校正，显然比多次校正不容易得到阳性结果。我并不反对用比较松的阈值得到可能的假阳性结果。但搞那么多次校正，似乎得到的结果都是经过严格校正的，这是误导。

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Tue, 10/08/2013 - 13:23

 对于AlphaSim和其他校正方法相比是否能够接受，可以参考：
There are several methods for multiple comparison correction, as the reviewer mentioned, e.g., FDR, FWE. AlphaSim is another popular correction method, which has been utilized in popular fMRI analytic toolboxes, e.g., AFNI (give the site of AFNI…) and SPM (give the site ….) and well-accepted by other researchers. As Prof. Karl Friston said, this method is a standard procedure to correct for multiple comparisons given the spatial correlations inherent in clusters of voxels. In AlphaSim, we used a stochastic procedure, which identifies the null distribution of the maximum statistic within a search volume, based on surrogate data with the same spatial correlations.

对于是否要把两个masks合并的问题，
我倾向于合并成一个来做alphasim，因为你的假设是两个ROIs，没有理由要一个一个分析，假设是多大范围，校正就选择多大范围。