关于alphasim校正

Submitted by liufeng on Sat, 11/02/2013 - 15:14

请教下张寒师兄和严超赣师兄：

今天阅读了一篇文章，里面校正的时候是这样说的：

For all functional analyses (both RSFC and fALFF), the resulting statistical maps were corrected for familywise error (FWE) rate on the cluster level using Monte Carlo simulation implemented in the AFNI AlphaSim program (Cox & Hyde, 1997) (settings: correction
level p<0.05 FWE-corrected, initial voxel-wise threshold p=0.001, cluster connection radius=5 mm, whole brain mask).

我感觉这个做的就是alphasim校正，为什么说成familywise error (FWE) rate on the cluster level呢，这么说合理吗？
我之前认为FWE只能在SPM里面做，他是基于随机场理论的，可以说是Bonferroni correction 的一个改进版。因为Bonferroni 过于严格，而比如我们t图的体素之间不是相互独立，所以基于随机场理论提出了fwe校正。

或者说fwe是一个比较泛的概念吗？就是他这个范畴包括了很多种校正？

谢谢，

祝好

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sun, 11/03/2013 - 20:50

我谈几个自己的看法，这个问题我也不是特别清楚：

1. FWE的意思是把很多次比较看成一个family，比如把60000个voxel看成一个family。这个family中有一个或者一个以上voxel假激活，就认为整个family存在假激活了。在这种看法下，整个family假激活的概率就等于每个voxel的概率×voxel个数，这时候，就可以用bonforroni校正去纠正。这就是基于Bonforroni校正的FWE correction. 当然你说的对，在spm里把有效的voxel个数变少了，因为基于了voxel之间不是相互独立的这个假设。

2. 我认为AlphaSim不是FWE correction的一种。AlphaSim是模拟在零假设下一定大小团块出现"激活"的概率，从而实现cluster水平的校正（不是在height 水平上的校正）。

3. SPM里的确有familywise error (FWE) rate on the cluster level ，说的是在一次统计分析中，cluster大小超过k的height阈值超过u的概率，这个实际上就是AlphaSim校正。所以我觉得，spm里实际上就是做了AlphaSim校正，只是把它叫成了FWE。

具体，可以看spm_list.m的第530行：            [Pk Pn] = spm_P(1,K(i),u,df,STAT,R,n,S);  % [un]corrected {based on K}