关于灰质mask

Submitted by leeona on Mon, 12/23/2013 - 21:59

老师们好：
在老师们实验室的文章（Wang ZQ,et al ,2011, HBM）做mALFF时提到“The global mean ALFF value was calculated for each participant within a group GM mask obtained by selecting a threshold of 0.2 on the mean GM map of all 54 subjects.”  这里是不是意味着在DPASFA中，做ALFF+fALFF前选的mask应该为自己定义的灰质mask？
根据文中的提法这个灰质mask是由组内所有人的灰质求平均再卡0.2的阈值而得，那么请问老师如果我前面用的是“NEW segment+DARTEL”的话，这里每个人的灰质图像应该选“T1ImgNewSegment”文件夹中的哪一个灰质文件呢，“wc1-”，“mwc1”，“smwc1”还是最原始的“c1”呢？
还是根本不能用这里的分割结果，而应该用VBM的分割结果，因为我不能确定New Segment是不是也像之前一样先把T1配到功能像上再做的分割，而不是直接对T1做的分割。

基础有点差，先多谢老师指点！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Tue, 12/24/2013 - 11:34

从文字上看，的确是用了所有人segment之后生成的wc1文件平均之后取0.2的阈值得到了灰质mask。在mask里面算了mean ALFF值。
如果是这样，又是在dparsfa里做的，可能mask就是选择了这个生成的灰质mask。

Submitted by leeona on Wed, 12/25/2013 - 21:18

谢谢老师的回复。还有一个问题是：  DPASF中的segment， DPASFA中的 New segment， 以及 VBM中的segment 分出来的灰质是一样的吗，因为从视频讲座中我理解的DPASF中的segment 是先将T1像配到功能像后再做的分割，而VBM中是直接针对T1像的分割，他们之间有差别吗？若有差别，我这里还能用 New segment 分割出来的灰质吗？

追加一问，呵呵。

请问DPASFA运行过程中生成的mask文件夹中的mask文件是做什么用的（我做的ALFF和fALFF），里面既有AllResampled mask,也有每个人的mask，而且有全脑、灰质、白质，脑脊液所有的mask。

祝老师们圣诞快乐！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 12/27/2013 - 08:46

 所有的segment都是对T1像做的分割。  至于为何要先把T1配到功能像上，我想你搞混了normalization和coregistration这两个概念。

为了保证分割T1的同时，将功能像也配准，在segmentation之前必须要让两种图像对齐(coregistration）。这样，配准才能让结构像带着功能像走。因为，两者在最开始的时候是没有对齐的。在没有对齐的情况下，即使T1像normalize的很好，功能像也不一定好。

至于你说的各种segmentation的办法，现在有直接分割，即vbm和spm里面的segmentation，我记得这种segmentation叫unified segmentation，就是说把分割之前的各种对T1像的处理比如图像均匀度校正都放在一起做的意思。还有一种新的segmentation的方法叫new segment，这个在dparsfa里面是和dartel一起做的，这个方法和unified segmentation有区别，但是不太大，就是算法更复杂了。

mask文件，你说的很可能是做dartel时生成的，对你没有什么用。