Submitted by jiaxize on Sun, 03/20/2016 - 09:39
我们在MRI中拿到的原始数据是DICOM格式的，扫描机器品牌不同，扩展名可能不一样（如扩展名为IMA、DCM或没有扩展名），这些都属于DICOM格式。我们在使用相应的fMRI处理软件进行数据分析前，都会使用对应的工具首先进行格式转换，比如RESTplus默认会将数据转换为NIFTI格式（.nii扩展名）。不同软件的默认文件格式是不一样的，比如AFNI的默认格式有两个文件HEAD文件和BRIK文件。也就是说，假如你使用AFNI的命令来做数据处理，如果没有特殊设置，通常来讲得到的文件会是一对文件：HEAD和BRIK。做完的这个结果，如果想用RESTplus做进一步分析，先用对应命令（3dAFNItoNIFTI）做一个格式转换就可以了。NIFTI是一种通用格式，大多数软件都支持NIFTI格式。同理，RESTplus处理完的结果，默认都是NIFTI格式的，可以直接拿到支持NIFTI格式的软件中使用。
注意：文件扩展名，就是后面的那个后缀(.dcm或.ima),和文件格式不完全等同，文件格式可以理解成一种文件规范，比如DICOM格式，默认前面若干个字节存储着被扫描人的信息，以及机器型号等，是一种文件规范。扩展名是一种标示，换句话说，有可能同一种文件规范有不同的扩展名。
fMRI的数据分析软件通常都是支持NIFTI格式的（.nii扩展名），比如：SPM、FSL、AFNI、DPARSF、MICA、GIFT、Gretna等等
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http://www.restfmri.net/forum/node/2364