Publications used REST or DPARSF software 

2012

Han Y, Lui S, Kuang W, Lang Q, Zou L, Jia J. Anatomical and functional deficits in patients with amnestic mild cognitive impairment. PLoS One. 2012;7 (2):e28664  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22319555

严老师：
您好！
我做双样本T检验的时候，我即想看病人的显著脑区又想看对照组的显著脑区，最早听您的课件是说二者做一个并集即可，可这二者的并集是怎么输进去的，是把数据文件放进去，还是输什么表达式，具体的操作该怎么弄，课件视频有些没明白。因为之前我都做的是全脑的mask，没注意这一点。
麻烦您了，谢谢！

老师好：

请问严老师：

我有批DTI数据，预处理结束后，下一步进行one sample和two sample t test统计分析，是否可以用REST的统计模块？

谢谢！

请问各位老师，谁有严老师做的那两个caret模板，或者其他的脑模板，可不可以发给我一下，我的下载出了点问题，谢谢！395408911@qq.com

请问，REST里FDR校正时用的Q值（如0.05），是不是就是我们经常在文献里看到的p值，还是有个等价关系？谢谢！

1.
Epilepsy Res. 2012 Mar 12. [Epub ahead of print]
Connectivity disruptions in resting-state functional brain networks in children with temporal lobe epilepsy.
Mankinen K, Jalovaara P, Paakki JJ, Harila M, Rytky S, Tervonen O, Nikkinen J, Starck T, Remes J, Rantala H, Kiviniemi V.
Source

Department of Pediatrics, Oulu University Hospital, Oulu, Finland.
Abstract

严老师：
关于mask的使用和预处理中的数值提取有以下问题想向您请教，请您指点，谢谢：

1. 使用激活图来做mask，但是发现此时的mask原料是前面生成的ALFF、fALFF、ReHo、zFC的值经过统计之后，生成的激活图，根据这些激活图，再使用一些运算，如(（i1>0）+(i2>0))>0等类似的方法生成所需ROI的mask。那现在这些mask是做什么用的呢？在视频一中提到，计算ReHo、ALFF、FC时可以使用自己定义的mask，但是那时mask还没有啊。这样一来，不就相当于一个死循环了。难道只能使用default mask计算ReHo等值后，通过统计得到mask用于下一批数据？

2. 如果我想在数据预处理之后，如Normalized之后将各体素的BOLD激活值提取出来，用于MATLAB计算，应该如何提取呢？应该使用什么命令语句，或者程序呢？

Lots of people used the coordinates of 6 ROIs provided by Fox et al., 2005 (Fox, M.D., Snyder, A.Z., Vincent, J.L., Corbetta, M., Van Essen, D.C., Raichle, M.E., 2005. The human brain is intrinsically organized into dynamic, anticorrelated functional networks. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 9673-9678.).

For the first ROI (IPS) of the six ROIs (IPS, FEF, MT+, MPF, PCC, LP), the Talairach coordinates is: -25, -57, -46. [Methods -> Correlation Techniques]
However, this point sits in cerebellum!! Far away from the intraparietal sulcus (IPS).

I guess this is a typo in that paper, the correct coordinates should be -25, -57, 46. See foci in Table 1, IPS (-23, -66, 46) (25, -58, 52).

So be careful when using the coordinates from that paper.

我的功能像dimension是64*64*39的，voxel size 是3*3*3的，用DPARSF做数据处理，default mask是61*73*61，voxelsize是1*1*1的，和我的数据dimension不一样，我试着用rest中的reslice对default mask重采样，结果我看了下采样后的图像，脑部明显不全，我想做个64*64*39的mask，请问怎么做呢？因为我的实验是探索性的，是对整个脑部哪一部分激活的探索，所以想请教下各位谁能帮我解答下怎么做一个适合自己数据的全脑mask