我们对病人组在治疗前后均扫描了静息态数据，也采集了健康对照组的静息态数据，在对ALFF用REST统计上犯了难，目前的试了一下，我的步骤和问题如下：
1.病人前后和对照共三组数据做ANOVA，得到了一个脑区，再在这个脑区内用REST做两两比较（该脑区为mask），发现病人治疗前该脑区内大部分voxel比对照高（REST双样本T检验），而治疗后该脑区大部分voxel比治疗前更高（用了REST的配对T检验），但是治疗后的影像与对照比却没有得到阳性发现（REST双样本T检验，跟前面是同样的多重比较矫正水平），对于这一点我就觉得纳闷，为什么治疗前比对照高，治疗后更高，治疗后比对照反而没有影像学的阳性发现？
2、我也知道不是独立样本不适合做配对T检验和ANOVA，但是有什么更合适的办法吗？或者现在我的方法有没有可以被接受的可能？