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如何制做包含“S1，S2，PFC，ACC，Insula和Thalamus”的mask？

Submitted by Authenty on Wed, 09/11/2013 - 08:58

各位老师和Resters，

教师节刚过，首先补送一句教师节快乐！

我在用VBM分析80位正常人的T1结构数据，由于已经有大量研究作为理论基础，我希望有选择性地提取出那些参与疼痛表征和调控的主要脑区（S1，S2，PFC，ACC，Insula和Thalamus）的灰质和白质volume，因此需要做一个只包含这些脑区的mask，但是在制作这个mask时，我遇到一些困难：

问题1. 首先，我尝试在BA模板中找到与以上6个脑区对应的mask，但是，发现BA模板中很难界定thalamus和insular，于是，我转向使用AAL模板。AAL模板的好处是对于thalamus和insula都有明确的分区（即，丘脑77Thalamus_L7101 丘脑78Thalamus_R7102；脑岛29Insula_L3001，脑岛30Insula_R3002），另外四个脑区比较靠近表层，也比较容易找到大致对应的AAL区域。我想请问各位老师，使用AAL模板制作以上6脑区mask的做法，可以被接受吗？

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请教关于多重比较校正的问题~

Submitted by shengk on Fri, 09/13/2013 - 15:22

 请问一下，当三组间进行完ANOVA的分析后，发现有差异，再进行三组间的两两间的比较。在这个过程中怎么进行多重比较校正呢？应该是先针对ANOVA的结果校正一次，然后在两两比较时再次进行？用REST软件里面的Alphasim可以完成吗？谢谢~！

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有关FA图与fmri图像的融合问题，求高人解答！！跪谢！！

Submitted by taolei329 on Fri, 09/13/2013 - 23:37

大家好，我的课题是老年性痴呆的功能磁共振研究，最近向导师汇报科研进度时，他问我能否把弥散张量的FA图与静息态图像进行融合，这样就可以对两者进行综合相关分析，我也查了一些文献，确实有一些研究者将两种图像进行了融合，于是我自己尝试了一下。

我用的磁共振是SIEMENS Trio 3.0T，文献上用的是GE或者飞利浦的磁共振，然后说将FA图进行空间标准化后，利用MRIcro软件将其与fMRI融合，我的理解是把FA序列得DICOM图像进行NORMALIZE后得到的文件叠加在MRIcro的fMRI图像上，然后我用DPARSF basic edition ，导入FA的图像，然后勾选DICOM to NIFTI，Slice timing，Realign，Normalize，然后RUN，结果MATLAB里面提示 说 index exceeds matrix dimension，下面一堆红色的ERROR。

我自己确实不知打如何进行FA和fMRI的融合，这只是一个尝试，希望有相关融合经验的同行、前辈高人指导一下具体的操作步骤。另外，matlab的提示是不是时候DTI扫描参数和fmri不一致？是不是由于不同厂家磁共振扫描的图像不同而导致的无法融合？又或是机型不是问题，而是方法的问题？谢谢！！

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Orthogonalising CSF, WM and 6 motion parameters

Submitted by Mamtis13 on Wed, 09/18/2013 - 00:50

 Dear experts,

Can you please tell me if, in DPARSFA, CSF, WM and the 6 motion parameters are orthogonalised against each other before these covariates are regressed out during pre-processing?

Thank you very much for your advice!
Regards, Mamtis

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