June 2012

Out of memory issues

Submitted by farras on Thu, 06/28/2012 - 23:24

Hi,
I am running DPARSF preprocessing for about 160 subjects. After 36 hours or so of running I am getting the following message:
Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
Has anyone encountered such an issue? And if so any advice would be most appreciated.
Thanks,
Farras

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怎么办啊，求助

Submitted by cancas on Fri, 06/22/2012 - 10:06

DICOM整理时一直都不行
报错如下

Warning: Directory "F:\matlab7.0\work" already exists.
> In mkdir at 116
  In rest_DicomSorter_gui>btnRun_Callback at 175
  In gui_mainfcn at 75
  In rest_DicomSorter_gui at 26
??? Error using ==> images\private\dicom_set_mmeta_encoding
Could not determine file encoding.

Error in ==> rest_DicomSorter at 30
    dicominfotmp = dicominfo([rawdir,filesep,rawdata(i).name]);

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求教

Submitted by cancas on Mon, 06/18/2012 - 22:08

还是一个低级的问题，想各位老师求教。
我在DICOM文件整理时 选择DICOM Flie extension  后

要么显示 There is no data or non-data flies in this directory 要么就是运行之后 一直都在14% 一直不动，预计时间这些都是0

这是什么原因呢，是我的原始数据不对吗，需要怎么解决啊。这个问题很低级，各位老师勿笑！

还有一个问题 我的Matlab是7.0的 有必要升级更高的版本吗

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请问经过EPI.nii模板标准化后的图像如何转化到individual space

Submitted by taobao2010 on Sat, 06/16/2012 - 17:10

各位老师好：
      我在dparsf中使用了EPI.nii标准化（Normalize by using EPI template），在MNI空间选择ROI区域后需要返回到individual space提取数据，请问应该如何操作？谢谢指点

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求助，dicom文件整理时出错

Submitted by cancas on Thu, 06/14/2012 - 21:32

老师好，我是一名新手，很多东西都在摸索中，向各位老师学习。
我在用rest dicom sorter 整理时出现报错，这要怎么解决呢？？？还有我的rest dicom sorter 不能显示如教学视频中的 add  recursively all sub-folders of a directory这些选项

Warning: Directory "D:\matlab7.0\work" already exists.
> In mkdir at 116

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请问如何逐切片逐时间点提取时间序列

Submitted by taobao2010 on Thu, 06/14/2012 - 00:42

各位老师好：
      我在rest软件包中找到提取时间序列的程序（rest_ExtractROITC.m），发现程序是直接在一个时间点上取得均值作为当前时间点的值，即110个时间点，时间序列的长度即为110。如果我想按照逐层再逐时间点提取，即假设每个时间点61层（Z轴），共110个时间点，最后生成61×110长度的时间序列，应该如何做呢？谢谢

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报结果

Submitted by yangshuo on Wed, 06/13/2012 - 09:16

 老师你好，请问我用rest sliceviewer 的CLreporter报结果，用的Alphasim 校正，6平滑，p<0.01，应该是cluster size 40，rmm 5吧？那我的结果里面凡是小于40个cluster size 的脑区都不能报了吧？
  这里附上一个clusters

Number of voxels: 271
Peak MNI coordinate: -3 -90  30
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // brodmann area 19 // Cuneus_L (aal)
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