July 2012

关于手画ROI

我用mricro手画ROI,调取的是一个被试的图像来画,存下的ROI能否进行功能连接的组分析呢?静息的fALFF和ALFF已经是组分析后的结果,用它存取cluster做感兴趣区可以用于功能连接的组分析。但我要想进行更细解剖结构的分析,比自定义球形ROI更细、不规则解剖区的话,手画ROI如何实现并能进行组分析呢?

关于REST中report的报告

老师:
  您好!我现在用REST做统计矫正之后,生成的report若按校正(AlphaSim校正)时卡的clustresize值的话,是木有脑区大于clustersize的阈值的,也就是说木有脑区是激活或者负激活的,可是图中却显示有激活或者负激活的,请问下还有什么方法能够把激活或者负激活的脑区报告呢?

DARTEL标准化问题总结

严老师,
看了您前面的建议,我还是想争取用DARTEL标准化,所以希望在您帮助下,能把这些问题克服了。
我换电脑跑后,out of memory问题解决了,slice、realignment后DARTEL可以正常运行。但另外两个问题试了十几次都通不过。
功能像normalize文件生成这步还无法解决,软件跑了一会normalize to MNI space后,提示movefile的错误,检查文件发现FunImg下面已经生成了swra前缀的文件,而没有wra前缀的文件,奇怪为什么还没到smooth,就生成了s前缀的文件?前面用DARSFA跑到这一步同样是这个问题,软件直接把swra前缀的图像放在了FunImgAR文件夹,而movefile报错。
我查看了分割图,发现白质图(smwc2co前缀)还是有灰色的条纹阴影,感觉不大对劲,不知是什么问题?

DARTEL后续问题

严老师,我从头到尾用DARSFA做了下静息数据的DARTEL配准预处理,总体感觉DARTEL有点难度,除了前面帖子中的问题,又有了另外的问题,整理如下,望指点。

1. 为什么软件自动做了T1像的reorient与crop,后面在功能像与结构像的配准前还跳出了界面要求手工Reorienting T1 Image 呢,是否因为软件自动reorient的还不够准确?

2. 手工reorient这一步,感觉调整主观性大,调整不好可能更歪,尤其是低分辨率的功能像,所以想请教下调整图像原点到前联合有没有客观的、量化的标准?或者有什么简便的原则?

3. 执行DARTEL模版生成后,Normalise to MNI Space这一步的matlab程序有些不解:
一是从命令看,感觉跑了几次Normalise to MNI Space,为什么不是一次做完呢?

请问rest的CI report怎么查看?

本人刚使用rest,但是使用alphasim矫正后的结果报告看不明白,如下是clustesize 13, p<0.001报告中,Peak MNI coordinate region中各个脑区的出现的含义?undefined是什么意思? voxels structure下脑区出现的含义?总之,究竟是哪些脑区有显著性差异?
麻烦各位帮忙解答!可以的话,能否附上cluster size的具体含义和理解? 谢谢!
Cluster 1
Number of voxels: 38
Peak MNI coordinate: -42 -66 -27

DARTEL分割图质量检查

严老师:
再启matlab后,out of memory解决,所以前面第一个报错的问题如您没看见,就不用关注了。但还有一个问题:
New segment+DARTEL顺利完成,DARTEL运行居然得一小时!最终产生了可用于统计分析的灰白质和脑脊液图。但感觉分割出的白质图质量不大好,有条纹状的东西,不知是什么所致?想请您看看图像质量的问题,我传到了附件中。