July 2013

rest error

Submitted by nazli on Fri, 07/12/2013 - 20:37

Dear experts,

I am new in REST  software and i want to apply one sample and two sample t-tests on obtained ALFF maps. 

When I apply t-test from statistical analysis section, Matlab meets error (' rest_Fix_Read_Write_Error'). I applied every instructions that were mentioned in this forum before but it makes no difference.

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VBM DPARSF

Submitted by Chen0075 on Wed, 07/10/2013 - 00:26

严老师，您好，请问：

在做VBM的modulation时候我们经常这样选择：
单击Modulated normalized选择“affine+non-linear only”。这里的affine+non-linear only是什么意义，是说T1像经过affine和non-linear两次normalization，然后得到一幅MNI的图像？
在DPARSFA的VBM里面是如何选择normalization和modulation过程的。

谢谢！

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计算差异的差异

Submitted by chenyuchen1989 on Tue, 07/09/2013 - 14:02

老师好：
      我有一个统计的问题。我有两大组，每组内有两组数据，我分别用two sample t-test计算了这两组数据的差异。现在我想计算这两组数据的差异之间的差异，应该用什么方法呢？ 还是我一开始统计就应该用其他方法？ 请老师指教！谢谢！

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请教：如何得到MNI space 中的T1 MRI

Submitted by seuzjj on Tue, 07/09/2013 - 10:38

 各位老师，同学好，
请教一下，用DPARSFA处理fMRI时我使用了T1项做coregistration，然后做normalization，但我没找到normalize 到 MNI space之后的T1 MRI. 
是不是说，用做完coregistration 之后的 T1 计算如何normalize fmri 到 MNI space后仅仅把参数用在fMRI上，并没有保存 MNI space中的的T1 ？ 有没什么方法可以得到它呢？
另外在PicturesForChkNormalization 中有些subject 有些灰质和颅骨都重合了，如下图横断面，这样的subject是不是就不可以用了？或者是不是哪里的参数设置不合适，如何改进它呢？
非常感谢！

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请教一个问题，关于DPARSFA处理后的统计数据的选择。

Submitted by junesums on Tue, 07/09/2013 - 09:18

请教各位老师一个问题：
    我用DPARSFA处理数据，选择里面的“Calculate in MNI Space(warp by DARTEL)”处理流程，先跑完ALFF，再做Filter。这样的话最后的统计分析应该是选生成的“Results”文件夹里的数据，还是要选择“FunImgARCWSF”里的数据？
    还有就是，我看了一下数据处理时Matlab里面的代码，Filter时是对FunImgARCWS文件夹里面的数据进行滤波，而不是对Results\ALFF里面的数据进行滤波。这样的话，即是说Results\ALFF里面的数据是没有滤波过的？

附上代码：

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关于功能连接单样本t检验的问题

Submitted by ronandeng on Mon, 07/08/2013 - 10:12

各位老师和同学，

请教以下问题：

预处理：数据去除了全脑均值，白质，脑脊液，头动，在DPARSF进行。

功能连接：种子点在左侧初级听觉皮层，做voxel-wise的功能连接分析，得到每个受试者的z-FC图。然后对29名受试者的z-FC图进行单样本t检验。结果发现很多区域的t值十分大（三位数），导致即使p值调到很低（例如0.000001），存活的cluster依然很多。

我的问题是，这么大的t值是否正常？

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报错，头动校正后找不到Masks

Submitted by qqguai on Sat, 07/06/2013 - 16:43

老师，您好！

我想算ReHo，但头动校正后程序有如下报错：

 Extracting ROI signals...
  Read 3D EPI functional images: "E:\1 M1 Preparation\Data processing\human data\Reho\FunImgAR\D99".......................................
Error using y_ExtractROISignal (line 188)
Wrong ROI definition, please check:

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degree centrality out of memory 命令行和虚拟内存更改均没有效果

Submitted by swjtu_lin on Thu, 07/04/2013 - 19:39

 大家好：

我刚接触DPARSFA，所用的电脑内存只有两个G，
每次运行到degree centrality就会报错，提示out of memory。
用命令行：BCDedit/ set PAE forceenable windows
               BCDedit/set increaseuserva 3072
提示操作成功。电脑重启运行还是这儿报错。
将电脑虚拟非系统盘4G内存，还是出现同样的错误。

我看论坛上出现memory错误的都是按照FAQ 问题2所示的改，然后就没看到后续情况，不知道能否运行。

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