April 2016

New version (v2.1) of Pipeline-based individual functional mapping toolbox for surgical planning (PreSurgMapp) released!

PreSurgMapp is a toolbox for pipelined processing dedicated to individualized presurgical mapping of eloquent functional areas based on multimodal functional MRI.
 

DPABI/DPARSFA预处理错误

严老师:

      您好!

      我用DPABI2.0对任务态数据进行预处理时(T1配准/DARTEL分割),出现以下错误(台式电脑32位系统),不知道为什么出错,但我在自己台式电脑(64位系统)是可以跑的。

麻烦您方便帮我看看,谢谢!

此外,请问SPM12与DPABI是否兼容?谢谢!

错误代码如下:

ADataDir 的数据格式

各位专家,大家好

我在做fMRI图像后处理的时候,想自己做一个小程序,并在其中调用 REST一些成型的程序和函数

REST的很多函数和程序,对于文件的定义都使用了变量 ADataDir

ADataDir 具体的格式和要求(结构、定义、注意事项?)是怎样的?求详解,多谢!

[FAQ]常见问题:什么是MASK?如何对数据使用MASK?

在fMRI中,MASK也是一副脑图,如果用看图软件(如MRIcron,REST Viewer等)打开一副MASK,就会发现,这幅图上面的数值,只有0或者1。MASK脑图通常的作用是去掉我们不感兴趣的区域。我分一下几个步骤介绍。

(1)如何做MASK

得到MASK的方式有很多,比如我们做完统计检验,可以得到一张T图,卡完阈值后,我们可能只对某一个特定的cluster感兴趣,这样我们就可以做一个mask,这个mask只包括我们特定感兴趣的cluster。或者是,我们对某一个AAL脑区感兴趣,想把这个脑区做成MASK。

以上两种情况,在RESTplus的Viewer里面,都可以根据自己的抢矿,单独保存某一个指定的cluster(选中cluster后,点击save cluster按钮即可)。存下来会得到两个文件,有一个是binary的,即,脑图只包括0或1。

注:假如我们的cluster是从其他软件得到的,要自己把cluster文件做成只包含0或1的文件,使用RESTplus里面的image calculator,载入该cluster的文件,标号为i1,在公式的位置输入,i1./i1即可生成该脑图的binary文件。也就是说,我们用该脑图自己除以自己,有值的位置就会变成1,原来没有值的位置仍然是0.

[FAQ]RESTplus软件操作:ROI wise和Voxel wise功能连接区别

RESTplus软件中的功能连接模块有两个选项:ROI wise和voxel wise。

voxel wise的功能连接(文章中有时也叫seed based),是指,我们指定一个ROI,将这个ROI内的信号做平均后得到一条平均时间序列。然后用这条时间序列,与全脑其他体素逐个做相关,这样就会得到一副脑图,脑图的每个voxel位置都有一个r值,意思是该voxel的时间序列,与种子点时间序列的相关大小(功能连接强度)。所以,voxel wise的功能连接选择后,得到的结果会有一张脑图,还会有一个txt文本文档,文本文档里会有一列数,这一列数,就是ROI内信号平均后得到的平均时间序列。

实际上,对于voxel wise的功能连接,在软件操作的时候,也可以选择多个ROI,比如,我们同时加入了4个ROI,ROI1、ROI2、ROI3、ROI4。这样就会得到4张脑图,分别是以ROI1、ROI2、ROI3、ROI4为种子点得到的功能连接图。

 

ROI wise的功能连接,如果使用这个功能,至少需要定义两个ROI,计算的是,ROI之间的功能连接强度(相关),结果存在一个文本文档里面,每一个数,都是每两个ROI内平均时间序列的相关大小。比如,我们定义4个ROI,最后得到的结果是一个4*4的矩阵。