关于t map的生成

就我所知的，谈一下我的认识：

我做second level，模型估计estimate之后，会生成beta0001，beta0002文件，也就是广义线性模型的系数。还会生成con文件：当然这个是做完contrast的结果。然后还要生成spmT0001文件。这个就是我们统计之后的t map。我从网上关于spm的原理得知，这个t图貌似是用con文件和残差ResMS文件生成的？请问是这样的吗？如果是，具体的公式是怎样的呢？

你说的对，个体统计的t图由con文件和残差文件生成，具体的求t值的公式，你可以去一本书中找，叫Human Brain Function，我们叫他大厚书：）
这本书详细讲了这些内容。con文件做分子，残差标准差做分母（同时还要考虑contrast，所以分母不仅仅是残差标准差，因为contrast会影响残差标准差的估计），这样应该是t的计算了。这和我们在统计书里看到的并无两样。

还有，我感觉出来这个t图应该不用这么麻烦吧，直接两组人全脑每个体素做voxel-wise的双样本t检验（ttest2），不就可以得出相应的p值吗？也不需要con文件和残差ResMS文件吧？是不是个体统计first-level需要这两个文件而群组统计时不用呢？群组统计应该只需单样本ttest，双样本ttest2，去协变量regress，就行了吧。

你说的应该是二次统计，就是组分析。这时候的t值计算要比个体统计看起来简单。和你说的差不多。con文件还是需要的。需要拿con的值做t检验。个体的残差就不需要了。