Function Connectivity define ROI

Submitted by 小白 on Wed, 10/26/2011 - 10:22

严老师：

您好！想请教您关于Function Connectivity的问题，我是通过rest来做的，也看了您的course，但是关于slice view的使用有些问题。

（1）我选择了“rest”-“Function Connectivity”-"ROI wise"-“Add ROI”，我想选择通过AAL模板来定义ROI，根据已有的先验知识选择若干aal的脑区作为感兴趣区来做。点击“next”后，进入slice view的界面，我也看了您关于讲解slice view的讲解，可是还是不太清楚 怎样就算选择好了ROI.

我是通过将我要定义的aal的一些脑区的mni坐标输入到里面，之后我选择cluster size按视频里的讲解输入那些参数，然后选择save cluster保存好。

（2）关于那个p和threshold的问题，因为我没有做之前的统计检验，我是想直接用先验知识来选择ROI。

希望能收到您的回复，非常感谢您！

Submitted by YAN Chao-Gan on Sun, 10/30/2011 - 09:29

1. 你用rest slice viewer 做好你想要AAL脑区的MASK后，在Add ROI里面选user-defined mask，然后选你定义后的MASK即可。
2. 同意你的看法。

Submitted by 小白 on Mon, 10/31/2011 - 16:29

老师 具体怎么通过slice view做好aal脑区的mask呢？我看了视频还是不太清楚。谢谢您！
我是这样做的，打开slliceview ，overlay里选择aal模板，通过输入mni坐标选择到要定义为ROI的aal脑区,（这里我不能调整那个p值和threshold），然后按照视频里讲的将cluster size里参数设置好（58,1458，SPM_Criterion），然后选择save cluster，会生成.img,.hdr和mask文件。这个mask文件就是我做好的ROI吗?可是我在slice view里面查看这个mask文件时，显示的是整个aal模板的脑区，并不会只显示我定义的那一个脑区（因为我理解的做好这个mask应该是只显示我定义好的ROI，就像激活图一样，显示那一部分），所以我怀疑我这个是不是正确。
非常感谢您！

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 11/05/2011 - 22:41

视频里面有一个关于BA脑区MASK制作的介绍，用那个方法就可以。set range of threshold

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 11/10/2011 - 03:50

www.restfmri.net/forum/Course
第二部分

Submitted by 小白 on Wed, 11/02/2011 - 01:10

老师
我定义好ROI了 同时还会产生相应的mask文件，那我在做功能连接自定义mask时，应该是选择mask文件呢还是原文件呢？