请问在Rest软件包中提供的mask为什么要卡阈值

Submitted by taobao2010 on Tue, 03/27/2012 - 16:12

老师：
在Rest软件包中提供的全脑、白质和CSF的mask都卡了阈值，请问为什么要卡阈值，以及为什么卡的阈值分别为50%，90%和70%，请问有什么依据吗？卡过不同阈值的mask之间加减运算有意义吗？
如果要做一个灰质mask，是否可以用rest软件包中的“BrainMask_05_61x73x61”-“CsfMask_07_61x73x61”-“WhiteMask_09_61x73x61”得到？得到的结果是卡过多少阈值的灰质mask呢？ 谢谢

Submitted by YAN Chao-Gan on Wed, 03/28/2012 - 03:01

经验值，当时和臧老师和贺老师一起看的，觉得卡这个阈值能保证不感兴趣的区域（WM，CSF）不至于扩大到别的灰质区域。
你可以生成任何你想要的mask。如果需要灰质mask，在spm里面找到先验灰质模板，自己卡一下阈值即可。

Submitted by taobao2010 on Wed, 03/28/2012 - 11:38

请问老师：
1. 您说的spm里面的先验灰质模板，是指spm8\tpm\grey.nii,还是指spm8\apriori\grey.nii，这两个模板一样吗？他们是否已经卡过了阈值？
2. 自己制作灰质mask时，一般可以参考的经验阈值为多少范围比较合适？

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 03/31/2012 - 02:23

我一般用apriori的先验模板。tpm下的一般在分割配准的时候用。但具体差别可以spm maillist上询问。
我们以前一个研究用过组上平均GM卡0.2。供参考。
Wang, Z., Yan, C., Zhao, C., Qi, Z., Zhou, W., Lu, J., He, Y., Li, K., 2011. Spatial patterns of intrinsic brain activity in mild cognitive impairment and alzheimer's disease: A resting-state functional MRI study. Hum Brain Mapp 32, 1720-1740.

Submitted by Chen0075 on Sat, 04/14/2012 - 08:58

严老师，您好！
那么WM的阈值应该卡多少呢，能否也提供一个经验值或者相关参考文献，我已经得到了group mean WM map.
谢谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 04/17/2012 - 03:10

 我们在REST卡WM的MASK是设在0.9。因为我们要尽量避免把GM体素包括进来。
你可以看看在你的数据上这个值是否合适。