请教一个关于三组人seed-based FC的问题

Submitted by liufeng on Sun, 04/29/2012 - 22:28

您好！
我已经看到这个concern：http://www.restfmri.net/forum/node/764#comment-1235，但是现在有一个问题，我有三组人，比如想做pcc为种子点和全脑所有体素算功能连接，然后进行统计，请问过程是否应该如下：

得到r图后用fisher z变换，然后三组人分别单样本t检验并校正，之后用三组校正后的区域的并集做mask1，在这个mask1内做anova并校正，然后得到anova显著的区域并做mask2，然后在这mask2做两两的post-hoc t test。

除了上面这个问题，还有一个就是在单样本t检验的激活区域做成mask的时候，我们是只选与seed正连接的区域还是正负都要呢？

在严博这篇文章Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease A Resting-State Functional MRI Study中也是先用了三组人的单样本t检验，但是之后的anova并没有在三组人单样本t检验结果的并集中做（还是基于的全脑的用灰质做的一个mask），难道这篇文章单样本t检验的目的只是为了观察吗？是否应该在单样本t检验的mask内部做anova比较合理呢？严博在视频中也有所阐述。

谢谢！

Submitted by ZangYF on Sun, 04/29/2012 - 23:42

我认为你的做法是对的。我个人比较推荐用并集，也就是说，至少有一组人存在显著的功能连接。当然，在全脑内进行ANOVA，也是可以的。

ANOVA之后的post hoc analysis，多重比较校正的问题比较复杂，应该有两个校正，一个是多个体素需要校正，另一个是多个t-tests（比如，三组如果全部两两比较的话，就会有三次t-tests）。多个体素的校正，一般影像学数据处理软件都提供，但多次t-tests的校正，SPSS中提供多个方法，而我所知道的影像数据处理软件，都没有提供校正的方法。

Submitted by ZangYF on Mon, 04/30/2012 - 10:52

我个人倾向于正、负都保留，最后存在组间差异的话，将每组的值（peak voxel的值或cluster内的均值）图示，以清楚显示在某个组是正还是负。

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 05/05/2012 - 07:07

我以前说可以先做单样本T检验的并集MASK，然后再在并集MASK里面做双样本T检验。
有一个朋友被审稿人指出这样不妥，我想想之后认为审稿人说的是有道理的：
单样本显著做并集，意味着选出的脑区是 (1) 在A组显著但在B组不一定显著 （2）在A组不一定显著但在B组一定显著。这样，其实是将一些信息带入了双样本T检验的，从而减少了多重比较的次数。

这个Concern同样会存在于ANOVA中，如果你先用单样本T检验选了一遍，再去做ANOVA，相当于提前多看了一些信息。

我们在Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease A Resting-State Functional MRI Study一文中并未在并集MASK里面做ANOVA。

另外，做完ANOVA之后，会得到ANOVA显著的脑区，但post-hoc的双样本T检验不能在这个显著MASK里面进行多voxel的多重比较校正。我们在这篇文章中，post-hoc双样本T检验仍然在全脑MASK里面进行的多重比较校正。校正之后，再与ANOVA显著的脑区叠加，这属于一种简单的post-hoc多重比较校正（simple least significant difference post-hoc test (although this is not a good post-hoc test)）.


Submitted by YuSure on Wed, 05/22/2013 - 00:31

 严老师：
       想就上面的问题追问一下，关于您上面所说的“post-hoc双样本T检验仍然在全脑MASK里面进行的多重比较校正。校正之后，再与ANOVA显著的脑区叠加”，我的问题是：在此处校正之后的双样本T检验结果与ANOVA显著的脑区叠加具体是怎么操作的啊？在image caculator里具体用什么表达式？
       期待您的回复，谢谢！