Submitted by wleewell on Thu, 07/05/2012 - 21:19
严老师，我从头到尾用DARSFA做了下静息数据的DARTEL配准预处理，总体感觉DARTEL有点难度，除了前面帖子中的问题，又有了另外的问题，整理如下，望指点。
1. 为什么软件自动做了T1像的reorient与crop，后面在功能像与结构像的配准前还跳出了界面要求手工Reorienting T1 Image 呢，是否因为软件自动reorient的还不够准确？
2. 手工reorient这一步，感觉调整主观性大，调整不好可能更歪，尤其是低分辨率的功能像，所以想请教下调整图像原点到前联合有没有客观的、量化的标准？或者有什么简便的原则？
3. 执行DARTEL模版生成后，Normalise to MNI Space这一步的matlab程序有些不解：
一是从命令看，感觉跑了几次Normalise to MNI Space，为什么不是一次做完呢？
二是在功能像标准化后报错了，应该是不能move normalize后的功能像，我的空间很大不知为什么还有这类问题？查看发现，在FunImgAR文件中有标准化并平滑后的图像（前缀swra），所以猜测该错误是否为软件不能把图像move到新的FunImgARW文件夹，而放在当前文件夹？进一步查看swra图像，感觉质量很不好，不如用unified segmentation标准化的图像，也没有生成检验标准化质量的图像。所以希望严老师再帮忙看看标准化图像的效果，是否潜在有问题？这种情况还适合用DARTEL标准化吗？
标准化图像、Normalise to MNI Space的程序及报错，DARSFA的界面设置图请见附件中。
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 DARTEL问题相关材料.doc | 286 KB |
Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 07/07/2012 - 00:11 Permalink
Re
1. 软件不会自动做Reorient，Reorient interactively是要交互式地进行的，所以会跳出界面。
2. 大致调到跟MNI一致就可以了，不用太精确。主要是怕两个图像的朝向差别太大，算法找到了局部极值点，这样配准效果就很不好了。
3. 这是因为如果要生成VBM的各种结果，每个都要进行一轮DARTEL Normalize to MNI space: Normalize to MNI space (Many Subjects) for GM, WM, CSF and T1 Images (unmodulated, modulated and smoothed [8 8 8] kernel versions).
4. movefile('w*',...这一步之前是Normalize by DARTEL，文件夹里应该是wra*，只有等后面执行了Smooth by DARTEL才会生成swra*的文件，你能再确认一些这儿发生了什么情况吗？Smooth by DARTEL效果是不太好的，因为相当于在标准空间的图像是没有很后的被平滑的（平滑操作发生在原始空间），所以我个人不是太喜欢Smooth by DARTEL。你可以比较一下在标准空间的平滑（即Smooth选项）。另外，你说的PICsforCheckingNormalization?我想应该是你中间的操作出错被中断了，所以没有能够顺利地产生这些图像。