关于ReHo 的问题

Submitted by yanzhou on Wed, 03/16/2011 - 22:01

老师您好, 我已经比较了病例组和对照组的ReHo双样本T检验,然后想进一步做ReHo值和临床指标之间的相关分析,是不是在T检查的结果上选择每个有差异的地方进行分析呢? 还是计算全脑的ReHo 值和评分之间的关系?具体该怎么操作?请指教，谢谢!

Submitted by dongzy08 on Thu, 03/17/2011 - 09:01

都可以。

第一种情况：如果你选择T检验有差异的脑区的ReHo值和临床指标做相关，得出的是有差异的脑区和临床指标的相关系数图。具体操作以病例组为例，首先用T检验的结果为Mask（rest sliceviewer->save clusters可以做）与病例组每个病人的ReHo的结果相乘（rest Image calculator可以做），得出每个病人在T检验结果上的ReHo图；然后，将上一步的结果每个病人在T检验结果上的ReHo图和病人对应的临床指标做相关(rest correlation analysis)可以做。最后，得到的是病例组上的一幅相关系数图，图上每个voxel的值代表病例组的每个T检验显著的voxel的ReHo值和临床指标的相关系数。

第二种情况：计算全脑的ReHo 值和评分之间的关系，我觉得用全脑不如用T检验结果做Mask好，不过操作是一样的。具体操作以病例组为例，首先提出全脑或者是T检验结果的Mask的平均ReHo值(Extract ROI series可以做)，得到病例组中每个病人的对应的一个平均ReHo值；每个病人有一个平均的ReHo值，也有一个临床指标，可以用SPSS或Excel计算两列的相关系数即可。

Submitted by yanzhou on Fri, 03/18/2011 - 11:59

我尝试了下，选择T检验有差异的脑区的ReHo值和临床指标做相关，发现了问题请老师帮忙解答
1。首先用T检验的结果为Mask，与病例组每个病人的ReHo的结果相乘rest Image calculator 算式是g1*i1 ，得出每个病人在T检验结果上的ReHo图；
然后，将上一步的结果每个病人在T检验结果上的ReHo图和病人对应的临床指标做相关(rest correlation analysis ，Add Group Images 选前面做出来的结果，Add Text Covariates里选个人对应的临床评分的那个.txt文件，结果报错如下，该怎么解决呢？
Read 3D EPI functional images: "E:\reho-clinical\G1I1result"...

Image Files in the Group:
output00001.img
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output00009.img
output00010.img
output00011.img
output00012.img
output00013.img
output00014.img

Correlation Calculating...
..........??? Attempted to access r(1,2); index out of bounds because numel(r)=1.

Error in ==> rest_corr_Image at 84
rCorr(i,j,k)=r(1,2);

Error in ==> rest_corr_gui>btnCompute_Callback at 143
rest_corr_Image(DependentDirs,SeedSeries,OutputName,...

Error in ==> gui_mainfcn at 75
feval(varargin{:});

Error in ==> rest_corr_gui at 28
gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

??? Error while evaluating uicontrol Callback.

问2.最后得到的是病例组上的一幅相关系数图，图上每个voxel的值代表病例组的每个T检验显著的voxel的ReHo值和临床指标的相关系数。这个结果该怎么看啊，对照组应该是不用做的咯，如何评价结果呢？

多谢指点

Submitted by dongzy08 on Sat, 03/19/2011 - 20:27

1.rest correlation analysis ，Add Group Images 选前面做出来的结果，Add Seed variate里选个人对应的临床评分的那个.txt文件，而不是Add Text Covariates。

2.相关系数（R值）对应的相关显著性程度（P值），P<0.05就可以说相关显著了。

Submitted by dongzy08 on Sun, 07/24/2011 - 09:54

你好，Cluster size的选择是根据AlphaSim的结果来定，参考http://afni.nih.gov/afni/docpdf/AlphaSim.pdf 。
如果你关注的是全脑，可以参考Sliceviewer提供的Cluster size的表格，在Misc -> Correction thresholds by AlphaSim下面。
这里，具体参照你的rmm, 平滑核，每个voxel的p值来选择Cluster size的大小。比如rmm=4，平滑核是4，每个voxel的p值是0.05的时候，校正到0.05的Cluster size是54个voxel。

Submitted by yanzhou on Wed, 05/30/2012 - 13:07

  我也是用T检验的结果的基础上作相反分析，想到正负相关的问题，如果在两组T检查的结果上是FC是负的（减弱的），个人理解的FC值<0.那与临床评分作相关分析时得出了负相关，说明FC越是弱（负的绝对值越是大），临床评分越是高。还有这时用REST看结果时,p<0.05,需要voxel校正吗？

Submitted by YAN Chao-Gan on Fri, 06/01/2012 - 02:49

 你用双样本T检验选出的脑区，不能用两组初试来做临床评分correlation分析。
因为两组间有差异，必然能做出相关来。一般是只在病人组做相关。

Submitted by ZangYF on Fri, 06/01/2012 - 10:46

这儿所谓的与t图相乘，一定要把超过阈值的t值设置为1，其它为0，然后再相乘。

Submitted by yanzhou on Fri, 06/01/2012 - 13:17

我按照以前老师的讲解作的,不是SAVE CLUSTERS保留那些脑区吗? ,然后把这个MASK 和病例组的图相乘,该如何设置呢

Submitted by YAN Chao-Gan on Fri, 06/29/2012 - 00:28

 Save Clusters之后的图像(设为i2, i1是你要应用mask的图像)，如果不是二值化的，要在REST Image Calculator中这样作为MASK用：
i1.*(i2~=0)

Submitted by yanzhou on Tue, 07/17/2012 - 19:53

 是不是这样理解,i1是病例组我需要进行相关分析的图像，i2是Save Clusters之后的图像（组间比较后取有统计意义的区域保存）。然后在REST Image Calculator中这样作为MASK用：
i1.*(i2~=0)，计算好的图像就能与临床评分进行相关分析了。不知我的理解对不对

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 07/19/2012 - 10:59

嗯，是的。
当然，你加一个group，用
g1.*(i2~=0)
可以一次性对所有图像都加载MASK。

另外，也可以在相关分析的时候，使用MASK。