resting data平滑核与p值的设定

论坛老师们:
     最近积累了几个问题,想问问大家:
     1、平滑核的选择。最近遇到文章返修,reviewer说4mm不是最合适,虽然没有继续揪这个问题,但我想看看大家的看法,因为有时候这个选择也会一定程度上影响到结果,是否随便选哪个都不算是大问题?
     2、用静息态数据alphasim校正前p值设定的问题。该p值的设定因研究而异,0.001、0.005、0.01、0.05都有,但我想问的是,一、大的阈值如0.05是否通常不推荐?二、看到过极少数文章使用0.02或0.03,如贺永老师07年AD的那篇文章,因为我的局部脑功能的结果恰恰在0.01至0.05间最敏感,0.01差异一两个区域,0.05太多明显夸大了结果,所以想请教各位老师,对比reho或alff等指标时,在进行校正的前提下,校正前单个像素的p值设置为0.01-0.05之间是否不太妥当?三、在校正前p值设定上,做reho、alff等局部脑功能的文章中,有些设置的很大,比如臧老师课题组也有设为0.05的文章,相比之下,研究功能连接的文章就没有设置为0.05这么大阈值的,这是否提示功能连接校正前p值不能设的太大?四、如果我要基于两组局部脑功能指标比较的差异区域,分析这些区域与其他区域的FC,用alphasim校正,校正前的p值如果局部脑功能的对比设为0.05,那么功能连接对比是否可以设为0.01,还是最好两个都一致?之所以这么想是因为有时一批数据可能网络的差异要比局部脑功能更敏感。
    

1. 关于平滑核大小,太大的平滑核对数据影响很大,个人不太推荐。有说法是采用1.5到2个采集体素的大小。

2. 两种分析方法的校正前P值设为一致比较好。校正前阈值的选取确实是一件比较头疼的事情,所以FSL后来出一个TFCE的方法(http://www.fmrib.ox.ac.uk/analysis/research/tfce/),不用选择校正前阈值。但目前很多实践仍然采用原来的方法,总体上来说,只要校正后能达到0.05,校正前的阈值都是可以接受的。

想再接着问下严老师:
如果我做基于局部脑功能异常区域的功能连接,校正前p值设为均设为0.02,因为这个阈值下结果不错。其实我个人觉得校正前p值可以反映患者单个像素水平结果的敏感性,这可能与患者本身的严重程度及个体变异等有关,选哪个都可以。但就是担心如果reviewer问为什么不用常用的0.01、0.05、0.005之类的,应该怎么回答呢?也不敢说是因为结果啊。
 

用0.02也是可以接受的。当然,如果设在0.01能有好结果的话,描述起来最好了。