请问老师们，alff的值能被量化么？

Submitted by WKY880770 on Sat, 07/21/2012 - 15:13

请问老师：
              alff的值能被量化么？比如用AAL模板把脑分90区，然后得到每个脑区的平均alff值? rest软件能做到这一点么？谢谢，祝工作顺利！

Submitted by Qing Zhao on Tue, 07/24/2012 - 03:20

First, it is hard to understand what "quantization" you used here exactly means.

if you want to extract the mean value of ALFF in a area
put all subject's ALFF map in same directry
then use REST's "extract time series" and define ROIs
the software will deal every subject's ALFF map as a time point, and extract a "time series" from the chosen ROI

Submitted by yuanbinke on Fri, 08/24/2012 - 11:00

Hi:
I think the paper 'The oscillating brain: Complex and reliable, zuo et al., Neuroimage, 2010' would be helpful for you.
best wishes!
Binke

Submitted by WKY880770 on Fri, 08/31/2012 - 10:18

谢谢老师们的回复，还有一个问题想问问: 因为我做出的结果ALFF在某个脑区是increased的，而有几篇文章跟我研究的是同样的样本，他们都说同样的那个脑区的体积是减少的，也就是说我的结果是否会跟他们矛盾？ 所以我想问问ALFF的增高或减低跟体积有相关性么？有没有这方面的文章呢？谢谢了！

Submitted by ZangYF on Sat, 09/01/2012 - 20:41

以前的研究发现体积减小、而你的研究发现ALFF增高，比较这两个结果，首先要看坐标有多大距离，否则很难说是“同一个部位”，由于文献中对脑区的命名比较宏观，比较坐标的距离比较可靠。VBM即可以得到volume，也可以得到gray matter concentration，这两指标与ALFF的关系，是一个非常有意思的问题。北大的邹启红博士曾经有类似的工作，但采用的不是普通的T1 3D结构像。她的文章是否已经发表，我也不是很清楚。我认为你可以在正常大样本数据上试试你的想法。

Submitted by WKY880770 on Tue, 09/11/2012 - 12:09

谢谢臧老师及各位老师耐心周全的解答！
         
          我按照建议，使用REST自带工具Extract ROI Signals ，然后把健康被试的mALFFMap放在一个Directory里，Define ROI我放入AAL的PCC即后扣带回这个ROI（通过61*73*61的AAL template，由rest slice viewer 获取），之后点RUN，得到4个文件，里面的xxx_ROISignals.mat或.txt文件里的数值是否就是我所需要的每个被试者mALFF的平均时间序列值？我是否就可以用这些值跟临床量表做相关或做条图之类的？  如果是的话，有一点让我感到困惑的是，我的这些值怎么这么高啊，都是二点几，三点几这样，有的甚至是四点多，而我看了那篇HBM的AD和ICA比的文章（Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease: A Resting-State Functional MRI Study），里面也提到用同样的PCC做ROI，里面的值却是一点几的（图见下），同样是用control subjects 我是不是哪部出问题了？
我的control subjects 提取的值如下：  
  2.5838648363621566e+000 
  2.8962647136110458e+000 
  4.4394378696915009e+000 
  3.7967291713631064e+000 
  2.8284111466721025e+000 
  3.0999512211249693e+000 
  2.7883282064521402e+000 
  3.5835620495524720e+000 
  3.2027002821003432e+000 
  3.2322440617275934e+000 
  3.5379061659757238e+000 
  3.8014313504643682e+000 
  3.1003831886026982e+000 
  2.8305792604049627e+000 
  3.2566644649436003e+000 
  2.4568942371946183e+000 
  2.6495634952600855e+000 
  2.9505335614629034e+000 
  2.2783845375924217e+000 
  2.6243421396199804e+000 
  2.6377578817144798e+000 
  2.9595489641175652e+000
HBM文章里面的截图：

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 09/13/2012 - 00:13

 "里面的xxx_ROISignals.mat或.txt文件里的数值是否就是我所需要的每个被试者mALFF的平均时间序列值？我是否就可以用这些值跟临床量表做相关或做条图之类的？"
--是的。

你的PCC的ALFF是全脑均值的两倍到三倍多。你用的什么MASK？有可能因为那篇文章限定在灰质MASK。

Submitted by WKY880770 on Thu, 09/13/2012 - 01:00

我的MASK?您是否指的就是我的PCC？我的PCC ROI是按照您讲的视频里AAL模板提取的，跟HBM的那篇文章好像是一样的，（如果您是指我的全脑MASK，我是用dparsf默认05 61*73*61MASK),
我发现似乎我用MALFF做出来的值都是2点几，3点几的，我看了一些文献，他们的值主要是通过条图或者是相关图呈现，有的是0.5-2.5左右，比如臧老师的那篇ADHD里的那幅“标准差图"，,有的是0.5-2.0左右，有的甚至是0.5-0.7的，这是否可能跟ROI包不包括白质有关？（因为白质的MALFF值偏小把均值拉下来了？）,可我做了好几个不同部位的ROI，做出来的值都是偏大的,当然我的几个ROI都是灰质偏多，比如脑内的核团，BA46区，PCC，ACC之类的。但是这个值也太大了点了吧，所以我想问一下一般正常的话MALFF的值的范围应该是多少呢？谢谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 09/13/2012 - 05:13

指的是全脑MASK。即你计算mALFF（除全脑均值）时用来计算“全脑”均值的MASK。
在那篇HBM文章里面只关心的灰质区域，因此除均值的MASK是限定在灰质上的。
如果采用05 default mask，由于包含了白质和CSF，因此均值要小很多，所以你会看见PCC是两三倍于均值。

Submitted by WKY880770 on Tue, 09/18/2012 - 01:57

老师们，又来烦你们了呵呵，我用REST 做two-Sample T test的时候，把年龄，性别做了协变量回归掉了，那请问我用这个two-Sample T test得出的Peak intensity还是t值吗？还是说我应该在文章里报表格的时候写成F值？

还有，请问我在写文章的Statistical analyses这部分的时候怎么描述呢？我是要写成：ANCOVA analyses was performed on......，with age and gender as covariates of no interest . 还是Voxel-based two-sample t test was performed .....，with age and gender as covariates of no interest .呢，谢谢！呵呵

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 09/18/2012 - 02:55

仍然是T值。
第二种说法可以。