关于Alphasim的问题

Submitted by limengsecret on Sun, 11/04/2012 - 20:35

老师：
      您好。我用VBM比较两组被试灰质差异，想用Alphasim进行校正。标准化后得到的图像voxel size为1*1*1。我有以下几个问题：

     1、在用REST Alphasim计算时，mask应该用全脑的还是用灰质的？

      2、如果选择灰质mask，是不是可以用spm/apriori中的灰质图，然后用rest中的image calculator，设定i1>0.2, 得到灰质mask后再重采样成1*1*1，这样制成的灰质mask是正确的吗？假如我做白质的分析，白质mask是不是可以直接对rest中提供的WhiteMask_09_61*73*61进行重采样？

      3、在REST Alphasim计算时，由于voxel size为1*1*1，那么rmm是不是可以选择2？

请老师指教，谢谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 11/06/2012 - 00:31

Hi!

1. 取决于你的假设，如果你只关心灰质变化，可以采用灰质MASK。如果你白质区域和CSF区域也关心的话，可能需要采用全脑MASK。
2. 可以何用spm/apriori中的灰质图。但鉴于你已经做了VBM，另一种可行的途径是，取A组灰质平均图，卡0.2. 再取B组灰质平均图，卡0.2。得到两个图之后再取并集，做为MASK。白质MASK类似，但要注意的事，除非你的特别的假设，否则不能第一步在灰质里面校正，第二步在白质里面校正。不然，需要进行两者的多重比较校正。
3. 可以，这意味着是最宽松的角连接（26个邻居）。

Submitted by limengsecret on Tue, 11/06/2012 - 09:14

谢谢老师的回复！
如果我用spm/apriori的灰质图，需要卡0.2吗？得到MASK后再用Alphasim计算某个阈限上（如0.01）校正的cluster size，是不是？
我是白质和灰质分别做了VBM分析，可以分别校正吧？

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 11/08/2012 - 00:57

如果非要使用spm的先验概率图的，也应该卡阈值。如果不卡阈值，那么所有体素都进入了。
是的。
你是指分别对白质图像和灰质图像进行了统计分析？虽然也有多重比较校正的问题，但一般能够接受分别进行校正。