REST 软件相关分析

Submitted by moon on Fri, 01/04/2013 - 21:59

老师您好，根据视频中讲的，用REST Correlation Analysis,将功能连接图与一种评分做相关分析，得到R图，请问怎么从这个R图中得到结果呢？比如怎么看哪些脑区的连接强度与评分的相关具有显著性，以及得到这些脑区的信息。盼复，谢谢。

Submitted by ZangYF on Fri, 01/04/2013 - 23:23

 给一个合适的阈值之后，survive的区脑就是结果了。这些脑区的信息，可以通过报告，得到一个表格，包括脑区名称、簇大小、peak voxel的r值等等。

Submitted by moon on Fri, 01/04/2013 - 23:51

谢谢老师，不过还是想问一下哈，是用Xjview打开R图，然后把p值和cluster size调一下对吗？您说的合适的阈值是指这个吗？

Submitted by wuqinjuan1 on Thu, 01/10/2013 - 12:42

请问一下，做与症状评分的相关时，得到相关系数r=0.60345，写文章时要带上相应的P值，如P=0.0034,；但是我们取阈值时不是限定了P值吗，比如取P<0.05，cluster≥228voxels.这里P值取了0.05呀，怎么得到的P=0.0034呢？求解，谢谢各位老师。

Submitted by ZangYF on Thu, 01/10/2013 - 19:08

 这要看具体情况。如果是voxel-by-voxel做相关分析，每个voxel都会有一个r值，报告这样的图的话，说清楚阈值（如p<0.05）就可了。但如果报告peak voxel的r值，或者ROI内平均的r值，其对应的具体的p值就应该单独报告出来。

Submitted by wuqinjuan1 on Thu, 01/10/2013 - 23:14

  1. 谢谢臧老师，但是具体的P值从哪里可以看到呢？我用的rest1.6版本，可以得到具体的r值，但是怎么得到相对应的P值呢？查相应介值表？
  2. 还有取cluster的大小的问题，如用REST自带的default mask ,P取0.001，cluster≥13即为经过Alphsim校正了吗？
  3. 但是这样校正后，得到的两组间的差异脑区还是很多，能否将阈值再次升高到0.0001呢？这是cluster的大小如何定义呢？谢谢各位老师。

Submitted by ZangYF on Fri, 01/11/2013 - 18:44

1、REST似乎不能提供观察每个体素的p值，只能查界值表。
2、是否通过了校正，要采用AlphaSim进行估计，或者采用其它的校正方法。如果校正之后，有差异的脑区仍然较多，当然可以采用比较严格的校正标准。

Submitted by wuqinjuan1 on Fri, 01/11/2013 - 23:26

  1. 用REST自带的default mask ,P取0.001，cluster≥13即为经过Alphsim校正，即把cluster大于13的体素报出来作为结果吗？我通过看视频就是这样理解的，想请教老师这样理解对吗？

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 01/15/2013 - 00:59

可以这样认为。虽然applied smoothness与effective smoothness会不太一致，更严格的操作需要对平滑程度进行估计。