采用rest 1.8对基于SPM统计分析结果进行AlphaSim校正的相关问题咨询

Submitted by huyang200606 on Mon, 04/15/2013 - 13:00

 严老师：
       您好！我尝试采用REST1.8的AlphaSim方法对SPM的统计结果（任务fMRI）进行矫正，有几个细节不是很清楚，见下：

1）rmm：这个默认值是5mm，我想问一下选择这个值的依据是什么（或者这个参数的意义是什么）？

2）FWHM：在REST1.8版本中，已经采用了自动的方法进行估算（根据一个spmT.img以及一个mask.img），但是估算出来的结果相当大。我查了一下对应的（组分析）SPM.mat中SPM.xVol.FWHM是[6.8625 7.0820 6.8962]，但是REST自己估算出来的值却是[19.709 23.452 20.767].请问两者的区别是什么原因造成的？

       希望您能在方便的时候回复。也希望其他老师同学不吝指正。非常感谢！

祝
好

华东师大认知所  胡杨   即日

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 04/16/2013 - 03:02

胡杨：

你好！

1. voxel size 3*3*3的时候，设置rmm=5，为边连接，即一个体素有18个邻居，这是SPM采用的标准，所以默认值设置在这里。

2. SPM, AFNI, FSL对平滑的估计各有不同，这里实现的是FSL的easythresh方法。另外一个重要区别是，这里的平滑估计是采用统计图，而不是残差，这样估计出来的平滑程度要（比基于残差估计）大不少，校正会更加严格。

According to Steve Smith, “Hi - you're right that easythresh isn't exactly the same, because it  uses the zstat image and not the residuals to estimate smoothness. 

However in my experience it isn't ever very different.” (https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0902&L=fsl&P=R48770&1=fsl&9=A&I=-3&J=on&d=No+Match%3BMatch%3BMatches&z=4), estimation from Z statistical image is acceptable.

我等5月份更有空一点时候，改成基于残差估计吧。

Submitted by huyang200606 on Wed, 04/17/2013 - 15:42

 严师兄：
      非常感谢您的回复！
      另外还有两个相关问题希望向您请教：
1）按照您对于fwhm的解读，SPM是不是就是用的所谓的“基于残差估计的”平滑值？我是不是也可以在rest的alphasim里面，直接手动输入由SPM估计的fwhm值（即SPM.xVol.FWHM的值），然后得到“基于残差估计FWHM“计算的alphasim校正结果？

2）您能否简单梳理一下fwe，fdr和alphasim三种矫正方法之间的关系？fwe和alphasim究竟是两种不同的方法，还是alphasim是估计fwe的一种（spm的fwe是基于Random Field Theory估计的）？

3）我看到之前您的帖子曾经有这样的表述，即”AlphaSim是会宽松一些，FWE会严一些。当然，更严的是Bonferroni correction。到底哪种方法好，大家并没有一致结论。在一些探索性研究中，可能能够接受更宽松一点的校正，在一些验证性研究中，大家可能更期待严格一点的校正“。关于Alphasim和FWE谁更严格谁更宽松的说法，有没有前人的文献依据呢？

       希望能得到您的回复和指教！非常感谢！

祝
好

胡杨    即日

Submitted by YAN Chao-Gan on Thu, 04/18/2013 - 23:30

胡杨：

你好!

1、是的。
2、我的理解：FWE是一种广泛的称呼，包括FDR校正，AlphaSim校正，和GRF校正(FSL或SPM)。
3、关于AlphaSim和FWE哪一个更严格，只是一种感觉，并没有找到文献和认真地比对。改天我再核对几个例子比一下。

祝一切顺利!

超赣

Submitted by charlie on Fri, 04/25/2014 - 16:40

 严老师，你好！
就采用REST进行AlphaSim多重比较校正，我有个问题。
从你的PPT来看， FWHM越大，需要的voxel越多。但我采用REST v1.8算了一下，采用较大的FWHM，算出来需要的voxel反而比较小；而用SPM生成的较小的FWHM，算出来需要的voxel反而较前者大。这是什么原因呢？
谢谢你！