ALFF图像结果

Submitted by confirm on Fri, 05/03/2013 - 00:06

老师，您好！
最近搜集了10个被试的静息态数据，按照操作方法使用Basic DPARSF处理数据得到ALFF和fALFF数据，然后用rest viewer查看这组数据并做单样本t检验（alpha sim矫正p0.01），发现有两个问题，谢谢老师予以指导。
1）ALFF的图像（后附图），显示结果有点怪怪的，图中可见一大片的激活改变，而且正激活许多分布在脑池里请教老师为什么出现这个结果？是数据采集的问题还是其他原因造成的？这组数据还能用么？

2）fALFF的图像（后附图）显示正激活全脑分布， 而且p值降低或者该FDR矫正都呈一大片，这个是不是也是说明数据有问题呢？

Submitted by ZangYF on Fri, 05/03/2013 - 05:18

 仅根据这些图不好判断。首先要确认，是对mALFF或者mfALFF进行单样本t检验，并且，针对1做的（或者减均值之后针对0）。

Submitted by confirm on Fri, 05/03/2013 - 14:16

老师，图1就是将被试的mALFF-1放在一个文件夹里，用rest 单样本t检验（alpha sim矫正 p=0.01）得到的结果图；图2是将被试的mfALFF-1放在一个文件夹里，用rest 单样本t检验（alpha sim矫正 p=0.01）得到的结果图。

Submitted by ZangYF on Sun, 05/05/2013 - 21:40

 如果是这样，我觉得这些结果有问题。10个被试的one-sample t-test结果应该是不错的。尽管图2应该使用非常小的p值，但看上去，DMN的活动并不是非常明显地高于其它脑区。建议你仔细检查每一步。
这样先把结果用one-sample t-test看一看，是非常好的习惯！尽管未必都放在文章中。另外，静息态fMRI一般不使用“激活”这个概念。这儿的one-sample t-test，实际上检验的是哪些脑区的活动明显高于全脑均值。

Submitted by confirm on Sun, 05/05/2013 - 22:07

谢谢老师的指导，做出结果图后我觉得不对也回头检查过，自己都没发现什么问题，麻烦您看看我的步骤对不，看能帮忙找找原因么，非常感谢。
扫描是34层×180个动态，共6120幅轴扫功能图，T1解剖扫的是3D失状位的150幅图，扫描顺序技术员说的是间隔扫描（自己不知道判断就直接用了），dparsf处理界面如下图（使用的T1分隔配准，头动都在1mm或1°内，配准基本还行），处理过程未报错，得到的mALFF-1数据用rest的one simple t-test，采用全脑61×73×61mask，alphasim P=0.01矫正。（我觉得过程似乎没啥问题，请老师检查一下，谢谢）

Submitted by confirm on Mon, 05/06/2013 - 22:44

老师，还有一点是我看到之前的问题中有人把后面的regress out nuisance covariates和extract AAL time courses勾上了，我处理过程中没有勾上，是不是因为没有去除灰质，csf等协变量原因出现这个结果呢？谢谢老师！

Submitted by confirm on Mon, 05/06/2013 - 23:57

臧老师，关于fALFF的图估计是我用成了mfALFF的结果来做了，我重新做了mFALFF-1的单样本t检验（如图），觉得这个还可以，然后又两个问题：1、mFALFF-1的单样本t检验结果看起来比mALFF-1的结果更成功能团分布而不是成片分布的高于平均值，是不是FALFF去除脑脊液后影响有一定关系；我还看到论坛上说单样本t检验结果似乎并不太重要，还需要看组间的比较，所以像我的mALFF-1结果成片高于均值是不是可以不管他，把这个认为是显著增强来和对照组作为组间并联mask做双样本t检验呢？这样做对么？
2、关于协变量的问题，我做的实验和年龄教育程度可能相关，现在需要排除这些因素的话，我是不是需要加入相关的协变量呢（主要对加入协变量的意义不明确）？我看论坛里关于协变量的问题老师都建议我们去看教程第二部分，但是看了发现还是不太懂，我看到有个问题上问的“去除灰质协变量，这时我该利用DPARSF的nomalize功能分割出的wc1开头的灰质含量做协变量呢还是用mwc1开头的灰质体积做协变量呢？

”没有回答，我这再问一下臧老师，然后年龄协变量编写txt文件加入，具体也不太清楚。谢谢老师耐心指导，鞠躬！

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 05/07/2013 - 05:22

通常用wc1开头的灰质含量。
年龄协变量编写txt文件：对着视频，先编两个txt (病人组一个，对照组一个)，然后跑程序。报了错，查找原因。最后还是通不过，把报错信息贴上来。

Submitted by confirm on Sat, 05/04/2013 - 22:39

附cluster report，激活的区域也是undefined。
Cluster 1

Number of voxels: 5073

Peak MNI coordinate: 0 -21   6

Peak MNI coordinate region:  // Inter-Hemispheric // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined

Peak intensity: 10.9051

# voxels structure

 5073 --TOTAL # VOXELS--

 1151 Right Cerebrum

 1094 Gray Matter

 1090 Left Cerebrum

  665 Right Cerebellum

  636 White Matter

  581 Cerebellum Posterior Lobe

  566 Sub-lobar

  530 Temporal Lobe

  491 Limbic Lobe

  383 Superior Temporal Gyrus

  379 Cerebellum Anterior Lobe

  316 Left Cerebellum

  309 Culmen

  291 Inter-Hemispheric

  285 Cerebellar Tonsil

  260 Cerebelum_Crus1_R (aal)

  251 Occipital Lobe

  243 Left Brainstem

  230 Pons

  205 Right Brainstem

  198 Parietal Lobe

  197 Frontal Lobe

  197 Declive

  193 Parahippocampa Gyrus

  188 Precuneus_L (aal)

  185 Extra-Nuclear

  183 Temporal_Pole_Sup_L (aal)

  178 Inferior Frontal Gyrus

  171 Midbrain

  140 Precuneus

  139 Precuneus_R (aal)

  136 Posterior Cingulate

  127 ParaHippocampal_L (aal)

  119 Cerebelum_8_R (aal)

  119 Cerebro-Spinal Fluid

  109 Temporal_Pole_Sup_R (aal)

  107 brodmann area 38

  106 Cerebelum_4_5_L (aal)

  105 Caudate

  103 brodmann area 7

  103 Cerebelum_Crus2_R (aal)

   98 Uncus

   96 Lingual Gyrus

   94 Sub-Gyral

   90 Thalamus

   90 Cerebelum_9_L (aal)

   85 Fusiform Gyrus

   82 Lateral Ventricle

   81 Lingual_R (aal)

   78 ParaHippocampal_R (aal)

   73 brodmann area 18

   72 brodmann area 47

   66 Frontal_Inf_Orb_L (aal)

   64 Temporal_Inf_R (aal)

   63 Insula

   63 brodmann area 28

   61 brodmann area 22

   59 Cuneus

   59 Temporal_Sup_L (aal)

   58 Insula_L (aal)

   58 Vermis_4_5 (aal)

   57 Caudate Body

   57 Corpus Callosum

   56 Cerebelum_9_R (aal)

   54 Calcarine_L (aal)

   53 Cerebelum_4_5_R (aal)

   52 Insula_R (aal)

   52 Cerebelum_8_L (aal)

   49 Tuber

   49 brodmann area 34

   48 Caudate Head

   48 Vermis_3 (aal)

   48 Frontal_Inf_Orb_R (aal)

   47 brodmann area 30

   47 brodmann area 19

   46 Medulla

   46 Cerebelum_6_R (aal)

   46 Thalamus_R (aal)

   45 Cuneus_L (aal)

   42 Postcentral Gyrus

   40 Caudate_L (aal)

   40 brodmann area 13

   39 Cingulate Gyrus

   37 Inferior Semi-Lunar Lobule

   35 Cerebelum_3_R (aal)

   35 brodmann area 37

   35 Lingual_L (aal)

   34 Thalamus_L (aal)

   32 Caudate_R (aal)

   30 Parietal_Sup_L (aal)

   29 brodmann area 35

   29 Inferior Occipital Gyrus

   29 Cingulum_Post_L (aal)

   28 Cerebelum_10_L (aal)

   27 Amygdala_L (aal)

   27 Fusiform_L (aal)

   26 Hippocampus_L (aal)

   25 Cerebelum_Crus2_L (aal)

   25 Medial Dorsal Nucleus

   24 Subcallosal Gyrus

   24 brodmann area 23

   24 Cerebelum_3_L (aal)

   24 brodmann area 29

   23 Third Ventricle

   22 Cuneus_R (aal)

   21 Parietal_Inf_L (aal)

   21 brodmann area 17

   21 brodmann area 21

   20 Cerebelum_10_R (aal)

   20 Ventral Anterior Nucleus

   20 Vermis_6 (aal)

   19 Cerebelum_7b_R (aal)

   19 Frontal-Temporal Space

   19 Vermis_10 (aal)

   17 Olfactory_L (aal)

   17 Frontal_Inf_Tri_L (aal)

   17 Amygdala

   16 Temporal_Sup_R (aal)

   16 Frontal_Inf_Oper_R (aal)

   16 Amygdala_R (aal)

   15 Cerebellar Lingual

   15 Cingulum_Post_R (aal)

   15 Vermis_1_2 (aal)

   14 Middle Occipital Gyrus

   14 Cerebelum_6_L (aal)

   13 Hippocampus_R (aal)

   13 Cerebelum_Crus1_L (aal)

   13 Nodule

   12 brodmann area 31

   12 Pyramis

   12 Fusiform_R (aal)

   12 Temporal_Pole_Mid_L (aal)

   11 Superior Parietal Lobule

   11 Fourth Ventricle

   10 Rolandic_Oper_L (aal)

   10 Frontal_Inf_Oper_L (aal)

    9 Inferior Parietal Lobule

    9 Angular_L (aal)

    9 brodmann area 45

    8 Paracentral Lobule

    8 Vermis_9 (aal)

    7 brodmann area 40

    7 Anterior Cingulate

    7 Parietal_Sup_R (aal)

    7 Calcarine_R (aal)

    7 brodmann area 4

    6 brodmann area 5

    6 Paracentral_Lobule_R (aal)

    6 Cingulum_Mid_R (aal)

    5 Temporal_Mid_L (aal)

    5 Red Nucleus

    5 Inferior Temporal Gyrus

    5 Occipital_Inf_R (aal)

    5 Cerebelum_7b_L (aal)

    5 Optic Tract

    5 Hypothalamus

    4 Heschl_L (aal)

    4 Occipital_Sup_L (aal)

    4 brodmann area 20

    3 Rolandic_Oper_R (aal)

    3 Mammillary Body

    3 brodmann area 25

    2 Vermis_7 (aal)

    2 Ventral Lateral Nucleus

    2 Frontal_Inf_Tri_R (aal)

    1 Temporal_Inf_L (aal)

    1 brodmann area 36

    1 Pulvinar

    1 Declive of Vermis

    1 brodmann area 39

    1 Temporal_Mid_R (aal)

    1 Postcentral_L (aal)

    1 Temporal_Pole_Mid_R (aal)

    1 Claustrum

    1 Occipital_Sup_R (aal)

    1 Fastigium

    1 Culmen of Vermis