请教臧老师一个审稿意见的回答

 臧老师，您好！

我一个fMRI研究收到了两个比较难以回答的审稿意见，想向您请教下：

1. 我同时记录了两组被试（假设为组A和B）、两个阶段（反应阶段 和 反馈阶段）的fMRI结果，分别对两组被试在两个阶段的大脑激活模式进行了分析。

在报告数据时，我使用了三种阈值：

针对反应阶段：组内比较使用的阈值是 FDR<0.01, K>50；组间比较是FDR<0.05, K>50；
针对反馈阶段：组内比较和组间比较的阈值都使用FDR<0.001，K>50.

最初我也想统一一个阈值，但发现反馈阶段的激活比反应阶段明显更强，因此两个阶段难以达成统一：若向下统一为FDR<0.01或FDR<0.05，反应阶段的结果清晰，但反馈阶段的激活非常粗糙，覆盖全脑许多区域、并且距离很远的区域（如striatum和medial prefrontal cortex）粘连在一个cluster里；若向上统一为FDR<0.01, K>50，反馈阶段的结果清晰，但反应阶段就没有激活了。

相似的，同样是反应阶段，在组间和组内比较中使用FDR<0.05和FDR<0.01两种阈值也是这个原因。

现在审稿专家要求我回答为什么如此选择阈值（The authors used a threshold of “false discovery rate (FDR) <0.01” and “FDR <0.05” during deceptive response stage, and “FDR <0.001” during judgment stage. How were the significance parameter chosen? ）。

我应该如何回答呢？阈值的选择有没有什么比较权威的标准呢？

2. 在文章中，我并未报告所有contrast的结果，因为有一个contrast与这篇文章的主题并不相关，并且可能牵扯完全无关的、大篇幅的讨论内容，这些contrast都足以形成另外一篇文章。
此时，审稿专家问我为什么不做这些contrast（Additionally, why did you not conduct “PP vs. PN” and “IP vs. IN” comparisons to evaluate the effect of feedback (positive or negative)?），这类问题我应该怎么回答呢？

感谢臧老师给予宝贵意见，谢谢！