关于做体素的ROI相关分析，一些问题，请大家指点！

Submitted by Rebecca on Wed, 08/21/2013 - 15:02

     大家好！
   我现在想探讨结构形态的改变和认知测验成绩的关系，是否成绩的受损对结构改变有影响。想做基于ROI的相关分析，使用VBM处理的数据。这是我的想法，但是感觉目前自己对一些基本信息还不是很明朗，不知道应该REST是否可以达到上述目的。
   是否想做结构的相关分析，需要先提取显著差异的ROI，随后放在处理过的每个被试结构图中，然后提取对应脑区的激活值（这里是平均值吗）。最后通过相关检验分析ROI的体素值和检验分数之间的相关。不知这样想是否正确？ 
   我看教程里，有关提取ROI部分的讲解，不太清楚对于需要输入的文件要求是如何，经过处理的结构图可以是哪种格式的（.nii可以吗）？每个被试的文件单独放一个文件夹还是所有的被试放在同一个？REST里输入的可以是VBM-Dartel处理后得到的文件吗？
   期待疑惑解答，谢谢大家！

 

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 08/21/2013 - 17:40

 我觉得你理解的不错。
第一步是画ROI，这个可以根据功能异常的地方来提取，也可以事先指定（如：BA6区）。
第二步肯定是每个被试做分割，这个，DPARSF可以做基于unified segmentation的分割（这个是利用SPM的），也可以做基于dartel的分割（这个我不熟悉）。
第三步就是提取ROI内的每个被试的信号平均值。你可以把所有被试放一个文件夹中，可以是灰质，也可以是白质nii图（看自己的需要），这里就是平均。
然后，就是对提取出来的值和其他测验结果做相关。这里可以在Excel里做也可以在SPSS里做。


Submitted by Rebecca on Wed, 08/21/2013 - 19:17

 首先，非常感谢您的耐心、细致的回答。我想把我理解的顺一遍：
第一步，有关提取ROI。因为我已经对结构图进行完VBM预处理，并在SPM中使用two sample T-test得到了有显著差异的区域，也就是得到了ROI区域坐标，是吗?
第二步，不知您的意思是否是：因为DPARSF只对已分割的文件进行ROI提取，所以在最终提平均信号前我必须把原文件进行分割处理?
第三步，您的意思是提取那一步输入的是nii图，我想是否，之前若进行提取协变量、去除协变量的处理，那么输入的文件格式也是nii图?也应当是所有被试的灰质（活白质）放在一个文件夹中的，是吗?
再次感谢您的回答，因为我是新手，而且周围没有人可以问，所以您的回答真的帮我很多。我想我应该再仔细看一遍教程，当然还是希望您能对我的疑问给一些解释。非常感谢！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 08/21/2013 - 23:17

恩  你的意思是先比较两组的灰质密度发现异常脑区，然后想做这个脑区的灰质密度和量表的相关。如果是这样的话，你说的得到坐标以后，还需要生成一个ROI，比如可以用这个坐标加半径做一个球。由于你已经生成了灰质密度，所以，你只需要把这些灰质密度图放在一个文件夹中即可开始提取平均值。
协变量的话，不是必须要nii，可以是一列数，比如年龄性别之类的。