关于REST很SPM能否处理三维扫描fmri数据

Submitted by clarkzhang on Wed, 08/21/2013 - 13:33

最近在学习SPM和REST软件，使用过程中有一个疑问：
磁共振一般有二维扫描数据和三维扫描数据，对于二维扫描来说，层与层之间是有间隙即gap的，但是三维扫描时层与层之间是没有这个gap，已经处理过二维扫描数据，不知道SPM和REST能否处理三维扫描fMRI数据，处理过程与二维数据有什么不同吗？
谢谢！期待答疑解惑！

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 08/21/2013 - 17:48

是的，扫描的时候，有2d和3d的区分，其实对于所谓的3D-T1结构像来说，也是一层一层扫描的，只不过层数多些。
对于一般的EPI像，的确是30多层，有层厚和层间距。可能有时层厚很厚，比层内分辨率要差，但是，我们拿到的数据，也是一个3d的文件，其中x，y是层内数据，z是层。
到了计算机里，数据都是3d形式的，SPM和REST在处理数据时，经过配准以后，数据被上采样到比较精细，如3×3×3mm，层厚的就变小了。层间距的问题也没有了。
你可以理解为：都是可以做3D数据的，具体做的时候可以一层一层处理。因此，3D数据和2D数据处理在这些软件上没有什么不同。

Submitted by clarkzhang on Thu, 08/22/2013 - 11:14

 非常感谢您的指导！对于您说的，您看我理解得对不对：

1. 首先，我对于三维扫描和二维扫描差别的理解：三维图像是指三维扫描得到的一个体图像，而不是传统的二维多层扫描得到的体图像。前者的扫描方式是直接三维扫描，层与层之间没有层间隙，后者是二维扫描多层后再通过图像融合的办法得到体图像，层与层之间存在间隙。

2. 根绝您所说的，这种层与层之间的间隙其实在数据处理的配准阶段就可以消除（配准不知道您说的是处理的coregistration吗？但是这个阶段不是只对结构像进行配准的吗？），所以三维扫描和二维扫描所得数据的处理对于SPM和REST来说其实是一样的。

不知道我的理解有没有偏差，不对和不懂的地方还麻烦您指导和讲解，十分感谢！


Submitted by ZangYF on Fri, 08/23/2013 - 23:14

1、如果fMRI扫描时是三维，数据处理时可能不需要做slice timing。这种数据不多。最近一种新的技术MREG是三维的。偶尔听说spiral的fMRI是三唯的，但这些我没有用过。
2、二维扫描层与层之间有时有gap，数据处理时把这个gap考虑进去就行了（比如，实际层厚是3.5mm，gap是0.7mm，那么，输入时将层厚写为4.2就可以了，不同软件的输入方法可能不同）。