功能连接时ROI的提取问题

Submitted by V字君 on Fri, 09/06/2013 - 15:58

 你好，我想做功能连接，用Voxel Wise做，请问在slice viewer 里怎么具体做ROI，比如我想用基于统计结果图，给定一阈值，发现十字架中心坐标不同，结果就不同，它是怎么根据中心坐标做出ROI的？是以多大的距离找周围其他激活体素的？在save cluster前要先点cluster size，那里面的cluster size好像不会影响结果，那这一步在做ROI时设多打的cluster size都没有关系吗？求指教。

Submitted by jigongjun on Fri, 09/06/2013 - 17:10

 1.请问在slice viewer 里怎么具体做ROI，比如我想用基于统计结果图，给定一阈值，发现十字架中心坐标不同，结果就不同，它是怎么根据中心坐标做出ROI的？
    基于统计结果图，可以用球形ROI来做后续的voxel-wise FC：找到差异脑区的peak点坐标（即小球的中心坐标），然后再REST的“功能连接”模块中定义ROI时，会让你输入这个坐标，同时，会要求你输入一个“半径”大小，半径即决定了你的ROI有多大。

2. 是以多大的距离找周围其他激活体素的？
    即上面提到的半径，没有统一的标准，3-10mm都可以。当然，也有直接用peak点的，即只有一个voxel。

3. 在save cluster前要先点cluster size，那里面的cluster size好像不会影响结果，那这一步在做ROI时设多打的cluster size都没有关系吗？
    save cluster之前让用户填cluster size选项（界面里有三个待填项），目的是让用户明确自己定义的cluster内voxel的连接标准，即第三个待填项：rmm。其它两个待填项不影响保存ROI的结果。

希望对你有帮助。



Submitted by V字君 on Sun, 09/08/2013 - 16:12

     太感谢你们的帮助了！只是还有一些疑问。
    1、基于统计结果图，它就直接让打开结果图然后填阈值和cluster size了，无法转换到球形ROI，来填中心坐标和半径了，怎么用球形ROI做后续的voxel-wise FC呢？
    2、统计结果图那些激活的区域形状一般都是不规则的，如果我想把杏仁核里的激活区作为ROI，我先用slice viewer做出统计结果图里一个大致的激活区，如图，作为感兴趣区i1，然后用AAL模版做另一个感兴趣区i2，因为AAL模版里左右杏仁核分别有41   42 数字指代，所以我用rest里的image calculate  输入i1   i2， 然后表达式里写：i1.*((i2==41)+(i2==42)),它就算出既是杏仁核里的，又是激活区的，可是我本意是做左右杏仁核的，结果发现当我开始做i1时，十字架要是在图的左侧，它做出来就是左边的杏仁核，要是开始十字架在右侧，它做出来就是右侧的杏仁核，而不能把左右都做出来，请问怎样才可以让它开始做i1时就能把左右半球的激活区都做出来呢？

Submitted by jigongjun on Sun, 09/08/2013 - 20:22

问题1，你已经明白了。

问题2 ，“ 统计结果图那 .... 结果发现当我开始做i1时，十字架要是在图的左侧 ....... 怎样才可以让它开始做i1时就能把左右半球的激活区都做出来呢？ ” 
            左右半球的两个激活区，如果没有连在在一起，是两个cluster，那你就得保存两次（分别为i1和i2），再i1+i2才行。

问题3， 我们平时看结果时用的是MRIcro，我发现slice viewer和MRIcro对同一个结果图，给定同一个阈值，激活区的每个体素值不一样，同一个点的坐标也不一样，为什么呢？不都是用的MNI坐标吗？   
            同一个一幅图，分别用slice viewer和MRIcro打开，输入同一个MNI坐标，显示出的该体素的值不一样？不太可能吧。

 问题4，那个cluster size里面的第三个待填项：rmm，我每次都是填SPM_Criterion，可是我不知道是什么意思，什么是cluster内voxel的连接标准呢
            请去这里（http://www.restfmri.net/forum/Course）下载视频：DOWNLOAD: Multimedia Course: Part 2, 。视频的第48分钟开始有详细的讲解。

Submitted by V字君 on Mon, 09/09/2013 - 10:33

    还有一个问题，就是我提取了ROI之后，会同时生成一个二值化的BinaryMask,当我做功能连接时选的ROI是原来提取的ROI，还是二值化之后的呢？

Submitted by V字君 on Sun, 09/08/2013 - 16:19

     还有
     3、我们平时看结果时用的是MRIcro，我发现slice viewer和MRIcro对同一个结果图，给定同一个阈值，激活区的每个体素值不一样，同一个点的坐标也不一样，为什么呢？不都是用的MNI坐标吗？
    4、那个cluster size里面的第三个待填项：rmm，我每次都是填SPM_Criterion，可是我不知道是什么意思，什么是cluster内voxel的连接标准呢？
     恳求指教。