ALFF

Submitted by zhoujun on Tue, 11/19/2013 - 20:27

 各位老师您好：

     我基于某几个ROI计算ALFF，每个被试得出一个*.nii文件，然后我做one-sample t-test，得出T*.nii文件，我该如何取出我定义的ROI的ALFF值呢？弱弱的问一下，ALFF可以用来做些什么工作呢？我之前这样做的步骤对吗？

谢谢各位老师帮忙回答！

Submitted by jigongjun on Wed, 11/20/2013 - 09:05

我假设
你得到*.nii的文件后，做one-sample t test 或two-sample t test，得到显著脑区，然后想提取在每个个体上这些显著脑区的ALFF值。
可以把每个个体的ALFF图放在一个文件夹下，如：
Result_ALFF
   --subj01_ALFF_Map
   --subj02_ALFF_Map 
        ....
   --subjnn_ALFF_Map

用REST-Utility-Extract ROI Signals添加Result_ALFF文件夹后，可以提取ROI在每个个体上的平均信号。

Submitted by zhoujun on Wed, 11/20/2013 - 10:02

 非常感谢，做了单样本t检验后就生成一个*.nii文件，您的意思是先每个个体 Extract ROI Signals，后做单样本T检验，对吗？

Submitted by ZangYF on Wed, 11/20/2013 - 10:48

 如果对一组人的ALFF的图进行one-sample t-test，一般是想看哪些脑区的ALFF显著高于全脑平均ALFF，这个过程，在绝大多数情况下是不需要的。
你的研究如果已经确定了感兴趣区，你可以提取感兴趣内的ALFF做任何你想做的事情，就看你的具体研究目的是什么了。

Submitted by zhoujun on Wed, 11/20/2013 - 21:10

您好，我还是有点不能明白：
       如果我想提取感兴趣的ALFF，应该是全脑作为mask，来做ALFF，得到一组人的*.nii文件，然后选取自己定义的roi，  Extract ROI Signals。
问题：
（1）我生成了每个被试的ALFF、 fALFF、 mALFF-1、zALFF .nii 文件， 当 Extract ROI Signals 时，我该怎么选取这些文件呢，是直接将每个被试的ALFF放在一个文件夹内后提取，还是将fALFF或 mALFF-1或zALFF 放在一个文件夹内，我不确定放哪个，到底有什么区别呢？

非常感谢您能回答！

Submitted by jigongjun on Thu, 11/21/2013 - 10:30

 如果你有很强的假设，支持某个感兴趣区（ROI）的选择，那就可以只在ROI内算ALFF，再做后续分析。
mALFF-1和zALFF是一类，选其一即可。fALFF和zALFF/mALFF-1略有不同，提取ROI信号时，这三种map应该分别放在三个文件夹中，分次提取。

Submitted by zhoujun on Thu, 11/21/2013 - 11:03

 您好，我问的问题有点模糊，我补充下，我想知道的是ALFF zALFF mALFF-1各个含义，下面是我理解的，不知道对不对：
    mALFF-1是除以了全脑均值后减1，
    ALFF是原数据，未除以全脑均值，
    zALFF是ALFF的Z变换，可以直接数值比较
不知道我理解的对不对，还有就是mALFF-1没有Z变化，但是除以全脑均值，我是否也可以数值比较？
若是我把上面三个分别放在三个文件夹下（文件夹名： Result_zALFF 、  Result_ ALFF 、 Result_ mALFF-1 ）,我提取ROI的ALFF是用的哪个文件夹呢？任意选一个文件夹提取信号作后续分析，都行吗？


Submitted by jigongjun on Fri, 11/22/2013 - 22:10

 你的理解都是正确的，但是我们一般都是用zALFF或mALFF，原始的ALFF值很少用。

Submitted by zhoujun on Sat, 11/23/2013 - 15:34

 谢谢，mALFF除以全脑均值有什么好处？为什么zALFF不除以全脑均值呢？关于这个统计方面知识，我学的不好，希望您能帮我一下。非常感谢！

Submitted by ZangYF on Sat, 11/23/2013 - 17:26

 因为BOLD信号的原始值是一个相对值，可能影响ALFF，所以除以全脑均值是一种标准化方法，类似于PET研究。z是减均值再除以标准差。后者可能略提高正态性。但mALFF和zALFF在最后的统计结果上几乎没有差异。