ALFF

Submitted by wangchunxia on Thu, 11/28/2013 - 08:25

大家好！请教大家两个小问题，在REST里做extract ROI signal时，对话框里有一个选项multiple label values in a single mask，不知道这个选项到底是什么意思，选上它和不选它会对提取出来的信号值有什么具体的影响，什么情况下选它，什么情况下不选它？
另外，在提取ALFF值时，是用ALFF值好呢? 还是用mALFF值好呢？
谢谢！

Submitted by jigongjun on Thu, 11/28/2013 - 10:05

 1.此选项的目的让用户可以同时提取多个ROI的时间信号。
如果你的mask里，不仅仅有“1”和“0”两个值，有些脑区的值是“2”或者其他数值。那么，你选上“multiple lable values in a single mask”时，REST会把这些非“0”位置的脑区的平均信号分别提取出来。
2.基本上都是用mALFF。

Submitted by wangchunxia on Sat, 11/30/2013 - 23:01

非常感谢您的回答！我回头去试一下。

今天试了一下，结果有点让我糊涂了，不如我来描述一下我的处理过程，您来帮我检查一下看妥当否
1、病组和对照组各26个被试
2、DPARSF预处理之前，我想用大脑和小脑的灰质做为mask——我的做法是：用Sliceviewer打开Ch2为underlay，打开AAL为overlay，将Set range of threshold设为（0,116），把连接准则设为5，然后save clusters，生成的文件做为预处理时mask（我这种做mask的方法妥当吗？）。然后计算ALFF及mALFF
3、将病组的所有mALFF文件放在一个文件夹下如DM_mALFF
4、将两组做双样本T检验，我想提取病组增高的脑区的ALFF值（共5个增高的脑区）
5、Extract ROI signals,添加上述DM_mALFF文件夹，添加ROI时选 from statistical map by selecting cluster after thresholding 项，然后仅选取一个增高的脑区为ROI，然后
    a）如果不选multiple label values in a single mask file这一选项，RUN后生成的 “.......ROISignals.txt” 文件里有一列、26行的数字——分别代表病组26个被试在选中ROI的平均mALFF值——（我的理解对吗？）
    b）如果选中multiple label values in a single mask file这一项，RUN后生成的文件里有一个是 “.........entire ROISignals.txt” 文件，其内有57列、26行的数字；另外还有28对 “.........ROI1_ROI1label2.XXX——ROISignals”的文件
过程大致就是这样，我的问题是：
1、我第2步中做mask的方法妥当吗？如果不妥，还有别的做灰质mask的方法吗？
2、在这样一个mask里计算的病组的mALFF值，肯定不是一个二值的mask，对吧？！
3、 那这样，我在提取病组ROI的mALFF信号时，照您上次回答我的，是不是该选中multiple label values in a single mask file项呢？
4、选中了的话，生成的那么多文件个代表什么意思，我该选哪一列做为此ROI的平均信号呢？
问题有点多、有点罗嗦，不过还是希望您能耐心看完并预解答，万分感谢！