ALFF

Submitted by wangchunxia on Sat, 11/30/2013 - 23:11

今天试了一下，结果有点让我糊涂了，不如我来描述一下我的处理过程，您来帮我检查一下看妥当否
1、病组和对照组各26个被试
2、DPARSF预处理之前，我想用大脑和小脑的灰质做为mask——我的做法是：用Sliceviewer打开Ch2为underlay，打开AAL为overlay，将Set range of threshold设为（0,116），把连接准则设为5，然后save clusters，生成的文件做为预处理时mask（我这种做mask的方法妥当吗？）。然后计算ALFF及mALFF
3、将病组的所有mALFF文件放在一个文件夹下如DM_mALFF
4、将两组做双样本T检验，我想提取病组增高的脑区的ALFF值（共5个增高的脑区）
5、Extract ROI signals,添加上述DM_mALFF文件夹，添加ROI时选 from statistical map by selecting cluster after thresholding 项，然后仅选取一个增高的脑区为ROI，然后
a）如果不选multiple label values in a single mask file这一选项，RUN后生成的 “.......ROISignals.txt” 文件里有一列、26行的数字——分别代表病组26个被试在选中ROI的平均mALFF值——（我的理解对吗？）
b）如果选中multiple label values in a single mask file这一项，RUN后生成的文件里有一个是 “.........entire ROISignals.txt” 文件，其内有57列、26行的数字；另外还有28对 “.........ROI1_ROI1label2.XXX——ROISignals”的文件
过程大致就是这样，我的问题是：
1、我第2步中做mask的方法妥当吗？如果不妥，还有别的做灰质mask的方法吗？
2、在这样一个mask里计算的病组的mALFF值，肯定不是一个二值的mask，对吧？！
3、 那这样，我在提取病组ROI的mALFF信号时，照您上次回答我的，是不是该选中multiple label values in a single mask file项呢？
4、选中了的话，生成的那么多文件个代表什么意思，我该选哪一列做为此ROI的平均信号呢？
问题有点多、有点罗嗦，不过还是希望您能耐心看完并预解答，万分感谢！

Submitted by jigongjun on Sun, 12/01/2013 - 18:36

1. 可以，也可以用SPM下的‘apriori’文件夹下的‘grey.nii’，卡一定的概率来做灰质mask。
2. 建议你将mask做成二值的，用REST——Image calculator。
3. 如果你想同时提取多个ROI各自的平均时间序列，那就要选上。
4. 如你所述，‘...entire ROIsignal.txt’里放了所有ROI的时间序列。列数代表你设的ROI数目，行数与你的被试量相同。
    你提取信号在设置‘define ROI’的时候，如果添加的img中有多个值，比如‘53’ ‘43’ 等等，对应的，出来的txt所带有的数字，就是img中该区域的信号。 （结果文件中的.mat文件和.txt文件信息是一样的，只是保存方式不同）。

另，看到你在自己之前的帖子上已经写了这个问题了，下次请不要重复发同样的问题吧。

Submitted by wangchunxia on Sun, 12/01/2013 - 23:41

首先很感谢您这么详尽的回答！
其次，道个歉，对不起，发了两次同样的问题，下次我一定注意。只是上次第一次发完后页面刷新很慢，屏幕闪了两下，我以为要出问题了会提交不上去，就赶紧复制了一个重贴了一下，结果两个都发上去了，对不起，下次我一定注意！
对于问题：
1、我还没用过SPM，不知道“用SPM下的‘apriori’文件夹下的‘grey.nii’，卡一定的概率来做灰质mask”这种方法好做不，对于我这样一个无工科背景的医生来说容不容易做到?这样做可以直接生成一个二值的灰质mask吗？
2、您建议我把mask做成二值的，是指计算ALFF的时候，还是做统计检验的时候？
     如果是计算ALFF时就用二值的mask，意思是我先用上述灰质mask分别计算两组的ALFF(mALFF)，后分别做单样本T检验，然后用单样本T检验的结果用Image calculator，用诸如 (i1>0+i2>o)>0这样的公式计算出一个二值的mask，然后再用这个二值的mask再回去重新计算一次ALFF(mALFF)，再用新生成的ALFF(mALFF)去做后续的提取ROI信号等——这样做可以吗？两次计算出的ALFF值会不一样吧？！后一次计算的更准确些？

对于上次的第3和第4个问题，我明白了，也又试过了，谢谢！
 

Submitted by jigongjun on Mon, 12/02/2013 - 10:01

1. 你用rest_sliceviewer将'grey.nii'作为overlay打开，设置threshold值，就可以了。
2. 统计和计算ALFF等指标的时候，都用二值化的。

后面说的这个，没太明白，为什么要计算两次ALFF？

Submitted by wangchunxia on Fri, 12/06/2013 - 16:42

Hi,jigongjun，你好！
谢谢指教！回去试了一下“grey.nii”
1、打开后，默认的threshold是 0,9.607843e-01，试了几个设置，比如9.607843e-01的50%、60%，发现有一些深部的灰质被去掉了，我该怎么设自己的threshold值呢，设置的依据是什么？
2、如果设置了合适的threshold后，用“save clusters”保存下来，就是一个二值的mask了吧？
3、对于上次计算ALFF的问题，其实我是想问同一组subjects，用不同的mask计算出的ALFF值是有差别的吧？不过后来我想了一下，因为我们用的都是mALFF值，即使有差别，也不会太大，你说是这样的吗？
4、另外，还想问一下，用T1像分割法标准化时，生成的“mwc1co........"文件，可以当作”灰质体积“用做双样本T检验的协变量吗？
谢谢！