DPARSF做完ReHo后，如何继续做FC

Submitted by water on Mon, 12/09/2013 - 13:35

处理了30例BOLD数据，预处理和ReHo都已经完成，想再做一个FC看一下，请问老师，是单独勾选FC那个选项吗？提示要有一个文件夹，那这个文件夹里放哪一步的数据？

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Image icon ReHo设置.jpg131.53 KB
Image icon ReHo的结果文件夹.jpg22.1 KB

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Mon, 12/09/2013 - 16:57

 如果你已经做了ReHo，那么你应该是没有在预处理勾选smooth，而是在ReHo计算完后勾选了Smooth derivatives或者Smooth ReHo的。

不管哪样，都必须确认你预处理已经做了detrend， filtering 和 remove nuisance regressors. 如果做了，可以直接在dparsfa上勾选FC，然后定义好ROI，然后在start directory处选择合适的起始文件夹，一般是FunImgARWDFC这个文件夹。存放的就是slice timing, realign, normalization, detrend, filtering, covariate removal后的数据。

另外，记得在后面勾上Smooth derivatives，对FC结果进行smooth。

Submitted by water on Tue, 12/17/2013 - 15:31

张老师，这是进行ReHo时的设置
<IMG>http://image15-c.poco.cn/mypoco/myphoto/20131217/15/17459321920131217151203070.jpg</IMG>

detrend和filtering都做了，您说的 remove nuisance regressors我没找到在哪，是regress out  nuisance regressors吗？应该是没做。
还有，您说的FunImgARWDFC这个文件夹我的结果中也没有出现
[IMG]http://image15-c.poco.cn/mypoco/myphoto/20131217/15/17459321920131217151834091.jpg[/IMG]
还有smooth derivatives在哪个地方

张老师，图片上传到1楼了

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Fri, 12/27/2013 - 09:01

你用的是DPARSF（基本版）做的，我说的是DPARSFA（高级版）。只有高级版里面才有从中间步骤继续往下做的功能。
你这种情况，与其换版本，不如重新跑一遍FC。这时候，其他设置和ReHo一样，只是regress out  nuisance regressors加上，smooth加上，种子点给出，把ReHo的勾去掉，FC的勾加上，就可以了。

Submitted by water on Fri, 12/27/2013 - 10:30

张老师，我用rest从FunImgNormalized做了一遍FC，在ROI wise设定了4个ROI，希望计算各个ROI之间的功能连接。出现了三组txt文档，FCMap_001_detrend_filtered、ROI_FCMap_001_detrend_filtered和zFCMap_001_detrend_filtered，请问这三组txt文档分别怎么看。以zFC开头的文件是4×4的矩阵，我搜了论坛前面的帖子，是把每个受试者的数据导入spss中？如何获取ROI相互连接的信息？

用基本版重新跑是指从预处理开始吗？
如果同时勾选了ReHo和FC，那么平滑那个地方怎么选？

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sat, 12/28/2013 - 16:30

 FunImgNormalized这里的数据是normalization之后的数据，你还要进行平滑，去线性漂移，滤波，去协变量（如CSF，WM平均信号），然后才能做功能链接。

你确认你都做了吗？从结果来看，_detrend_filtered提示我你做了去线性漂移和滤波，但是其他几步做了吗？

你打开zFCMap_001_detrend_filtered可以看到4×4的矩阵，矩阵的值就是4个ROI两两相关的值（即ROI相互连接的信息），001表示subject 001的值，你有几个subject就有几个这种4×4的矩阵。所有矩阵同样位置上的值就是不同被试相同两个ROI之间的FC，你提取出来，然后做统计。


Submitted by water on Sat, 12/28/2013 - 21:31

  FunImgNormalized这里的数据是normalization之后的数据，你还要进行平滑，去线性漂移，滤波，去协变量（如CSF，WM平均信号），然后才能做功能链接。

你确认你都做了吗？从结果来看，_detrend_filtered提示我你做了去线性漂移和滤波，但是其他几步做了吗？

按照你说的，我用dparsf从FunImgNormalized开始，基本是从头跑的，应该是都做了。

你打开zFCMap_001_detrend_filtered可以看到4×4的矩阵，矩阵的值就是4个ROI两两相关的值（即ROI相互连接的信息），001表示subject 001的值，你有几个subject就有几个这种4×4的矩阵。所有矩阵同样位置上的值就是不同被试相同两个ROI之间的FC，你提取出来，然后做统计。

就是转换成一个两组t检验了？
如果是做ROI与全脑的FC，是不是也是这样做？会有一个图？
 

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sun, 12/29/2013 - 18:25

我不知道你的被试情况是什么，也不知道分组情况，到底是一组被试，还是两组被试的比较？
如果是两组被试比较，你提取出所有被试两两ROI之间的相关值（已经转成Z分了）后，就可以做双样本t test。

Submitted by water on Mon, 12/30/2013 - 16:15

 我不知道你的被试情况是什么，也不知道分组情况，到底是一组被试，还是两组被试的比较？

如果是两组被试比较，你提取出所有被试两两ROI之间的相关值（已经转成Z分了）后，就可以做双样本t test。

两组受试比较，做t检验就可以了。

我按照张老师说的，用DPARSF重新跑了一遍FC，得到一些文件夹，其中FunImgNormalizedsmoothedDetrendedFilteredcovremoved是不是张老师前面说的经过多项预处理后可以继续做分析的文件？

以6例受试者分为两组为例，DPARSF跑出来的是4个ROI和全脑的FC吧？有6个.mat文件、48个nii文件（其中24个以Z开头）、6个TSV文件、6个TXT文档。应该用哪些文件做统计分析？单个nii文件用rest viewer怎么直观图形展示？