求助

 请问严老师:我准备用DPARSF处理猴的静息态数据,选择Normalization by using the T1 image unified segmentation。请问,如何在程序中选择猴的模版(即如何将人脑模版替换为猴的模版),谢谢。

你好!

1. 如果你使用的是Rhesus Macaque的话,你可以采用这两篇文章描述的模板:

McLaren DG, Kostmatka KJ, Oakes TR, Kroenke CD, Kohama SG, Matochik JA, Ingram DK, and Johnson SC. A Population-Average MRI-Based Atlas Collection of the Rhesus Macaque. Neuroimage 2009 Mar 1;45(1):52-9. Epub 2008 Nov 14. 
 
McLaren DG, Kosmatka KJ, Kastman EK, Bendlin BB, Johnson SC. Rhesus Macaque Brain Morphometry: A Methodological Comparison of Voxel-Wise Approaches. Methods. 2010 Mar;50(3):157-65. 

这此处下载:http://www.brainmap.wisc.edu/pages/2-Rhesus-Macaque-Atlases-for-functional-and

2. 如果你不使用SPM GUI,而使用DPARSF做“Normalization by using the T1 image unified segmentation”,则

在DPARSFA_run.m 的1626行,修改

SPMJOB.jobs{1,1}.spatial{1,1}.preproc.opts.tpm={[SPMPath,filesep,'tpm',filesep,'grey.nii'];[SPMPath,filesep,'tpm',filesep,'white.nii'];[SPMPath,filesep,'tpm',filesep,'csf.nii']};
为你自己存放模板的路径。

在1632行"end"之后输入回车,新增几行:
SPMJOB.jobs{1,1}.spatial{1,1}.preproc.opts.regtype='subj';
SPMJOB.jobs{1,1}.spatial{1,1}.preproc.opts.samp=2;

注意,你可能会需要修改Bounding Box
-66 -41.5 -58;
61.5 86 61.5
和voxel size。

最重要的是,通常需要对功能像和结构像reorient interactively,此时原点不在前联合,而是如下图所示的地方。



希望以上信息对你有所帮助。

祝一切顺利!

超赣




 严老师,您好!我们正在用DPARSF和rest处理Rhesus Macaque的静息态数据。按照您上次邮件所给出的建议进行操作,但总是运行到‘PicturesForChkNormalization’这个文件夹和brainviewer界面出现时就不动了,也不报错,请问这是什么原因呢?我们往register@restfmri.net邮箱里面发送了一个猴子的静息态和T1像,以方便您的分析。谢谢