求助

我按照你们的那个视频教程处理了一组静息态数据,用求reho的方法做的,里面有一步是将得到的smRehoMap——图像减1,我想向各位老师请教一下在什么情况下能够得到reho的值为1?使得减1后为0.谢谢!

祝好!

smRehoMap,通常是指将计算得到的ReHo图除以自己的全脑均值,在这种情况下,一般来说直接进入二次统计就可以了,比如说两组间的比较,或者进行one-sample t-test (通常为one-sided,也就是说,只关心大于1的那些voxels)。但有些软件进行one-sample t-test时,可能不提供与1进行比较,而只能与0进行比较,在这种情况下,"smrehoMap"就只能减1,然后进行one-sample t-test。至于,“在什么情况下能够得到reho的值为1?使得减1后为0”,在没除以全脑均值以前,ReHo(准确地说是KCC)理论最大值是1,除以全脑均值后,全脑均值为1,这样,全脑的voxels中,KCC值接近于1的voxels就会非常非常多。如果进行两组间的比较,建议不再对smRehoMap减1。

我认为,Two-sample t-test or one-sample t-test都不需要减1,尽管减了1对t-test结果并无影响,但ReHo就会出现负值,听起来就很奇怪。

我是按照视频教程Multimedia Course: Data Processing of Resting-State fMRI (静息功能磁共振脑影像数据处理视频教程)做的,上面说要减1.我用spm5做的单样本和双样本t检验,需要减1吗?十分感谢!

SPM5做单样本T检验的时候,只有与0比的功能,因此需要减1才能进行统计。相当于是一种权宜的办法。

而AFNI做单样本T检验,是提供与1比的功能的,因此可以不需要减1。

正如视频里面所说,在做双样本T检验的时候,是不需要减1的。因为在单样本T检验中,我们关心的是显著大于全脑均值的区域(即mReHo大于1),而双样本T检验(或配对T检验)中,我们关心的问题变成了一组显著不同于另一组(或一种条件显著不同于另一种条件)的区域。

哦,是这样啊。谢谢!

我在做时间滤波时经常出现内存溢出的现象,请问该怎么解决?

matlan显示的错误是:

 Load mask "Default".
  Build band pass filtered mask. Wait...
  Band Pass Filter working. Wait.......................
  ReConstructing 3D+time Dataset. Wait...
Exception occured. (MATLAB:nomem)
 Error using ==> zeros
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
 178#line,  rest_bandpass, in "D:\soft\spm\rest\REST2007V1.2_080926\REST2007V1.2_080926\rest_bandpass.m"
 1220#line,  BandPass, in "D:\soft\spm\rest\REST2007V1.2_080926\REST2007V1.2_080926\reho_gui.m"
 <a href="error:D:\soft\spm\rest\REST2007V1.2_080926\REST2007V1.2_080926\reho_gui.m,641,0">641#line</a>,  btnBandPass_Callback, in "D:\soft\spm\rest\REST2007V1.2_080926\REST2007V1.2_080926\reho_gui.m"
 75#line,  gui_mainfcn, in "D:\Program Files\MATLAB71\toolbox\matlab\uitools\gui_mainfcn.m"
 33#line,  reho_gui, in "D:\soft\spm\rest\REST2007V1.2_080926\REST2007V1.2_080926\reho_gui.m"
>>

通常内存溢出可能与你的内存容量有关,也会与你内存分配的复杂程序有关。有以下几个建议:

1、扩大内存。

2、在滤波时尽量不要运行其他程序,甚至可以先重启计算机以得到干净的内存。

3、不推荐使用MATLAB7.0以下的版本。

4、打开WINXP的3GB功能,可以分配到更大的内存,详情请参考:http://www.microsoft.com/whdc/system/platform/server/PAE/PAEmem.mspx。

我之前用三个人的数据一起跑都可以实现,现在一个人的数据都会出现内存溢出了,电脑内存是1G的,应该不是要扩大内存吧?而且我用的是matlab7.1.数据处理时其他程序都关了,机子也是刚启动的。

你好!对于REST来说,三个人的内存需要与一个人的内存需要是一样的,因为它在每一时刻只处理一个人的数据。

但你的电脑以前可以正常处理,现在会内存溢出,原因比较复杂,估计应该是MATLAB或是操作系统,或是硬件有了些变化。这个问题我也说不好,有的时候,也许重装系统可能会解决一些莫名其妙的问题。

根据视频教程Multimedia Course: Data Processing of Resting-State fMRI (静息功能磁共振脑影像数据处理视频教程),在计算完reho之后要进行求平均mreho,还要平滑得到smreho.我想向各位老师请教一下问什么还要进行平滑?谢谢!

 

求平均mreho,相当于大家都用全脑均值做了一下规一化,在不同个体相比时更有可比性一些。当然,对于这一点,也有观点认为不需要做规一化,直接相比。这需要一些进一步的研究,不过目前的文献都是做了规一化的。

处理fMRI数据,基本都是要进行平滑的,这有助于减少配准精度不够带来的误差。由于平滑会影响ReHo的计算 (ReHo是计算时间序列之间的肯德尔和谐系数),因此我们选择在计算完ReHo之后再进行平滑。

Error | Forum of resting-state fMRI

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