vbm分析

Submitted by xyuan on Sun, 09/30/2012 - 22:19

学习vbm分析，使用了dparsfa的新分割与dartel的模板处理，非常方便，但是我想知道软件内部具体的操作流程与参数如何设置的？最后出来的结果应该是平滑过了，平滑核是多少？直接统计好像都是散点，我自己又平滑（8）一次；我自己又按vbm tutorial（john ashburner写的）的流程与参数跑了一遍，感觉出来结果不同，所以想知道贵软件vbm的流程参数设置如何，与vbm tutorial文中区别在哪里？还有贵软件做vbm过程中，dicom格式转换有问题，co前缀有时候缺失，软件就卡住了；我自己mricron转好，放入T1img，勾掉dicom转换，发现软件又不能跑下去；后来发现从NII文件开始，也要建立T1raw的文件夹，里面还得有相关文件夹（空的也行）；是否也可按功能数据一样，选从哪步开始。
跑完数据后，smwc1前缀的文件是121*145*121,1.5*1.5*1.5，接下去是我最困惑的地方，我一直是用rest的，我是应该讲这批数据重采样成restBrainMask_05_61x73x61的3*3*3做下去？但是用rest工具里reslice image发现无法重采样一组数据，bug？于是我只好将mask重采样成1.5*1.5*1.5了，spm双样本分析好，想用sliceviewer看，提示this NifTi image includes an rotation transformation.You should reslice this data before attempting to overlay the image，由于自身对vbm一知半解，卡在这里，请老师指教，万分感谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 10/08/2012 - 23:44

不好意思，这个问题回复要比较长，我20号再回答。：）
如果到时候忘记了，请记得提醒我。

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 10/22/2012 - 10:50

1. 具体步骤：
(1) DICOM to NIFTI. (2) "New Segment + DARTEL": New Segment -- The structural image is then segmented into gray matter, white matter and cerebrospinal fluid by using "New Segment" in SPM8. (3) "New Segment + DARTEL": DARTEL -- Create Template, and DARTEL -- Normalize to MNI space (Many Subjects) for GM, WM, CSF and T1 Images (unmodulated, modulated and smoothed [8 8 8] kernel versions). 
注意，此处三种版本(unmodulated, modulated and smoothed)都是由DARTEL （Normalize to MNI space）得到的。

2. 确保你所有的被试都同质，至少转出应该有以c开头的文件，这样是能够继续的。

3. 你可以转成NIFTI格式（注意，每个被试下面有且只有一个NIFTI结构像文件），放在T1Img下。

4. T1像不能选择从那一步开始。如果选了T1 DICOM to NIFTI，是从T1Raw开始，如果没选，是从T1Img开始。

5. 如果做VBM分析，为什么要把高精度的结构像重采样成低精度的3*3*3？

6. 双样本分析好 - 你是基于MNI空间的图像进行的吗？（如smw之类的）。如果是，应该不会有这样的提示。



Submitted by xyuan on Mon, 10/22/2012 - 22:59

 谢谢严老师耐心回答，这些天自己也看了vbm tutorial，感觉应该是一样的，于是今天又重新跑了一遍，发现smwc1前缀文件（我理解是平滑过的灰质体积），打开看了下发现灰质是黑的，打开 swc1文件，灰质倒是正常的，亮的。太奇怪了！

Submitted by YAN Chao-Gan on Tue, 10/23/2012 - 01:44

黑的？是指什么？MRIcroN打开？
另外，不会自动生成swc1文件的。

Submitted by xyuan on Tue, 10/23/2012 - 21:11

 跑完T1imgnewsegment文件夹里随便选个sub，里面有BiasField_co*.nii，C1-6co*.nii，co*_seg8，iy_co*.nii，mco*.nii，rc1-6co.nii，smwc1-3co*.nii，swc1-3co*.nii，u_rc1co*_Template，y_co*.nii这些文件，然后我用mricro打开，我理解smwc1是平滑后的灰质体积，灰质位置应该是白色的，而这里打开是黑色的，跟这个文件夹里其他c1相关的文件打开是相反的。第1副图白底黑边的是smwc1，其他c1图像都是类似第2副黑底白边（图2是swc1），这跟我理解的相反啊，跟vbm8跑出来的也是颜色相反的……。谢谢！

Submitted by YAN Chao-Gan on Wed, 10/24/2012 - 05:12

你左图是用什么软件打开的？MRIcroN打开背景不会是白色呀。把图片贴全一点，附上colorbar。

Submitted by xyuan on Wed, 10/24/2012 - 20:26

 mricro，换mricron也一样；平时都是用mricro打开的，我也是第一次看到这样的；打开时候会跳图1的对话框，确定后如图2,；但是其他灰质图像都会跳图1的对话框。

Submitted by xyuan on Wed, 10/24/2012 - 20:28

 图1没有了，图1的对话框就是 this NifTi image includes an rotation transformation.You should reslice this data before attempting to overlay the image

Submitted by YAN Chao-Gan on Fri, 10/26/2012 - 01:54

不要用MRIcro打开NIFTI格式的数据。你再用MRIcroN打开截下图。

Submitted by xyuan on Sat, 10/27/2012 - 13:32

mricron打开没有提示对话框出现，但是图像还是一样的。

Submitted by YAN Chao-Gan on Mon, 10/29/2012 - 22:54

很奇怪，在灰质文件中不应该有负值。但你的这个图像里面都是负值。

你重做一次，或者看看别的被试？

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Wed, 03/26/2014 - 14:02

 可以自己先用MRIcron的dcm2nii转成o和co前缀的数据。