老师您好:
我最近在基于一份已经预处理好的基于roi的功能连接数据进行统计分析,数据是关于阿尔茨海默症的,被分成AD、MCI、NC三组,分别做了三组的单因素anova分析,做了单样本t检验来看组内差异,双样本t检验看组间差异,出现了如下一些问题,盼望解答:
1、这样做三组的anova分析,显著的脑区是说明三组在这些区域都有差异还是把所有两两有差异的脑区做的并集?
2、在这三种统计分析中,只有单样本t检验可以通过fdr校正,似乎alphasim校正与GRF要略松一些,如果要写文章的话,是不是应该用一种统一的校正方法?
3、在做alphasim校正的时候需要FWHM这个平滑参数,我问了一下预处理的步骤,是没有进行平滑的。我用rest alphasim里面那个估计功能,对anova的FWHM估计大概是4.4,对双样本t检验的估计大概是6.8,这个参数到底应该如何设置?
4、我在论坛里看到似乎双样本t检验是应该在anova显著的脑区中做,但是又不应该使用anova显著的脑区作为mask,post-hoc的双样本结果应该是与anova显著地结果进行叠加,就是我对http://restfmri.net/forum/node/1045这个帖子的理解,这个叠加是指双样本t检验的结果校正后与anova显著地结果做交集的意思?
5、现在我的统计分析全是在全脑灰质mask下进行的,我觉得这样做比较保险,但是似乎不利于多重比较校正,如果我采用三组单样本t检验显著结果做并集之后,再与全脑灰质模板做交集这样一个方式制作mask用于双样本t检验或者anova,会不会有什么比较大的不妥,受到审稿人的质疑?我个人觉得并集mask是一个很好地方式,但是确实是减少了多重比较的次数,这样做mask的方式的问题到底有多大的科学性呢?
急切盼望着各位老师同学不吝赐教,十分感谢!
Submitted by ZangYF on Sat, 05/24/2014 - 06:40 Permalink
Re: 请教统计分析中的一些问题
1、ANOVA的F值显著,说明至少有两组之间存在差异;
2、通常来说,单样本检验要比较独立样本之间的检验容易出结果。校正方法,我建议用一样的,但阈值不太可能用一样的。
3、这个问题,我不是非常清楚。我曾经用过估计功能,好像需要输入对拟估计的图像的平滑参数,然后,再考虑到固有的平滑大小,最后给出一个用于AlphaSim的平滑值。这个问题,再请其它专家回答。
4、这个问题略有点复杂。首先,就我所知,目前的影像学数据处理软件没有专门提供ANOVA之后的多重比较的校正问题。这个校正有两层:多个体素、多个组;ANOVA不显著的区域,显然不能进入到post-hoc分析。所以,我认为,post-hoc的“多个体素”的多重比较,在ANOVA显著的区域内进行是合理的。但问题是需要同时考虑“多个组”,这个问题好像还没有解决,如果保守起见,可以选最严格的Bonferroni;如果不对这个层面进行校正,在limitation中讲清楚,我认为也是可以的。
5、针对功能连接,我认为组间比较应该在单样本t检验的并集上进行;如果在全脑进行,就可能会出现一种情况:每组都不存在显著功能连接的脑区、却出现两组之间的差异,就目前的理解来说,这显然是不能接受的。比如,我们感兴趣的是DMN,如果不取单样本t检验的mask,而在全脑中比较两组的差异,就有可能在运动区出现组间差异,解释的时候,将运动区解释为DMN在两组之间有差异,显然是错误的。特别是用ICA,这个问题显得更突出。不能因为只考虑校正问题本身而不考虑神经科学的意义。校正时采用的mask比较小的话,单纯从统计角度,似乎增加了假阳性;但如果不考虑结果的神经科学意义,而只从计算方法本身去考虑,同样会出现几乎无法解释的假阳性。比如我上面提到的在每个组都不存在功能连接区域、却发现了两组之间的差异,这种差异尽管不能武断地判断为假阳性,但其神经科学意义非常难理解。
Submitted by zhz5185 on Sun, 05/25/2014 - 21:47 Permalink
Re: 请教统计分析中的一些问题
首先非常感谢臧老师认真的回复,仔细研读后收获良多,我还想再确定一下,您对第四个问题的回答可不可以理解为在做post-hoc的双样本t检验应当用anova显著的区域作为mask?十分感谢!
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sat, 05/24/2014 - 18:40 Permalink
Re: 请教统计分析中的一些问题
臧老师回答的差不多了,我就第三个问题说说自己的看法。
SPM在做平滑核估计时,使用的是残差图像来估计,然而如果你要拿做了统计之后的t图,F图做估计的话,和残差图估计出来的值肯定不同。
而且,你t图的估计和F图的估计结果肯定也是不一样。这是必然的结果。 但是,如果基于GLM模型,残差都是一样的,不管你做T检验还是F检验,所以SPM的估计应该不会根据你要做什么分析就会改变。
不推荐用统计图估计平滑核。你可以直接用预处理的平滑参数
Submitted by zhz5185 on Sun, 05/25/2014 - 21:39 Permalink
Re: 请教统计分析中的一些问题
非常感谢两位老师的回答,因为这份数据的预处理不是我做的,我拿到的是预处理好的数据,这份数据预处理时没有经过平滑,请问这样如果我还想使用alphasim校正,这个平滑参数应该如何处理?非常感谢!
Submitted by ZangYF on Sun, 05/25/2014 - 21:47 Permalink
Re: 请教统计分析中的一些问题
我同意张寒的观点。用不同的图估计的平滑值都不相同,把问题复杂化了。如果用预处理时的平滑参数,就非常统一,只是可能导致阈值略宽松一些而已。