ICA 相關問題

 
有幾個問題請教先進:

1. 假設我有Group A (healthy) and Group B (disease)兩組資料進行ICA, 是將兩組資料放一起進行ICA, 還是分開 ?? 
   (記得上培訓班時張寒老師說放一起, but why ???????  分開進行ICA有何缺陷????)
 
2. 假定我要針對component 1 進行 two-sample T test, 需要使用component 1 的 mask 嗎 ? 如何製作 ?
 
3.  MICA(或GIFT) 產生的map 跟T1 template  大小不一致

 额。。。。写了一堆,点了你给的链接以后都没了。重新写:

1. 如果你看GICA的papers,你会发现把两组连在一起做的文章far more than 分开做的情况。因为分开做的话,成分没有办法在组间找到对应,比如default mode, 在groupA可能分解方式是这样,分开做了在group B可能是那样,这样无法进行group comparison,

合在一起做要有假设,认为default mode在两组上空间pattern大致一致,这样连在一起做完后,再通过back reconstruction还是能找回很多个体特异的信息的,可以参考Calhoun et al., 2001的Group ICA文章。

2. 要制作two sample t 的mask,需要分别对group A 做 one sample t, 然后threshold, get a binary map, 然后对group B做one sample t,同样得到另外一个binary map, 然后用image calculate 做两个binary maps的并集。

3. 你没有在standard space 里面做fMRI的分析,而标准的T1 template但是MNI standard space的,这时候就是你这种情况。
要先做normalization。

張老師,

非常感謝你的答覆,
關於第三個問題, the preprocessing had been done using DPARSFA, including slice timing, realignment, normalization, and smooth (swra.file).
問題是出在哪 ??
可以麻煩張老師再看看嗎?
(附圖是經過前處理的影像, 大小與MNI T1 template 一致, 但經過MICA處理後, 影像大小與 MNI T1 template 就不一致了)

Thanks.

forum/sites/default/files/users/YMWu/file/SWAR.jpg

 如果你预处理都是按照你说的这样做的,应该图像没有问题。
看你的jpg文件也没有问题。

MICA的时候,你有没有选择过模板?还是用default mask?

 张老师好!
      关于第2个回答。在spm8中对group A or B 做one sample t 时,Explicit Mask选项一般是默认的Brain Mask吗?需要手动去选择吗?
      谢谢老师的解答!