各位老师好，rest-fmri前期工作已经做完，现在我正进行统计分析，现将遇到的几个问题发到论坛上，希望能得到各位老师的帮助。谢谢。
1.关于cluster报告的问题：一个大体素怎么报告？我看到论坛上说报告中间的一部分，现在我就是不知道到底哪些要报哪些不要报，很泛的区域不报这个比较好理解，但是还是有很多小的区域啊，具体判断标准是什么？如P值选0.01，是不是voxels>16的都要报？如P值选0.05，是不是voxels>54的都要报？还有，cluster的MNI坐标在脑外要怎么报。。。如下：Cluster 1
Number of voxels: 4047
Peak MNI coordinate: 6 -21 -57（脑外）
Peak MNI coordinate region: // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined
Peak intensity: 12.2924
# voxels structure
4047 --TOTAL # VOXELS--
706 Right Cerebrum
700 Left Cerebrum
644 Gray Matter
506 Right Cerebellum
486 Cerebellum Posterior Lobe
466 White Matter
466 Temporal Lobe
365 Superior Temporal Gyrus
326 Limbic Lobe
299 Sub-lobar
275 Cerebellum Anterior Lobe
272 Occipital Lobe
270 Left Cerebellum
230 Cerebellar Tonsil
228 Cerebelum_Crus1_R (aal)（小脑）
211 Culmen
161 Temporal_Pole_Sup_L (aal)（-42 25 3）（左颞叶）
157 Inter-Hemispheric
135 Lingual Gyrus
133 Left Brainstem
129 brodmann area 38
125 Posterior Cingulate
116 Pons
111 Uncus
105 Declive
101 ParaHippocampal_L (aal)（左侧海马旁回）
101 brodmann area 18
98 Tuber
97 Cerebelum_8_R (aal)
94 Cerebro-Spinal Fluid
90 Temporal_Pole_Sup_R (aal)（右侧颞叶）
89 Extra-Nuclear
84 Cerebelum_4_5_L (aal)
83 Cerebelum_Crus2_R (aal)
77 Sub-Gyral
75 Lingual_R (aal)（右侧舌回）
73 Parahippocampa Gyrus
72 Cerebelum_9_L (aal)
70 Right Brainstem
69 Lingual_L (aal)
65 Frontal Lobe
65 Midbrain
64 Lateral Ventricle
63 Calcarine_L (aal)（左距状沟）
63 Inferior Frontal Gyrus
63 ParaHippocampal_R (aal)
62 Cerebelum_8_L (aal)
61 Thalamus
54 Inferior Occipital Gyrus
54 brodmann area 30
50 Vermis_4_5 (aal)（小脑蚓部）
48 Temporal_Sup_L (aal)
45 Temporal_Pole_Mid_L (aal)
44 brodmann area 28
42 Cerebelum_4_5_R (aal)
39 Caudate
39 Fusiform Gyrus
38 Cuneus
36 Vermis_3 (aal)
35 Cerebelum_9_R (aal)
35 Inferior Semi-Lunar Lobule
33 Corpus Callosum
31 Frontal_Inf_Orb_L (aal)（左侧额下回）
30 brodmann area 22
29 Precuneus_L (aal)（左侧楔前叶）
28 brodmann area 17
27 Thalamus_L (aal)（左侧丘脑）
27 Thalamus_R (aal)
24 brodmann area 47
24 brodmann area 29
23 Insula_L (aal)（左侧岛叶）
23 Frontal_Inf_Orb_R (aal)
22 Cerebelum_10_R (aal)
22 Temporal_Pole_Mid_R (aal)（右侧颞中回）
21 Medulla
21 Caudate Head
20 Cerebelum_10_L (aal)
20 Cerebelum_3_R (aal)
19 Cerebellar Lingual
19 Insula_R (aal)（右侧岛叶）
19 Fusiform_L (aal)
19 Medial Dorsal Nucleus
19 Insula
19 Vermis_10 (aal)
18 Cingulum_Post_L (aal)（左侧扣带回后部）
18 brodmann area 13
18 brodmann area 34
17 Caudate Body
15 Ventral Anterior Nucleus
15 Third Ventricle
15 Caudate_L (aal)
15 Cerebelum_3_L (aal)
12 Nodule
12 Vermis_1_2 (aal)
12 Cerebelum_Crus2_L (aal)
12 Fourth Ventricle
11 Calcarine_R (aal)
11 brodmann area 35
11 brodmann area 36
11 Pyramis
11 Cerebelum_7b_R (aal)
11 Temporal_Inf_R (aal)
10 brodmann area 21
10 Fusiform_R (aal)
10 brodmann area 23
9 Hippocampus_L (aal)
9 brodmann area 19
9 Vermis_6 (aal)
9 Vermis_9 (aal)
9 Temporal_Sup_R (aal)
9 Precuneus_R (aal)
9 Cingulate Gyrus
7 Amygdala_L (aal)
7 Middle Occipital Gyrus
6 Uvula
6 brodmann area 20
6 brodmann area 25
6 Cerebelum_6_L (aal)
5 Caudate_R (aal)
4 Cerebelum_6_R (aal)
4 Subcallosal Gyrus
4 Cerebelum_7b_L (aal)
4 Olfactory_L (aal)
3 Temporal_Mid_L (aal)
3 Inferior Temporal Gyrus
3 Middle Temporal Gyrus
3 Optic Tract
3 Amygdala
2 brodmann area 31
2 Anterior Cingulate
2 Hypothalamus
2 Frontal_Inf_Tri_L (aal)
2 Medial Frontal Gyrus
2 Ventral Lateral Nucleus
2 Cingulum_Post_R (aal)
1 Temporal_Inf_L (aal)
1 Dentate
1 Vermis_7 (aal)
1 Frontal-Temporal Space
1 Temporal_Mid_R (aal)
1 Lateral Dorsal Nucleus
1 Rolandic_Oper_L (aal)
1 Frontal_Inf_Oper_L (aal)
1 Caudate Tail
1 brodmann area 37
1 Occipital_Inf_R (aal)
1 Fastigium
1 Declive of Vermis
----------------------
第二个问题：判断区域的时候，把MNI坐标输入到slice viewer里面，选了yoke，但是把十字架放到感兴趣区上面，对应的布罗德曼分区及ALL要怎么看？图像上面没有标出是布罗德曼分区的哪一区，需要自己去判断？如下图：传不了图片，不知道老师明白我的意思了没有。。。
第三个问题：MNI坐标输进去之后，对应的区域及其周围找不到激活区。。。Cluster 2
Number of voxels: 64
Peak MNI coordinate: -45 -75 -27
Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Posterior Lobe // Declive // undefined // undefined // Cerebelum_Crus1_L (aal)
Peak intensity: 6.5991
# voxels structure
64 --TOTAL # VOXELS--
43 Cerebelum_Crus1_L (aal)
37 Left Cerebellum
37 Cerebellum Posterior Lobe（左侧小脑后叶）
32 Declive
5 Tuber
这个cluster的MNI输进去之后左侧小脑一个激活区都找不到。。。
Submitted by ZHANG_RESTadmin on Mon, 05/26/2014 - 14:07 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
请参考论坛里面的http://restfmri.net/forum/node/1850
how to report fMRI result (v2.0) 如何汇报激活结果（2.0版）
Submitted by shijiangyong on Mon, 05/26/2014 - 18:13 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
这个我看过的，但是具体的还是不懂，就是选中间一部分具体标准是什么？Step 1. Glimpsing this cluster in REST Slice viewer for a roughly assessment of its location.（可是我输入cluster的MNI坐标后对应图像上完全没有激活区域），slightly move the red cross in the left window and see which BA and AAL regions this cluster covers.（这个BA跟ALL具体是那个区图像上没有显示，要自己找？还是可以怎么让它显示出来？光看颜色并不知道是哪一个区啊。。。In this example, whatever you move the cursor within the cluster, the BA template always report 19,这个19是自己判断出来的还是图像上可以显示出来？ALL也是同样的问题，光看图像不知道是哪一个区。。。） Note that either too gross or too small region should not been reported (i.e., you probably need to report the middle section of the table below).（这个太大太小使用什么标准来判断？）谢谢老师的回答。
Submitted by admin on Tue, 05/27/2014 - 05:33 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
--slightly move the red cross in the left window
Just click the coordinate text input box, then press "Enter", it will update in the same position in ALL 3 Slice Viewers if Yoke is checked, no need to click another slightly different position.
--这个BA跟ALL具体是那个区图像上没有显示，要自己找？还是可以怎么让它显示出来？光看颜色并不知道是哪一个区啊
On the left of the "Montage" button, there are 2 values showing the underlay and overlay information.
Submitted by shijiangyong on Tue, 05/27/2014 - 19:09 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
Cluster 1
Number of voxels: 4047
Peak MNI coordinate: 6 -21 -57（脑外）
Peak MNI coordinate region: // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined
Peak intensity: 12.2924
# voxels structure
4047 --TOTAL # VOXELS--
706 Right Cerebrum
700 Left Cerebrum
644 Gray Matter
506 Right Cerebellum
486 Cerebellum Posterior Lobe（小脑后叶）
466 White Matter
466 Temporal Lobe
365 Superior Temporal Gyrus（颞上回）
326 Limbic Lobe
299 Sub-lobar
275 Cerebellum Anterior Lobe（小脑前叶）
272 Occipital Lobe
270 Left Cerebellum
230 Cerebellar Tonsil
228 Cerebelum_Crus1_R (aal)（小脑）
211 Culmen
161 Temporal_Pole_Sup_L (aal)（-42 25 3）（左颞叶）
157 Inter-Hemispheric
135 Lingual Gyrus（舌回）
133 Left Brainstem
129 brodmann area 38
125 Posterior Cingulate（后扣带回）
116 Pons
111 Uncus
105 Declive
101 ParaHippocampal_L (aal)（左侧海马旁回）
101 brodmann area 18
98 Tuber
97 Cerebelum_8_R (aal)
94 Cerebro-Spinal Fluid
90 Temporal_Pole_Sup_R (aal)（右侧颞叶）
89 Extra-Nuclear
84 Cerebelum_4_5_L (aal)
83 Cerebelum_Crus2_R (aal)
77 Sub-Gyral
75 Lingual_R (aal)（右侧舌回）
73 Parahippocampa Gyrus
72 Cerebelum_9_L (aal)
70 Right Brainstem
69 Lingual_L (aal)
65 Frontal Lobe
65 Midbrain
64 Lateral Ventricle
63 Calcarine_L (aal)（左距状沟）
63 Inferior Frontal Gyrus（额下回）
63 ParaHippocampal_R (aal)
62 Cerebelum_8_L (aal)
61 Thalamus
54 Inferior Occipital Gyrus
54 brodmann area 30
50 Vermis_4_5 (aal)（小脑蚓部）
48 Temporal_Sup_L (aal)
45 Temporal_Pole_Mid_L (aal)（颞中回）
44 brodmann area 28
42 Cerebelum_4_5_R (aal)
39 Caudate
39 Fusiform Gyrus
38 Cuneus
36 Vermis_3 (aal)
35 Cerebelum_9_R (aal)
35 Inferior Semi-Lunar Lobule
33 Corpus Callosum
31 Frontal_Inf_Orb_L (aal)（左侧额下回）
30 brodmann area 22
29 Precuneus_L (aal)（左侧楔前叶）
28 brodmann area 17
27 Thalamus_L (aal)（左侧丘脑）
27 Thalamus_R (aal)
24 brodmann area 47
24 brodmann area 29
23 Insula_L (aal)（左侧岛叶）
23 Frontal_Inf_Orb_R (aal)
22 Cerebelum_10_R (aal)
22 Temporal_Pole_Mid_R (aal)（右侧颞中回）
21 Medulla
21 Caudate Head
20 Cerebelum_10_L (aal)
20 Cerebelum_3_R (aal)
19 Cerebellar Lingual
19 Insula_R (aal)（右侧岛叶）
19 Fusiform_L (aal)
19 Medial Dorsal Nucleus
19 Insula
19 Vermis_10 (aal)
18 Cingulum_Post_L (aal)（左侧扣带回后部）
18 brodmann area 13
18 brodmann area 34
17 Caudate Body
15 Ventral Anterior Nucleus
15 Third Ventricle
15 Caudate_L (aal)
15 Cerebelum_3_L (aal)
12 Nodule
12 Vermis_1_2 (aal)
12 Cerebelum_Crus2_L (aal)
12 Fourth Ventricle
11 Calcarine_R (aal)
11 brodmann area 35
11 brodmann area 36
11 Pyramis
11 Cerebelum_7b_R (aal)
11 Temporal_Inf_R (aal)
10 brodmann area 21
10 Fusiform_R (aal)
10 brodmann area 23
9 Hippocampus_L (aal)
9 brodmann area 19
9 Vermis_6 (aal)
9 Vermis_9 (aal)
9 Temporal_Sup_R (aal)
9 Precuneus_R (aal)
9 Cingulate Gyrus
7 Amygdala_L (aal)
7 Middle Occipital Gyrus
6 Uvula
6 brodmann area 20
6 brodmann area 25
6 Cerebelum_6_L (aal)
5 Caudate_R (aal)
4 Cerebelum_6_R (aal)
4 Subcallosal Gyrus
4 Cerebelum_7b_L (aal)
4 Olfactory_L (aal)
3 Temporal_Mid_L (aal)
3 Inferior Temporal Gyrus
3 Middle Temporal Gyrus
3 Optic Tract
3 Amygdala
2 brodmann area 31
2 Anterior Cingulate
2 Hypothalamus
2 Frontal_Inf_Tri_L (aal)
2 Medial Frontal Gyrus
2 Ventral Lateral Nucleus
2 Cingulum_Post_R (aal)
1 Temporal_Inf_L (aal)
1 Dentate
1 Vermis_7 (aal)
1 Frontal-Temporal Space
1 Temporal_Mid_R (aal)
1 Lateral Dorsal Nucleus
1 Rolandic_Oper_L (aal)
1 Frontal_Inf_Oper_L (aal)
1 Caudate Tail
1 brodmann area 37
1 Occipital_Inf_R (aal)
1 Fastigium
1 Declive of Vermis
请问报这些有问题吗？谢谢。。。
Submitted by shijiangyong on Tue, 05/27/2014 - 20:29 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
非常感谢老师的回答。现在终于搞懂这个all跟BA坐标了。谢谢。
Submitted by shijiangyong on Tue, 05/27/2014 - 20:29 Permalink
Re: 关于统计分析的几个问题
非常感谢老师的回答。现在终于搞懂这个all跟BA坐标了。谢谢。