删除中间文件

Submitted by insular on Mon, 07/28/2014 - 09:30

 大家好。

用DPARSFAu预处理后，会生成很多中间文件。当被试很多的时候，太占硬盘空间。

对于功能像，每一步产生的文件都好理解，很容易删除不必要的中间文件。

对于结构像，有以下2个问题：

1. T1ImgCoreg，这个文件夹是否可以删除，而不影响后续 的处理？

2. T1ImgNewSegment , 里面有很多文件，哪些可以删除，而不影响后续的配准：

BiasField_T1.nii
c1T1.nii
c2T1.nii
c3T1.nii
c4T1.nii
c5T1.nii
c6T1.nii
iy_T1.nii
mT1.nii
mwc1T1.nii
mwc2T1.nii
mwc3T1.nii
rc1T1.nii
rc2T1.nii
rc3T1.nii
rc4T1.nii
rc5T1.nii
rc6T1.nii
smwc1T1.nii
smwc2T1.nii
smwc3T1.nii
sym_wT1.nii
T1.nii
T1_seg8.mat
u_rc1T1_Template.nii
wc1T1.nii
wc2T1.nii
wc3T1.nii
wT1.nii
wT1_sn.mat
y_T1.nii

谢谢！

Submitted by gaolei6096 on Mon, 07/28/2014 - 13:57

Hello，上次“Warning: Matrix is singular, close to singular or badly scaled. Results may be
inaccurate. RCOND = NaN. ”的问题解决了吗？

如果只剩下统计分析要做，可以留下c1*,c2*,c3*，用于计算颅内体积；
wc1*(wc2*)，mwc1*(mwc2*)及smwc1*(smwc2*)用于后续计算灰质（白质）密度和体积。其余的都可以删掉。

Submitted by insular on Mon, 07/28/2014 - 16:02

Thanks a lot.

已经排查出上次“Warning: Matrix is singular, close to singular or badly scaled. Results may be
inaccurate. RCOND = NaN. ”的问题了。在手工reorent数据的时候，漏掉了一个被试。导致分割出错。

另外，有一些小的问题，不知道是不是我的处理有问题：
 
1。我发现手工reorient结构像后，DPARSFA会直接resample结构像到reorient后的位置。而对于功能像，好像没有直接作用到原始数据(FunImg)，而是resample了RealignParameter里面的平均fMRI图像。而使用apply Mats功能，会直接作用到原始fMRI数据上。
 
 2。同时，我尝试使用apply Mats功能（把我之前手工生成的reorient matrix 复制到DownloadedReorientMats文件夹，然后重新copy了一份原始数据FunImg和T1Img），发现DPARSFA只会自动reorient功能像，而不会处理结构像。到结构像是会出一下错误：
Apply Downloaded Reorient Mats to functional images for sub_576: OK   ------------> function的reorient已经顺利完成
Error using parallel_function (line 589)
 
Input must be a row vector of characters.
 
Error stack:
fileparts.m at 31
spm_fileparts.m at 17
spm_get_space.m at 14
DPARSFA_run>(parfor body) at 391
 
Error in DPARSFA_run (line 357)
    parfor i=1:AutoDataProcessParameter.SubjectNum
 
Error in DPARSFA>pushbuttonRun_Callback (line 1601)
    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);
 
Error in gui_mainfcn (line 96)
        feval(varargin{:});
 
Error in DPARSFA (line 33)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
Error while evaluating uicontrol Callback
 关闭并行，也还是会出现类似的错误
 
3。在最后Normalize Derivatives的时候，好像，Results文件夹结果的图像过多，就会报Index exceeds matrix dimensions的错误。我删掉一些结果或者，把一些结果拷出来，多分几步normalize，就能顺利运行。我还不是很确定这个bug。我到时候在确定下。
 
4。同时点"Normalize to Symmetic Template" 和 "VMHC"。在完成“Normalize to Symmetic Template”后系统会报错。
后来我分开进行，Normalize完后，修改Directory Name 为 FunImgARCFsym, 然后在做VMHC, 程序顺利运行。在查matlab的输出发现:
  a) 如果同时点2个步骤，在完成“Normalize“和copy数据后，会直接开始compute VMHC
  b) 如果分开进行，在compute VMHC前，程序会先对Brain, GM, WM 和CSF进行resample，在Mask文件夹里面生成类似AllResampled_GreyMask_02_91x109x91的文件。
我猜测之所以a)会出错，可能是缺少了resample mask的步骤。