Submitted by jma0206 on Wed, 07/23/2014 - 01:18 各位老师同学大家好, 最近用dparsf 软件处理数据时,我提取出了AAL time course,我想问一下这90个时间序列的每一个点的含义是什么,主要是其正负的含义;其次,我们能不能用一些方法将其时间序列都变为正呢? 谢谢大家的解答! 马杰 Log in or register to post comments 15979 reads Submitted by gaolei6096 on Wed, 07/23/2014 - 16:03 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 1.提取的AAL time courses是一个90×90的相关系数矩阵,如下图: 节点 这样一个相关系数矩阵就可以看做一个graph(图),由90个脑区(节点)和节点间的功能连接相关系数(连边,即矩阵中的每一个数值)构成。它们之间的相关性构成了90个AAL脑区的静息态功能架构,不同脑区之间有正相关(positive),也有负相关(negative)。因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的: 这是由36个不同的脑网络核心节点构成的相关系数矩阵,从上而下依次是背侧注意网络,默认网络,感觉运动网络,视觉网络,听觉网络和凸显网络。这样的矩阵组成就可以反映上述网络内部和网络之间的关系,网络内部具有高度的正相关,网络之间可能存在负相关(拮抗相关,anticorrelated),呈现一个动态演变的静息态功能架构。 2.因为这个功能连接相关系数矩阵有正有负,它并不是一个positive的矩阵,是不是要变成二值化矩阵呢?可以用gretna或pygretna实现。 Log in or register to post comments Submitted by jma0206 on Wed, 07/23/2014 - 22:17 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 非常感谢您的耐心解答!但是我仍然还有一些问题不懂: 从DPARSF软件的 AAL time course中直接得到的是90 × 130 的矩阵(其中130应该是volume个数),这个矩阵的值有正有负,其值的含义应该是其BOLD值吧,其中正负值的范围约从-10 到 +10 。我的问题就是这些值能不能通过一些变换(最好线性)将其变为正值而不改变数据包含的信息呢?(这样方便做一些矩阵上面的处理) 顺便可能我对矩阵中每个值(BOLD值)的理解有问题,也希望您能够进行指正。 谢谢! Log in or register to post comments Submitted by gaolei6096 on Thu, 07/24/2014 - 23:52 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 原来你是做到这一步,90 × 130是抽提的90个区域的时间序列,正如你说的130个时间点,因为BOLD信号时间序列在没有去除协变量的时候,都是正的,但是在回归了例如头动、白质及脑脊液信号之后,就难以避免的出现负值。至于怎么经过线性变化变成正值我就不清楚了,期待其他老师的解答。 Log in or register to post comments Submitted by ZangYF on Thu, 08/14/2014 - 07:53 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 去除协变量之后,时间序列出现负值是正常的,但的确导致有些研究者迷惑。我们正在考虑加一个选项,将平均值加回去。 Log in or register to post comments Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:35 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 请教老师,DPARSF中提取出某个脑区的时间序列,是该脑区中所有体素的时间序列的平均吗? Log in or register to post comments Submitted by wangspp2011 on Fri, 08/08/2014 - 16:48 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 大神,我能问一下,上述的的那个90x90的相关系数的图示如何画出来的吗?烦请告知一下 Log in or register to post comments Submitted by wangspp2011 on Wed, 08/20/2014 - 15:02 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 老师,您好,我看上面您说到" 因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的“,我想问一下如果按照静息态功能网络排布排列,那么这儿AAL脑区的顺序应该是怎么样的呢?希望老师能够给个回答。本人小白一个,可能问题有点白目。 Log in or register to post comments Submitted by YHC on Thu, 10/30/2014 - 15:47 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 您好,請問您是怎麼用提取出的時間序列做成這個矩陣的呢?謝謝。 Log in or register to post comments Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:24 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 提取出时间序列后计算各时间序列之间的相关系数,然后使用工具箱BrainNet Viewer Log in or register to post comments
Submitted by gaolei6096 on Wed, 07/23/2014 - 16:03 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 1.提取的AAL time courses是一个90×90的相关系数矩阵,如下图: 节点 这样一个相关系数矩阵就可以看做一个graph(图),由90个脑区(节点)和节点间的功能连接相关系数(连边,即矩阵中的每一个数值)构成。它们之间的相关性构成了90个AAL脑区的静息态功能架构,不同脑区之间有正相关(positive),也有负相关(negative)。因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的: 这是由36个不同的脑网络核心节点构成的相关系数矩阵,从上而下依次是背侧注意网络,默认网络,感觉运动网络,视觉网络,听觉网络和凸显网络。这样的矩阵组成就可以反映上述网络内部和网络之间的关系,网络内部具有高度的正相关,网络之间可能存在负相关(拮抗相关,anticorrelated),呈现一个动态演变的静息态功能架构。 2.因为这个功能连接相关系数矩阵有正有负,它并不是一个positive的矩阵,是不是要变成二值化矩阵呢?可以用gretna或pygretna实现。 Log in or register to post comments
Submitted by jma0206 on Wed, 07/23/2014 - 22:17 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 非常感谢您的耐心解答!但是我仍然还有一些问题不懂: 从DPARSF软件的 AAL time course中直接得到的是90 × 130 的矩阵(其中130应该是volume个数),这个矩阵的值有正有负,其值的含义应该是其BOLD值吧,其中正负值的范围约从-10 到 +10 。我的问题就是这些值能不能通过一些变换(最好线性)将其变为正值而不改变数据包含的信息呢?(这样方便做一些矩阵上面的处理) 顺便可能我对矩阵中每个值(BOLD值)的理解有问题,也希望您能够进行指正。 谢谢! Log in or register to post comments
Submitted by gaolei6096 on Thu, 07/24/2014 - 23:52 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 原来你是做到这一步,90 × 130是抽提的90个区域的时间序列,正如你说的130个时间点,因为BOLD信号时间序列在没有去除协变量的时候,都是正的,但是在回归了例如头动、白质及脑脊液信号之后,就难以避免的出现负值。至于怎么经过线性变化变成正值我就不清楚了,期待其他老师的解答。 Log in or register to post comments
Submitted by ZangYF on Thu, 08/14/2014 - 07:53 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 去除协变量之后,时间序列出现负值是正常的,但的确导致有些研究者迷惑。我们正在考虑加一个选项,将平均值加回去。 Log in or register to post comments
Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:35 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 请教老师,DPARSF中提取出某个脑区的时间序列,是该脑区中所有体素的时间序列的平均吗? Log in or register to post comments
Submitted by wangspp2011 on Fri, 08/08/2014 - 16:48 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 大神,我能问一下,上述的的那个90x90的相关系数的图示如何画出来的吗?烦请告知一下 Log in or register to post comments
Submitted by wangspp2011 on Wed, 08/20/2014 - 15:02 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 老师,您好,我看上面您说到" 因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的“,我想问一下如果按照静息态功能网络排布排列,那么这儿AAL脑区的顺序应该是怎么样的呢?希望老师能够给个回答。本人小白一个,可能问题有点白目。 Log in or register to post comments
Submitted by YHC on Thu, 10/30/2014 - 15:47 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 您好,請問您是怎麼用提取出的時間序列做成這個矩陣的呢?謝謝。 Log in or register to post comments
Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:24 Permalink Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题 提取出时间序列后计算各时间序列之间的相关系数,然后使用工具箱BrainNet Viewer Log in or register to post comments
Submitted by gaolei6096 on Wed, 07/23/2014 - 16:03 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
1.提取的AAL time courses是一个90×90的相关系数矩阵,如下图:
节点
这样一个相关系数矩阵就可以看做一个graph(图),由90个脑区(节点)和节点间的功能连接相关系数(连边,即矩阵中的每一个数值)构成。它们之间的相关性构成了90个AAL脑区的静息态功能架构,不同脑区之间有正相关(positive),也有负相关(negative)。因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的:
这是由36个不同的脑网络核心节点构成的相关系数矩阵,从上而下依次是背侧注意网络,默认网络,感觉运动网络,视觉网络,听觉网络和凸显网络。这样的矩阵组成就可以反映上述网络内部和网络之间的关系,网络内部具有高度的正相关,网络之间可能存在负相关(拮抗相关,anticorrelated),呈现一个动态演变的静息态功能架构。
2.因为这个功能连接相关系数矩阵有正有负,它并不是一个positive的矩阵,是不是要变成二值化矩阵呢?可以用gretna或pygretna实现。
Submitted by jma0206 on Wed, 07/23/2014 - 22:17 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
非常感谢您的耐心解答!但是我仍然还有一些问题不懂:
从DPARSF软件的 AAL time course中直接得到的是90 × 130 的矩阵(其中130应该是volume个数),这个矩阵的值有正有负,其值的含义应该是其BOLD值吧,其中正负值的范围约从-10 到 +10 。我的问题就是这些值能不能通过一些变换(最好线性)将其变为正值而不改变数据包含的信息呢?(这样方便做一些矩阵上面的处理)
顺便可能我对矩阵中每个值(BOLD值)的理解有问题,也希望您能够进行指正。
谢谢!
Submitted by gaolei6096 on Thu, 07/24/2014 - 23:52 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
原来你是做到这一步,90 × 130是抽提的90个区域的时间序列,正如你说的130个时间点,因为BOLD信号时间序列在没有去除协变量的时候,都是正的,但是在回归了例如头动、白质及脑脊液信号之后,就难以避免的出现负值。至于怎么经过线性变化变成正值我就不清楚了,期待其他老师的解答。
Submitted by ZangYF on Thu, 08/14/2014 - 07:53 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
去除协变量之后,时间序列出现负值是正常的,但的确导致有些研究者迷惑。我们正在考虑加一个选项,将平均值加回去。
Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:35 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
请教老师,DPARSF中提取出某个脑区的时间序列,是该脑区中所有体素的时间序列的平均吗?
Submitted by wangspp2011 on Fri, 08/08/2014 - 16:48 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
大神,我能问一下,上述的的那个90x90的相关系数的图示如何画出来的吗?烦请告知一下
Submitted by wangspp2011 on Wed, 08/20/2014 - 15:02 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
老师,您好,我看上面您说到" 因为默认的AAL脑区的排布比较乱,并不是按照不同的静息态功能网络的排布排列的“,我想问一下如果按照静息态功能网络排布排列,那么这儿AAL脑区的顺序应该是怎么样的呢?希望老师能够给个回答。本人小白一个,可能问题有点白目。
Submitted by YHC on Thu, 10/30/2014 - 15:47 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
您好,請問您是怎麼用提取出的時間序列做成這個矩陣的呢?謝謝。
Submitted by joyao1991 on Wed, 11/05/2014 - 17:24 Permalink
Re: 关于AAL time course(90 region) 的问题
提取出时间序列后计算各时间序列之间的相关系数,然后使用工具箱BrainNet Viewer