DPARSFA回归WM，GM，CSF时生成的mask与Realign得到的图像的坐标不一致

Submitted by loveH on Thu, 12/18/2014 - 09:38

老师：
您好！
我用DPARSFA对静息态的数据进行预处理，顺序是：SliceTiming-Realign-T1Segment-Nuisance Covariates Regression-Mormalize.遇到了两个问题：
1.我发现Nuisance Covariates Regression的时候生成的某些被试的白质、灰质、脑脊液、全脑信号mask的坐标位置与realign得到的图像的坐标位置有差异。如图（左侧为realignParameter文件夹内的图像，右侧为Masks中BrainMask图像，用MRIcro显示的同一坐标位置的截图）：

但是T1分割的结果看起来坐标位置是正常的。我在对同一个被试做一次相同步骤的预处理，得到的图像坐标位置就相同了，请问这是什么原因呢？
因为我的一批被试200人左右，其中有20个左右出现这个状况。对于这些坐标偏差的被试我用什么方式可以调整一下mask的位置呢？

2.有一些BrainMask在小脑位置最低层看起来会缺少一半，如图：

这样子的mask怎么处理呢？

谢谢老师~


Submitted by ZHANG_RESTadmin on Sat, 12/20/2014 - 17:02

这些mask文件都是标准空间的，而你的EPI图像却是个体空间（或者原始空间）的。这两个图像本来就不会匹配。
你要弄清楚你用mask提取信号的时候，是对什么图像做的提取，勾选normalize之后的nuisance covariate regression，就是对标准空间的EPI图像进行提取的，你应该先确保你勾对了位置，再比较模板和已经配准的EPI图像，不能用一个原始的EPI图像去和模板比较。

 

Submitted by loveH on Mon, 12/29/2014 - 16:50

好的 我明白您的意思 但是我的处理是基于个体空间的

步骤的截图：

然后就会出现上面说的问题了……

那再请问老师一个问题：那在生成mask文件夹中的每个个体的WM，GM，CSF和全脑的mask的时候，是怎么计算的呢？使用spm的defprmations功能进行反配准得到的嘛？那请问使用的插值方式是trilinear还是其他呢？