REST-GCA

Submitted by zangzx on Thu, 02/04/2010 - 17:12

Based on Resting State fMRI Data Analysis Toolkit (REST), we implemented GCA on MATLAB as a graphical user interface (GUI) toolkit. This toolkit, namely REST-GCA (as a component of REST), could output both the F on residual and the signed-path coefficient. REST-GCA also intergrates a programme that could transform the distribution of F on the residual to normal distribution and then permit parametric statistical inference at group level.

Please see the attachments for detailed discription and usage of REST-GCA.

Citation: Zang ZX, Yan CG, Dong ZY, Huang J, Zang YF (In Press) Granger Causality Analysis implementation on MATLAB: a graphic user interface toolkit for fMRI data processing. Journal of Neuroscience Methods. In Press.

Thank you for using REST!
by Zang Zhenxiang, 2010-05-03

 

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Office presentation icon Usage_of_REST-GCA_1.ppt857.5 KB
Microsoft Office document icon REST-GCA_readme_v1.8.doc182.5 KB

Submitted by zangzx on Fri, 09/07/2012 - 09:43

The readme file and usage-guide ppt file of RESTv1.8-GCA have been uploaded. To view the changes of REST-GCA, please download the two recently uploaded files! Thank you for using REST!

Submitted by YAN Chao-Gan on Sat, 09/08/2012 - 08:06

 Zhen-Xiang, please also update the picture of GUI?

Submitted by chenxiao on Sat, 05/18/2013 - 21:09

老师我想请教一下关于GCA的问题，
我采用的是一个run的任务态的数据，选择了一个6mm的ROI来做voxel wise的GCA，然后我将所有被试的结果做one-sample t test，出来的结果是整个脑袋都亮了，我以为是因为smooth的原因，但是我又用没smooth的数据做，结果还是一样，请问我哪里出错了么？

Submitted by zangzx on Sun, 05/19/2013 - 00:03

 你好，
请问你是不是按照默认的参数运行的GCA？如果是，那么输出结果是回归系数图。这个图可以直接做t test。如果不是，那么你用的是基于残差的结果，是不能直接做t test的。

请问你设置的p值是多少，有没有进行校正？

Submitted by chenxiao on Sun, 05/19/2013 - 16:28

非常感谢老师您的回答，我已经再重新跑了一次预处理，这一次的结果貌似合理很多，谢谢老师的帮助！
另外关于GCA我还有几个问题：
第一：是不是只能所有的被试统一的ROI，要是不同的ROI就只能每个被试分开做
第二：GCA的结果图在设定cluster size的时候，会报错，是因为我做的是基于voxel wise的GCA么，所以只能设定cluster为0？
第三：能不能直接将rest产生的基于个体的GCA的map用来做spm的单样本t检验？要是可以的话，在基于voxel-wise的分析得到的都是voxel的结果，没有办法选出cluster要怎么去解释自己的结果，因为得到的结果不能完全的集中到一定的区域，只能得到voxel的GCA的表格是么？
非常感谢老师的帮助！

Submitted by zangzx on Tue, 05/21/2013 - 21:03

你好
每个被试用不同的ROI要分开做。但我不太理解这样做的目的。
能否把报错的信息贴上来，我看一看是什么错误？
你的意思是能不能用spm做T检验？一组人可以做，但一个人的结果做不了。

Submitted by chenxiao on Tue, 05/21/2013 - 21:37

就是我在用slice viwer查看GCA的组分析的结果的时候设置cluster size的时候会出现以下的报错信息，（比如我将cluster size设置为100） 我在想是不是因为分析是基于voxel wise的，所以才会出现这样的情况，以下是报错信息

??? Error using ==> iptcheckconn at 49
Function BWLABELN expected its second input argument, CONN,
to be a valid connectivity specifier.
A scalar connectivity specifier must be 1, 4, 6, 8, 18, or 26.

Error in ==> bwlabeln>parse_inputs at 97
    iptcheckconn(conn,mfilename,'CONN',2);

Error in ==> bwlabeln at 74
[A,conn] = parse_inputs(varargin{:});

Error in ==> rest_sliceviewer>ThrdOverlayCluster at 3058
 [theObjMask, theObjNum]=bwlabeln(Result,AConfig.Overlay.ClusterConnectivityCriterion); %DONG Zhang-Ye and YAN Chao-Gan 090711, make the
    Cluster Connectivity Criterion flexible. %[theObjMask, theObjN
Error in ==> rest_sliceviewer>ThresholdOverlayVolume at 3086
 AConfig.Overlay.VolumeThrd =ThrdOverlayCluster(AConfig, AConfig.Overlay.VolumeThrd);

Error in ==> rest_sliceviewer at 669
    REST_SliceViewer_Cfg.Config(theCardinal) =ThresholdOverlayVolume(REST_SliceViewer_Cfg.Config(theCardinal));
 
??? Error while evaluating uicontrol Callback

谢谢老师！

Submitted by chenxiao on Tue, 05/21/2013 - 21:40

另外，关于针对个体所做的分析，我的想法是，因为我想用任务态的数据来做分析，但是每个被试可能激活的脑区会存在个体差异，所以想先通过每个个体的激活的区域定义每个个体的ROI，再用来做GCA，这样是不是就把因为激活存在的个体差异给考虑了。谢谢老师！

Submitted by zangzx on Wed, 05/22/2013 - 16:22

如果每个个体激活区不一样，你做GCA结果就没有可比性，没法做统计推断。

Submitted by chenxiao on Mon, 06/03/2013 - 10:39

谢谢老师的答复，我这里选的是不同被试在同一个区域的不同的peak值，就是根据他们各自的激活的peak值来选择ROI，但是所有被试激活的区域大致相同。
另外老师我想补充一个问题：
就是我现在是在分析一个任务态的数据，两个run，两个不同的任务，但是在滤波的时候遇到问题，要是用不滤波的数据进行GCA的分析，voxel-wise的结果显示是全部都亮了。
但是要是采用静息态的滤波频段应该是不合适的，是么。我有尝试过用脑电的滤波频段1~30HZ滤波，但是那样出来的结果是啥都没有。我的任务是字体判断任务和语义判断任务，到底什么样的滤波较为合适，还是直接选择不要滤波？谢谢老师指教！

Submitted by zangzx on Mon, 06/03/2013 - 18:52

如果每个被试用个体的peak来划定ROI,那么ROI之间会存在很大的变异，这个没法进行组统计。
通常情况下，任务会选择高通滤波，选择的频点是0.008HZ，也就是每128s一周期。静息状态下一般选择带通滤波，具体选哪段，不好说，没有统一的标准。你用脑电的频段对fMRI数据滤波，这个没道理。通常情况下，fMRI数据全脑扫描高频率也不会超过1HZ，你取1HZ以上的频段，是没有信号的，自然什么结果都没有。

Submitted by zangzx on Wed, 05/22/2013 - 16:20

connectivity criterion 这个参数要填进去。卡cluster size需要这个参数。
你这里没有填这个参数才报错。

Submitted by cuihuifang on Mon, 07/24/2017 - 18:33

老师您好，请问REST-GCA输出的结果系数矩阵中的正值和负值分别代表什么？正值表示什么，负值表示什么？

Submitted by cuihuifang on Mon, 07/24/2017 - 18:33

老师您好，请问REST-GCA输出的结果系数矩阵中的正值和负值分别代表什么？正值表示什么，负值表示什么？

Submitted by banyu on Fri, 05/24/2013 - 10:41

 老师好！
请教您一个问题，我做了voxel-wise的GCA，每个被试都有x2x_AR_1.nii, y2y_AR_1.nii, x2y.nii, y2x.nii四个文件，我现在想进行统计分析，请问应该选什么文件？我选了所有被试的x2y.nii文件做one-sample t-test，结果报错了。
麻烦老师了，谢谢！

Submitted by xiaomi on Wed, 09/03/2014 - 15:53

 请问这个问题解决了吗？是不是把每个被试的同一种类型的文件挑出来进行单样本T检验？

Submitted by ali_kh on Sat, 06/06/2015 - 03:22

  I am using REST-GCA to find granger causality in a network of 264 nodes. Resting-state fMRI time series have 133 time points. However, I encountered the following error:

Exception occured:

Index exceeds matrix dimensions.

When I reduced the number of regions (264 nodes), the error was disappeared.

Does the REST-GCA have problems with high number of ROIs in multivariate granger calculation?

Submitted by cuihuifang on Thu, 04/06/2017 - 20:50

老师您好！

     请问在REST-GCA中怎么做AAL模板的90个脑区的多变量格兰杰因果分析？具体ROI定义时候如何操作呢？我在做的时候ROI选择的REST中的AAL模板，从原理上看感觉应该结果是90*90的矩阵，可是运行结果却是两行两列的矩阵，不太清楚具体怎么操作，请老师指导。

Submitted by cuihuifang on Mon, 07/24/2017 - 18:28

老师您好，请问REST-GCA输出的结果系数矩阵中的正值和负值分别代表什么？正值表示什么，负值表示什么？

Submitted by cuihuifang on Mon, 07/24/2017 - 18:37

老师您好，请问REST-GCA基于多变量的得到的系数矩阵中的方向是如何定义的？比如结果中第一行第二列的数值代表的是1号脑区对2号脑区有没有边，还是2号脑区对1号脑区有没有边？

Submitted by hyw_5402 on Wed, 06/13/2018 - 14:06

各位老师：

      你们好。我在调用REST-GCA的脚本进行计算时，如果使用parfor函数的话，总是会报错，无法调用多核进行同时计算。我想弄明白这是怎么回事。希望各位老师前辈和知晓原因的朋友能够不吝赐教。(我贴了一张报错图片的，但是不知道为啥好像没法显示出来。）

Submitted by ZJL on Tue, 05/14/2019 - 10:30

您好，请问rest的GCA是配对格兰杰因果分析还是条件格兰杰因果分析？

Submitted by Icey on Wed, 06/05/2019 - 13:16

老师们好，
想请教下，如何[simplenews-category:name]矩阵？
1. 我之前听到gretna好像可以构建图论网络，如果我不是做图论的各种degree等的指标，只关注所有这些regions之间的两两连接，可以用gretna实现吗？这个同用gretna做图论分析有哪些需要注意的吗？
2. rest求FC可以实现吗？因为我之前没有用过gretna，如何可以用rest实现就最好了。

祝好，
Icey

Submitted by Zhou huiling on Mon, 06/26/2023 - 16:49

各位老师们，我最近刚开始学习rest-GCA,遇到很多问题：
1.只能一个被试一个文件夹吗，可以所有的被试放到一个文件夹中进行处理吗？
2.做voxel wise的时候，得出的ROI_GCA_smooth_detrend_filtered，这个文件夹里，有的结果有正有负，是不是这个种子点选的是不对的？
希望得到各位老师的指导，谢谢各位老师