FDR校验需要多大的cluster size？

Submitted by lionkiss on Thu, 10/08/2015 - 23:59

 这是经验值么？还是有规定？我在教程里面实在没找到。如果是阿尔法检验，直接选用cluster size ，但是在FDR检验里面似乎不需要这个，那到底应该选择哪个大小呢？

Submitted by HJ_REST on Thu, 10/15/2015 - 15:25

FDR矫正有两种类型，一种是voxel-level矫正，不需要输入cluster size，显著性只由强度阈值决定，这个方法文章信息：Genovese et al. NeuroImage 15:870-878, 2002。然而这个方法随着空间平滑程度的增加，检测效果太严格。只在不空间平滑或空间平滑较低时可用，具体原因和讨论可详见Chumbley and Friston. NeuroImage 44:62-70, 2009。 在这篇文章中，Chumbley和Friston认为voxel-level不适用于分析一般的磁共振数据，因为很多原本的噪声数据，在空间平滑后，会受到激活体素的影响，已经不能算是完全的噪声数据了。他们提出了topological FDR，即显著水平由强度阈值和cluster size共同决定。而cluster size的分布是服从随机场特定分布的，这里引用文章中一段话来表述voxel-level和topological-level FDR的差异：
“The null distribution of the number of voxels in each cluster (conditional on that cluster existing) above some ad hoc threshold is already known for Gaussian processes (Friston et al.,1994). In fact, this p-value is provided routinely in the SPM tables, under uncorrected pvalues based on spatial-extent (the product of this p-value and the Euler characteristic is the corrected p-value at the cluster level). These uncorrected p-values enable FDR control on the proportion of false positive clusters that exceed size s, by thresholding the p-values as described in Genovese et al. (2002).”
在SPM8做topological-level FDR矫正时，在选择强度阈值后，结果表中会出现显著水平0.05下，FDR对应的cluster size，即FDRc值。希望对你有帮助~

焕杰

Submitted by HJ_REST on Sun, 10/18/2015 - 21:31

 是的，臧老师，可以这么理解，voxel－level FDR中每个体素的显著性p值，是根据数据本身服从的分布得到的，然后按从小到大，排序这些p值，找出符合条件的体素。而topoloical-level的FDR，其cluster size的分布是服从高斯分布的，其分布可用friston的随机场模型表示，每一个cluster size对应一个未矫正的显著p值，然后同voxel-level FDR方法，将这些未矫正的p值排序，找出符合条件的激活团簇。