Submitted by love fmri on Sun, 08/30/2015 - 12:44
各位老师好！
请教一个问题，DPARSFA 预处理后用于得到的FC matrix是否可以直接导入network based statistic connectome进行分析？具体问题如下：我用DPARSFA预处理rest state fMRI 数据，采用ROI-wise的方法对13个种子点进行FC分析，得到了FC文件夹下的每个subject的TXT文件，然后将这些TXT文件作为每个subject的matrix放入“network based statistic connectome (1.2 version)”软件进行分析，但是一直报错如下：
Error in ==> NBSrun>read_matrices at 369
ok=1;
??? Output argument "y" (and maybe others) not assigned during call to
"E:\tool\NBS\NBS1.2\NBSrun.m>read_matrices".
Error in ==> NBSrun at 185
[nbs.GLM.y,UI.matrices.ok,DIMS]=read_matrices(UI.matrices.ui);
Error in ==> NBS>get_ui at 174
NBSrun(UI,S);
??? Error while evaluating uicontrol Callback
请问这怎么解决呢？我看了NBS connectome(version 1.2)manual里写道matrix的格式应该如下：
Example connectivity matrix:
1.0000 0.5997 0.7259 0.6102 0.2896 0.7655
0.5997 1.0000 0.2918 0.5825 0.5418 0.4548
0.7259 0.2918 1.0000 0.7587 0.2357 0.7766
0.6102 0.5825 0.7587 1.0000 0.4586 0.6878
0.2896 0.5418 0.2357 0.4586 1.0000 0.2898
0.7655 0.4548 0.7766 0.6878 0.2898 1.0000
Example connectivity matrix:
1.0000 0.5997 0.7259 0.6102 0.2896 0.7655
0.5997 1.0000 0.2918 0.5825 0.5418 0.4548
0.7259 0.2918 1.0000 0.7587 0.2357 0.7766
0.6102 0.5825 0.7587 1.0000 0.4586 0.6878
0.2896 0.5418 0.2357 0.4586 1.0000 0.2898
0.7655 0.4548 0.7766 0.6878 0.2898 1.0000
但DPARSFA得到的FC文件下的TXT文件内格式每一列前面都比上面这个格式多一个空格，不知道是不是这个影响的结果？
非常期待各位老师的解疑！谢谢！
Submitted by love fmri on Tue, 09/01/2015 - 23:19 Permalink
Re: 求助！DPARSFA 预处理后用于得到的FC matrix是否可以直接导入network based ...
继续折腾了两天，我想我可能找到问题的答案了，DPARSFA处理后的数据可以直接导入NBS进行运算，之前是因为我导入错误的文件所以导致NBS在一开始运算就报错，现在已经可以正常算出来了。再次感叹DPARSFA的强大，感谢为我们提供这个软件的可爱老师们！
Submitted by hawkmu on Sat, 10/17/2015 - 03:08 Permalink
Re: 求助！DPARSFA 预处理后用于得到的FC matrix是否可以直接导入network based ...
请问楼主，我也准备用NBS做后续分析，请问如果如何把单样本t检验的Nozero connection mask 掉呢？
detect the significant nonzero connections within each group by performing a nonparametric onetailed sign test ( p <0.05 corrected for multiple comparisons), then. combine the nozero connections of group1 and group2 as connection mask。
谢谢！