ALFF数据的双样本t检验的和FDR矫正的问题

Submitted by lionkiss on Tue, 10/06/2015 - 22:23

 各位老师好：
我在做治疗前后组患者的ALFF的对照研究，我用治疗前组患者的ALFF图减正常组的图得到图像和治疗后组减去正常组的图像进行比较。
发现了几个问题不明白想请教下。
1） 我关心的是limbic network，DMN，executive control network这三个网络，我是应该做好这三个网络的mask，分别进行双样本t检验？还是做好双样本t检验，然后再找出这些网络的cluster进行比较？
2）关于FDR矫正，应该选多大的cluster？另外经过FDR以后，我第一组患者的p值是0.0018501，第二组是0.00021627，这样两组可以比较么？
3）除了这三个网络以外，我发现治疗前组患者的视觉网络的ALFF显著低于正常对照组，治疗后组和正常人基本一致，这能怎么解释？我找了下文献，似乎不能解释。
4）我直接用治疗前后组患者和正常对照组的单样本t检验，用阿尔法sim矫正的图合在一起，高于全脑均值的部分做成mask，这可以么？
5) 根据我po的这两张图，我可以说limbic，dmn，executive control 这三个网络有变化吗？
6）豆状核是不是包括在边缘系统当中呢？
7）另外有没有可以直接下载的各个网络的mask呀?
不好意思，初学者，好多问题，谢谢。

多谢各位老师这么费心抽时间解答我这么繁复的问题！

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Submitted by ZangYF on Thu, 10/15/2015 - 05:20

1、如果有很强的假设只关心这三个网络，那么，双样本t检验可以只在这三个网络内做。

2a、FDR校正的cluster size，好像是人为定义的，比如10个体素。这与AlphaSim不同。我这个问题不是很专业，我请相关的专家回复。

2b、"另外经过FDR以后，我第一组患者的p值是0.0018501，第二组是0.00021627，这样两组可以比较么？"这句话没太理解。你的这种情况，多重比较校正应该针对双样本t检验的结果进行，与第一组、第二组没有关系。听起来，你似乎对组内进行多重比较校正？进行功能连接的研究，通常需要在组内设置一个阈值并且得到一个mask，但ALFF和ReHo这样的指标，不需要先做单样本t检验。这个网站有相应的讨论，你可以搜索一下。

3、我不清楚你研究的是哪种疾病。尽管resting-state fMRI的研究很多，但coordinate-based meta-analysis（CB-meta）非常少。这样，很难说哪个脑区的异常是大家公认的。相对比较好的两个CB-meta的论文，一是来自于春水教授课题组（Xu et al., 2015）一篇关于精神分裂症的ReHo和ALFF研究，另一篇来自Palaniyappan课题组（Iwabuchi et al., 2015）关于抑郁症的ReHo研究。有意思的是，这两研究都发现感觉运动区和视觉区局部脑活动减低。如果你的课题也是关于抑郁症或者精神分裂症的，视觉区治疗之前减低、治疗之后恢复正常，是一个非常非常好的结果！
[1] Xu Y, Zhuo C, Qin W, Zhu J, Yu C. Altered Spontaneous Brain Activity in Schizophrenia: A Meta-Analysis and a Large-Sample Study. Biomed Res Int. 2015;2015:204628.
[2] Iwabuchi SJ, Krishnadas R, Li C, Auer DP, Radua J, Palaniyappan L. Localized connectivity in depression: A meta-analysis of resting state functional imaging studies. Neurosci Biobehav Rev. 2015 Apr;51:77-86.

4、见问题2b，这样是不可以的。应该在全脑进行统计分析、或者按照问题1在感兴趣的脑区进行比较。

5、这很难说。如问题1，如果你有很强的假设只关心某个网络，需要采用大家公认的选取这个网络的方法做mask。但我个人建议，可以在全脑进行比较。

6、豆状核好像一般不归于limic system。

7、有些网络比较公认，但有些并不那么公认。网上应该有直接下载的。具体地址我不太清楚。

Submitted by lionkiss on Sun, 10/18/2015 - 12:22

 多谢多谢！ 原来我根本不需要mask，只做全脑就可以了呢！

另外我还有个问题

其实我做的这个疾病目前术前还没有resting的研究出来，术前只有两个task的结果，如果task的结果比方说：在task的时候，在pcc患者组比正成对照组激活程度高，而我的resting的结果是自爱在pcc这里alff和reho都是患者组比正常组高，这样可以用前人的task结果来证明我的resting结果么？

Submitted by ZangYF on Thu, 10/15/2015 - 05:20

1、如果有很强的假设只关心这三个网络，那么，双样本t检验可以只在这三个网络内做。

2a、FDR校正的cluster size，好像是人为定义的，比如10个体素。这与AlphaSim不同。我这个问题不是很专业，我请相关的专家回复。

2b、"另外经过FDR以后，我第一组患者的p值是0.0018501，第二组是0.00021627，这样两组可以比较么？"这句话没太理解。你的这种情况，多重比较校正应该针对双样本t检验的结果进行，与第一组、第二组没有关系。听起来，你似乎对组内进行多重比较校正？进行功能连接的研究，通常需要在组内设置一个阈值并且得到一个mask，但ALFF和ReHo这样的指标，不需要先做单样本t检验。这个网站有相应的讨论，你可以搜索一下。

3、我不清楚你研究的是哪种疾病。尽管resting-state fMRI的研究很多，但coordinate-based meta-analysis（CB-meta）非常少。这样，很难说哪个脑区的异常是大家公认的。相对比较好的两个CB-meta的论文，一是来自于春水教授课题组（Xu et al., 2015）一篇关于精神分裂症的ReHo和ALFF研究，另一篇来自Palaniyappan课题组（Iwabuchi et al., 2015）关于抑郁症的ReHo研究。有意思的是，这两研究都发现感觉运动区和视觉区局部脑活动减低。如果你的课题也是关于抑郁症或者精神分裂症的，视觉区治疗之前减低、治疗之后恢复正常，是一个非常非常好的结果！
[1] Xu Y, Zhuo C, Qin W, Zhu J, Yu C. Altered Spontaneous Brain Activity in Schizophrenia: A Meta-Analysis and a Large-Sample Study. Biomed Res Int. 2015;2015:204628.
[2] Iwabuchi SJ, Krishnadas R, Li C, Auer DP, Radua J, Palaniyappan L. Localized connectivity in depression: A meta-analysis of resting state functional imaging studies. Neurosci Biobehav Rev. 2015 Apr;51:77-86.

4、见问题2b，这样是不可以的。应该在全脑进行统计分析、或者按照问题1在感兴趣的脑区进行比较。

5、这很难说。如问题1，如果你有很强的假设只关心某个网络，需要采用大家公认的选取这个网络的方法做mask。但我个人建议，可以在全脑进行比较。

6、豆状核好像一般不归于limic system。

7、有些网络比较公认，但有些并不那么公认。网上应该有直接下载的。具体地址我不太清楚。

Submitted by lionkiss on Tue, 11/03/2015 - 10:22

非常感谢臧老师的帮助！
我的结果和精分和抑郁患者结果非常类似，
治疗前组患者MPFC，LPFC，PCC/Precunues的ALFF和ReHo升高，OC，SMC，thalamus的下降。
治疗后组患者只留下了部分LPFC的升高和thalamus的下降。

而且治疗前组患者的生化指标和PCC/Precuneus，双侧顶下小叶的ALFF和ReHo显著相关。